Tekst źródłowy strony Zeus GPGPU:Podstawy

'''!!! Ta sekcja dokumentacji jest nieaktualna, prosimy o kontakt via [https://helpdesk.plgrid.pl HelpDesk]!!! '''


__NOTITLE__

== Nazwa maszyny dostępowej ==

Obowiązuje ta sama nazwa co dla reszty klastra Zeus: [[Zeus:Podstawy#Nazwa_maszyny_dostępowej|Nazwa maszyny dostępowej]]

== Zasoby dyskowe ==

Obowiązują te same zasoby co dla reszty klastra Zeus: [[Zeus:Podstawy#Zasoby_dyskowe|Zasoby dyskowe]]

== Dostępne oprogramowanie ==

Opis dostępnego oprogramowania znajduje się [[Oprogramowanie|tutaj]].

== CUDA / OpenCL ==

Uzyskanie dostępu do narzędzi, w szczególności odpowiednie ustawienie zmiennych <tt>$CUDADIR</tt>, <tt>$PATH</tt> i <tt>$LD_LIBRARY_PATH</tt>,
wymaga załadowania modułu CUDA poleceniem <tt>module add gpu/cuda</tt>
== Uruchamianie zadań ==

System kolejkowy: Torque

Zarządca zasobów: Moab

W celu uruchomienia zadania niezbędna jest wiedza na temat podstawowych komend [[Podstawy:PBS|systemu kolejkowego]]. 

Poza ustawieniem w skrypcie typowych parametrów istotnych dla systemu kolejkowego, konieczna jest specyfikacja parametru <tt>'''gpus'''</tt> oznaczającego żądaną liczbę kart graficznych na pojedynczym węźle obliczeniowym. Często oprogramowanie wymaga, aby karta była jednocześnie dostępna dla wielu procesów. Należy wtedy dodatkowo ustawić jej tryb pracy na <tt>shared</tt>, specyfikując <tt>'''gpus=1:shared'''</tt> lub <tt>'''gpus=2:shared'''</tt>. Inne możliwe tryby pracy to <tt>exclusive_thread</tt> i <tt>exclusive_process</tt>.

W razie potrzeby identyfikatory przydzielonych przez system kolejkowy kart graficznych można sprawdzić wyświetlając zawartość pliku wskazywanego przez zmienną środowiskową <tt>$PBS_GPUFILE</tt>. 

== Opis kolejek ==

{| class="wikitable"  style="text-align:center;"
! Nazwa kolejki !! Maksymalna liczba zadań użytkownika !! Maksymalny czas trwania zadania !! Dodatkowe informacje
|-
| gpgpu || 200 || 336:00:00 ||  na węźle są dwie lub osiem kart GPGPU
|}

== Opis właściwości węzłów obliczeniowych ==

{| class="wikitable" style="text-align:center;"
! Właściwość
! Opis
|-
| E5645, X5670 || model procesora 
|-
| mhz2400, mhz2933 || szybkość procesora
|-
| mem96gb, mem74gb || ilość pamięci RAM w serwerze obliczeniowym
|-
| gpgpu8, gpgpu2 || ilość kart GPGPU na węźle
|-
| gpgpu || informacja, że to węzeł z kartą GPGPU
|-
|-
|infiniband || serwer obliczeniowy z siecią Infiniband
|}

== Przykładowe skrypty dla systemu kolejkowego ==
=== TeraChem (zrównoleglenie na dwie karty graficzne) ===
 <nowiki>
#!/bin/sh

# TeraChem can run on a single node only
#PBS -l nodes=1:ppn=2:terachem:gpus=2:exclusive_process

#PBS -N sample_terachem
#PBS -q gpgpu

cd $PBS_O_WORKDIR

# initializing proper environment for TeraChem
module add gpu/terachem

# actual job
$TERACHEMRUN ch.inp > ch.log
</nowiki>

=== TeraChem (zrównoleglenie na osiem kart graficznych) ===
 <nowiki>
#!/bin/sh

# TeraChem can run on a single node only
#PBS -l nodes=1:ppn=8:terachem:gpus=8:exclusive_process

#PBS -N sample_terachem
#PBS -q gpgpu

cd $PBS_O_WORKDIR

# initializing proper environment for TeraChem
module add gpu/terachem

# actual job
$TERACHEMRUN ch.inp > ch.log
</nowiki>

=== NAMD ===
 <nowiki>
#!/bin/sh

#PBS -l nodes=3:ppn=12:gpus=2:shared
#PBS -N sample_namd
#PBS -q gpgpu

cd $PBS_O_WORKDIR

# initializing proper environment for NAMD with GPU support
module add gpu/namd

# actual job
runnamd stmv.namd > stmv2_2x2.log 
</nowiki>

=== GAMESS ===
 <nowiki>
#!/bin/sh

# the number of GPUs requested
# at the moment it must be set to 2 per node
#PBS -l nodes=2:ppn=4:gpus=2:exclusive_process

#PBS -N sample_gamess 
#PBS -q gpgpu

# changing directory to the one from which the job is submitted
cd $PBS_O_WORKDIR

# initializing proper environment for GAMESS with GPU support
module add gpu/gamess

# actual job
rungms noq15 >& noq15.log
</nowiki>


=== GAMESS (starsza wersja) ===
 <nowiki>
#!/bin/sh

# this version of GAMESS is single-node only
#PBS -l nodes=1:ppn=4:gpus=2:exclusive_process

#PBS -N sample_gamess 
#PBS -q gpgpu

# changing directory to the one from which the job is submitted
cd $PBS_O_WORKDIR

# initializing proper environment for GAMESS 2010.R1 with GPU support
module add gpu/gamess/2010.R1

# actual job
$GMSRUN noq15 >& noq15.log
</nowiki>

== Zasady obowiązujące na części GPGPU ==

* Uruchamiane mogą być wyłącznie zadania wykorzystujące GPU 

* Obowiązuje całkowity zakaz używania maszyny dostępowej do wykonywania obliczeń. Administratorzy będą przerywać takie procesy bez ostrzeżenia.

* W celu skompilowania programu proszę użyć polecenia: <code>qsub -I -q gpgpu -l nodes=1:ppn=1:gpus=1</code><br/>Polecenie to spowoduje zalogowanie użytkownika na węzeł obliczeniowy, tam proszę uruchomić kompilację programu. 

* W celu wykonywania obliczeń niezbędne jest podanie identyfikatora grantu za pomocą parametru <tt>"-A"</tt>.
Szczegółowy opis grantów znajduje się [[Granty|tutaj]].