Zeus:ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
| (Nie pokazano 3 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
{{DISPLAYTITLE:ABINIT}} | {{DISPLAYTITLE:ABINIT}} | ||
| − | Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[ABINIT]] w wersjach 6.6.1 oraz 6.12.2. | + | Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[ABINIT]] w wersjach [[Zeus:ABINIT#6.6.1|6.6.1]] oraz [[Zeus:ABINIT#6.12.2|6.12.2]]. |
= Informacje ogólne = | = Informacje ogólne = | ||
| Linia 21: | Linia 21: | ||
===== Obliczenia szeregowe ===== | ===== Obliczenia szeregowe ===== | ||
| − | Zadanie | + | Zadanie Abinit będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. |
<syntaxhighlight lang="bash"> | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
| Linia 35: | Linia 35: | ||
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ||
#PBS -N nazwa_obliczen | #PBS -N nazwa_obliczen | ||
| + | ##### Nazwa grantu uzytego do obliczen | ||
| + | #PBS -A nazwa_grantu | ||
# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.6.1 | # ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.6.1 | ||
| Linia 63: | Linia 65: | ||
#PBS -q l_short | #PBS -q l_short | ||
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ||
| + | #PBS -N nazwa_obliczen | ||
| + | ##### Nazwa grantu uzytego do obliczen | ||
| + | #PBS -A nazwa_grantu | ||
# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.6.1 | # ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.6.1 | ||
| Linia 74: | Linia 79: | ||
#uruchomienie programu | #uruchomienie programu | ||
| − | + | mpiexec -np $np abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log | |
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
| Linia 84: | Linia 89: | ||
<code>module add abinit/6.12.2</code> | <code>module add abinit/6.12.2</code> | ||
| + | '''Uwaga:''' Program Abinit w wersji 6.12.2 został skompilowany na procesory umożliwiające wykonywanie instrukcji SSE4.2. Dlatego należy go uruchamiać jedynie na nowszych węzłach klastra zawierających procesory 12-rdzeniowe. W tym celu należy wyspecyfikować dodatkowo <tt>core12</tt> jako parametr węzła (np. <tt>-l nodes=2:ppn=3:core12</tt>). | ||
==== Przykładowy skrypt ==== | ==== Przykładowy skrypt ==== | ||
===== Obliczenia szeregowe ===== | ===== Obliczenia szeregowe ===== | ||
| − | Zadanie | + | Zadanie Abinit będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. |
<syntaxhighlight lang="bash"> | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ||
| − | #PBS -l nodes=1:ppn=1 | + | #PBS -l nodes=1:ppn=1:core12 |
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie! | ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie! | ||
#PBS -l pvmem=1gb | #PBS -l pvmem=1gb | ||
| Linia 102: | Linia 108: | ||
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ||
#PBS -N nazwa_obliczen | #PBS -N nazwa_obliczen | ||
| + | ##### Nazwa grantu uzytego do obliczen | ||
| + | #PBS -A nazwa_grantu | ||
# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.12.2 | # ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.12.2 | ||
| Linia 122: | Linia 130: | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ||
| − | #PBS -l nodes=4:ppn=2 | + | #PBS -l nodes=4:ppn=2:core12 |
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ||
#PBS -l pvmem=3gb | #PBS -l pvmem=3gb | ||
| Linia 130: | Linia 138: | ||
#PBS -q l_short | #PBS -q l_short | ||
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ||
| + | #PBS -N nazwa_obliczen | ||
| + | ##### Nazwa grantu uzytego do obliczen | ||
| + | #PBS -A nazwa_grantu | ||
# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.12.2 | # ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.12.2 | ||
| Linia 141: | Linia 152: | ||
#uruchomienie programu | #uruchomienie programu | ||
| − | + | mpiexec -np $np abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log | |
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
Aktualna wersja na dzień 11:28, 29 paź 2012
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet ABINIT w wersjach 6.6.1 oraz 6.12.2.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add abinit
Domyślna wersja to 6.12.2.
Program uruchamiany jest poleceniem abinit.
6.6.1
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł abinit/6.6.1
module add abinit/6.6.1
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie Abinit będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.6.1
module load abinit/6.6.1
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log
Oblicznia w trybie MPI
Zadanie Abinit będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.6.1
module load abinit/6.6.1
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP
#uruchomienie programu
mpiexec -np $np abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log
6.12.2
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł abinit lub abinit/6.12.2
module add abinit/6.12.2
Uwaga: Program Abinit w wersji 6.12.2 został skompilowany na procesory umożliwiające wykonywanie instrukcji SSE4.2. Dlatego należy go uruchamiać jedynie na nowszych węzłach klastra zawierających procesory 12-rdzeniowe. W tym celu należy wyspecyfikować dodatkowo core12 jako parametr węzła (np. -l nodes=2:ppn=3:core12).
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie Abinit będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1:core12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.12.2
module load abinit/6.12.2
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log
Oblicznia w trybie MPI
Zadanie Abinit będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2:core12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.12.2
module load abinit/6.12.2
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP
#uruchomienie programu
mpiexec -np $np abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log