Zeus:ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
(Utworzył nową stronę „{{DISPLAYTITLE:ADF}} Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet ADF w wersjach 2010.02, 2012.01 oraz [[Zeus:ADF#2012.01c...”)
 
 
(Nie pokazano 10 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 1: Linia 1:
 
{{DISPLAYTITLE:ADF}}
 
{{DISPLAYTITLE:ADF}}
−
Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[ADF]] w wersjach [[Zeus:ADF#2010.02|2010.02]], [[Zeus:ADF#2012.01|2012.01]] oraz [[Zeus:ADF#2012.01c|2012.01c]].
+
Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[ADF]] w wersjach [[Zeus:ADF#2010.02|2010.02]], [[Zeus:ADF#2012.01|2012.01]], [[Zeus:ADF#2012.01c|2012.01c]] oraz [[Zeus:ADF#2013.01|2013.01]].
  
 
= Informacje ogólne =
 
= Informacje ogólne =
  
−
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
+
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Dla oprogramowania [[ADF]] przygotowano moduły <tt>apps/adf/<nazwa-wersji></tt>, przy czym moduł <tt>apps/adf</tt> jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
  
−
   <code>module add adf</code>
+
   <code>module add apps/adf</code>
  
−
Domyślna wersja to '''2012.01'''.
+
Domyślna wersja to '''2013.01'''.
 +
 
 +
Pliki tymczasowe należy tworzyć używając zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]].
  
 
Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem <tt>adf</tt>.
 
Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem <tt>adf</tt>.
  
 
Dodatkowo pakiet [[ADF]] zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. podgląd obliczeń w trakcie ich trwania, analizę oraz wizualizację wyników. Programy te uruchamiane są poleceniami: <tt>adfcrs</tt>, <tt>adf2aim</tt>, <tt>adfdos</tt>, <tt>adfinput</tt>, <tt>adflevels</tt>, <tt>adfmovie</tt>, <tt>adfnbo</tt>, <tt>adfoutput</tt>, <tt>adfprep</tt>, <tt>adfreport</tt>, <tt>adfspectra</tt>, <tt>adftail</tt>, <tt>adfview</tt>.
 
Dodatkowo pakiet [[ADF]] zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. podgląd obliczeń w trakcie ich trwania, analizę oraz wizualizację wyników. Programy te uruchamiane są poleceniami: <tt>adfcrs</tt>, <tt>adf2aim</tt>, <tt>adfdos</tt>, <tt>adfinput</tt>, <tt>adflevels</tt>, <tt>adfmovie</tt>, <tt>adfnbo</tt>, <tt>adfoutput</tt>, <tt>adfprep</tt>, <tt>adfreport</tt>, <tt>adfspectra</tt>, <tt>adftail</tt>, <tt>adfview</tt>.
 +
 +
'''Uwaga:''' Moduły [[ADF]] ustawiają katalog na pliki tymczasowe poprzez odpowiednie ustawienie zmiennej <tt>SCM_TMPDIR</tt>. Zaleca się używanie modułu <tt>tools/scratch</tt> by ustawić katalog na pliki tymczasowe na szybkim systemie plików [[Zeus:Lustre|Lustre]]. W przypadku wykorzystywania więcej niż jednego węzła obliczeniowego przechowywanie plików tymczasowych w systemie [[Zeus:Lustre|Lustre]] jest konieczne ponieważ katalog je zawierający musi być dostępny z wszystkich węzłów. 
  
 
=2010.02=
 
=2010.02=
−
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>adf/2010.02</tt>
+
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/adf/2010.02</tt>
  
−
   <code>module add adf/2010.02</code>
+
   <code>module add apps/adf/2010.02</code>
  
 
==== Przykładowy skrypt ====
 
==== Przykładowy skrypt ====
Linia 28: Linia 32:
 
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 
#PBS -l nodes=1:ppn=1
−
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
+
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
−
#PBS -l pvmem=1gb
+
#PBS -l mem=1gb
 
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 
#PBS -l walltime=1:00:00
 
#PBS -l walltime=1:00:00
Linia 40: Linia 44:
  
 
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
 
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
−
module add adf/2010.02
+
module add apps/adf/2010.02
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
adf < input.in  >& output.log
 +
 
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCM_TMPDIR
 +
 
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
 
 +
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 +
 
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=4:ppn=12
 +
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
 +
#PBS -l pmem=2gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
 +
module add apps/adf/2010.02
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
# zliczenie wykorzystywanych procesorow
 +
np=$PBS_NP
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
adf -n $np < input.in  >& output.log
 +
 
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCM_TMPDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
=2012.01=
 +
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>adf/2012.01</tt> lub <tt>adf</tt>
 +
 
 +
  <code>module add apps/adf/2012.01</code>
 +
 
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01
 +
module add apps/adf/2012.01
  
 
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
 
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
  
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
Linia 51: Linia 140:
 
adf < input.in  >& output.log  
 
adf < input.in  >& output.log  
  
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCM_TMPDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
Linia 56: Linia 147:
 
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 
===== Oblicznia zrównoleglone =====
  
−
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
+
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
  
 
<syntaxhighlight lang="bash">
 
<syntaxhighlight lang="bash">
 
#!/bin/env bash
 
#!/bin/env bash
 
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
−
#PBS -l nodes=4:ppn=2
+
#PBS -l nodes=4:ppn=12
−
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
+
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*12=96GB na zadanie!
−
#PBS -l pvmem=3gb
+
#PBS -l pmem=2gb
 
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 
#PBS -l walltime=1:00:00
 
#PBS -l walltime=1:00:00
Linia 73: Linia 164:
 
#PBS -A nazwa_grantu
 
#PBS -A nazwa_grantu
  
−
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
+
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
−
module add adf/2010.02
+
module add tools/scratch
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01
 +
module add apps/adf/2012.01
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
# zliczenie wykorzystywanych procesorow
 +
np=$PBS_NP
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
adf -n $np < input.in  >& output.log
 +
 
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCM_TMPDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
=2012.01c=
 +
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/adf/2012.01c</tt>
 +
 
 +
  <code>module add apps/adf/2012.01c</code>
 +
 
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01c
 +
module add apps/adf/2012.01c
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
adf < input.in  >& output.log
 +
 
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCM_TMPDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
 
 +
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 +
 
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=4:ppn=12
 +
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*12=96GB na zadanie!
 +
#PBS -l pmem=2gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01c
 +
module add apps/adf/2012.01c
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
# zliczenie wykorzystywanych procesorow
 +
np=$PBS_NP
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
adf -n $np < input.in  >& output.log
 +
 
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCM_TMPDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
=2013.01=
 +
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/adf/2013.01</tt>
 +
 
 +
  <code>module add apps/adf/2013.01</code>
 +
 
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2013.01
 +
module add apps/adf/2013.01
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
adf < input.in  >& output.log
 +
 
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCM_TMPDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
 
 +
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 +
 
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=4:ppn=12
 +
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*12=96GB na zadanie!
 +
#PBS -l pmem=2gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2013.01
 +
module add apps/adf/2013.01
  
−
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
+
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
−
module add scratch
+
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
−
export SCM_TMPDIR=$SCRATCH
 
  
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
Linia 89: Linia 348:
 
adf -n $np < input.in  >& output.log  
 
adf -n $np < input.in  >& output.log  
  
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCM_TMPDIR
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>

Aktualna wersja na dzień 08:36, 23 paź 2013

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet ADF w wersjach 2010.02, 2012.01, 2012.01c oraz 2013.01.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania ADF przygotowano moduły apps/adf/<nazwa-wersji>, przy czym moduł apps/adf jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: 

 module add apps/adf

Domyślna wersja to 2013.01.

Pliki tymczasowe należy tworzyć używając zasobu dyskowego Lustre.

Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem adf.

Dodatkowo pakiet ADF zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. podgląd obliczeń w trakcie ich trwania, analizę oraz wizualizację wyników. Programy te uruchamiane są poleceniami: adfcrs, adf2aim, adfdos, adfinput, adflevels, adfmovie, adfnbo, adfoutput, adfprep, adfreport, adfspectra, adftail, adfview.

Uwaga: Moduły ADF ustawiają katalog na pliki tymczasowe poprzez odpowiednie ustawienie zmiennej SCM_TMPDIR. Zaleca się używanie modułu tools/scratch by ustawić katalog na pliki tymczasowe na szybkim systemie plików Lustre. W przypadku wykorzystywania więcej niż jednego węzła obliczeniowego przechowywanie plików tymczasowych w systemie Lustre jest konieczne ponieważ katalog je zawierający musi być dostępny z wszystkich węzłów. 

2010.02

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/adf/2010.02 

 module add apps/adf/2010.02

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie ADF będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
module add apps/adf/2010.02

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
adf < input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCM_TMPDIR


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie ADF będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
module add apps/adf/2010.02

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie wykorzystywanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
adf -n $np < input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCM_TMPDIR

2012.01

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł adf/2012.01 lub adf 

 module add apps/adf/2012.01

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie ADF będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01
module add apps/adf/2012.01

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
adf < input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCM_TMPDIR


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie ADF będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*12=96GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01
module add apps/adf/2012.01

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie wykorzystywanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
adf -n $np < input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCM_TMPDIR

2012.01c

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/adf/2012.01c 

 module add apps/adf/2012.01c

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie ADF będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01c
module add apps/adf/2012.01c

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
adf < input.in  >& output.log

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCM_TMPDIR


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie ADF będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*12=96GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01c
module add apps/adf/2012.01c

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie wykorzystywanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
adf -n $np < input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCM_TMPDIR

2013.01

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/adf/2013.01 

 module add apps/adf/2013.01

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie ADF będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2013.01
module add apps/adf/2013.01

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
adf < input.in  >& output.log

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCM_TMPDIR


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie ADF będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*12=96GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2013.01
module add apps/adf/2013.01

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie wykorzystywanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
adf -n $np < input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCM_TMPDIR
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:ADF&oldid=1644”