Mars:Abaqus: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
 
(Nie pokazano 5 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 5: Linia 5:
 
   module load Abaqus
 
   module load Abaqus
  
Najnowszą zainstalowaną wersję 6.12-3 wywołuje się poleceniem:
+
Najnowszą zainstalowaną wersję 6.14-2 wywołuje się poleceniem:
 
   abaqus ...
 
   abaqus ...
  
 
Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami:
 
Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami:
 +
    Abaqus 6.12-3  - abq6142 ...
 +
    Abaqus 6.12-3  - abq6123 ...
 
     Abaqus 6.11-2  - abq6112 ...
 
     Abaqus 6.11-2  - abq6112 ...
 
     Abaqus 6.10EF1  - abq610ef1 ...
 
     Abaqus 6.10EF1  - abq610ef1 ...
Linia 25: Linia 27:
 
#!/bin/sh
 
#!/bin/sh
 
#PBS -N abaqus_test
 
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q l_long
+
#PBS -q long
#PBS -l mem=2gb
+
#PBS -l mem=6gb
 
#PBS -l nodes=1:ppn=4
 
#PBS -l nodes=1:ppn=4
  
Linia 38: Linia 40:
 
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)
 
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)
  
# ustawianie dostepnej pamieci
+
# ustawianie zadanej pamieci (jesli potrzebne)
echo 'memory = "2 gb"' > abaqus_v6.env   
+
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env   
  
 
input=plik_z_danymi_wejsciowymi
 
input=plik_z_danymi_wejsciowymi
Linia 50: Linia 52:
  
 
===== Oblicznia w trybie MPI =====
 
===== Oblicznia w trybie MPI =====
 +
 +
UWAGA: Aby mieć możliwość uruchomienia zadania na wielu węzłach należy jednorazowo wykonać komendy:
 +
 +
  ssh-keygen -t dsa
 +
 +
(odpowiedzieć klawiszem Enter na wszystkie zapytania)
 +
 +
a następnie
 +
 +
  cd .ssh
 +
  cp id_dsa.pub authorized_keys
 +
 +
oraz
 +
 +
  cp /etc/ssh/ssh_known_hosts known_hosts
 +
 +
Wykonanie tych komend umożliwia łączenie się z dowolnym węzłem komendą ssh
 +
bez konieczności podawania hasła
 +
 +
Przykładowy skrypt uruchamiający zadanie Abaqusa na 4 węzłach i wykorzysujący łącznie 8 procesorów może wyglądać następująco:
  
 
<syntaxhighlight lang="bash">
 
<syntaxhighlight lang="bash">
 
#!/bin/sh
 
#!/bin/sh
 
#PBS -N abaqus_test
 
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q l_long
+
#PBS -q long
 
#PBS -l mem=6gb
 
#PBS -l mem=6gb
 
#PBS -l nodes=4:ppn=2
 
#PBS -l nodes=4:ppn=2
Linia 64: Linia 86:
 
cd $PBS_O_WORKDIR
 
cd $PBS_O_WORKDIR
  
# ustawianie dostepnej pamieci i ewentualnie innych parametrow
+
# ustawianie zadanej pamieci i ewentualnie innych parametrow
 
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env   
 
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env   
  
Linia 76: Linia 98:
  
  
Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory
 
  
 
==== Dokumentacja online ====
 
==== Dokumentacja online ====
  
  http://baribal.cyf-kr.edu.pl:2080/
+
    http://mars.cyf-kr.edu.pl:2080/
 
 
Dla wersji 6.12-3
 
 
 
  http://mars.cyf-kr.edu.pl:2080/
 

Aktualna wersja na dzień 11:45, 13 sty 2015


Informacje ogólne

Dostęp do wszystkich wersji Abaqusa uzyskuje się komendą:

 module load Abaqus

Najnowszą zainstalowaną wersję 6.14-2 wywołuje się poleceniem:

  abaqus ...

Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami:

    Abaqus 6.12-3   - abq6142 ...
    Abaqus 6.12-3   - abq6123 ...
    Abaqus 6.11-2   - abq6112 ...
    Abaqus 6.10EF1  - abq610ef1 ...
    Abaqus 6.10-2   - abq6102 ...
    Abaqus 6.9EF1   - abq69ef1 ....
    Abaqus 6.8-3    - abq683 ...


Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae. Należy je uruchamiać jedynie na węźle obliczeniowym mars60, logując się na niego poleceniem ssh mars60 z węzła dostępowego. (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).

Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.

Przykładowe skrypty

Obliczenia w trybie wątków
#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q long
#PBS -l mem=6gb
#PBS -l nodes=1:ppn=4

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

# ustawianie zadanej pamieci (jesli potrzebne)
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  

input=plik_z_danymi_wejsciowymi

abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive


Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.

Oblicznia w trybie MPI

UWAGA: Aby mieć możliwość uruchomienia zadania na wielu węzłach należy jednorazowo wykonać komendy:

  ssh-keygen -t dsa

(odpowiedzieć klawiszem Enter na wszystkie zapytania)

a następnie

  cd .ssh
  cp id_dsa.pub authorized_keys

oraz

  cp /etc/ssh/ssh_known_hosts known_hosts

Wykonanie tych komend umożliwia łączenie się z dowolnym węzłem komendą ssh bez konieczności podawania hasła

Przykładowy skrypt uruchamiający zadanie Abaqusa na 4 węzłach i wykorzysujący łącznie 8 procesorów może wyglądać następująco:

#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q long
#PBS -l mem=6gb
#PBS -l nodes=4:ppn=2

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# ustawianie zadanej pamieci i ewentualnie innych parametrow
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  

# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

input=plik_z_danymi_wejsciowymi 

abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive


Dokumentacja online

   http://mars.cyf-kr.edu.pl:2080/