Nag: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 07:46, 8 mar 2016

Spis treści

1 Biblioteka NAG Library
2 Sposób użycia NAG Fortan Library
3 Sposób użycia NAG C Library
4 Sposób użycia NAG Parallel Library
5 Sposób użycia NAG Data Mining Components
6 Sposób użycia NAG Toolbox for MATLAB
7 Konsultacje

Biblioteka NAG Library

NAG Library jest jedną z najpopularniejszych bibliotek podprogramów matematycznych. Pakiety biblioteki NAG obejmują m.in. następujące działy: algebrę, algebrę liniowa, interpolacje i aproksymacje, równania różniczkowe i całkowe, statystykę, programowanie liniowe, funkcje specjalne, badania operacyjne i sortowanie.

Na komputerze mars zainstalowane zostało następujące oprogramowanie firmy NAG:

biblioteka NAG Fortran Library (FLL6I24DCL), Mark 24. Biblioteka zawiera procedury napisane w języku FORTRAN.
biblioteka NAG Parallel Library (FDL6A03DP), Release 3. Biblioteka zawiera procedury zrównoleglone napisane w języku FORTRAN.
biblioteka NAG C Library (CLL6I23DCL), Mark 23. Biblioteka zawiera procedury napisane w języku C.
NAG Data Mining Components (DRL6A0DG), Release 2.0.
NAG Toolbox for MATLAB (MBL6A23DML), Mark 23

Dodatkowe informacje o każdym z tych produktów i przykłady użycia zawierają notki informacyjne:

man nag_fl - biblioteka NAG Fortran Library
man nag_pl - biblioteka NAG Parallel Library
man nag_cl - biblioteka NAG C Library
man nag_dmc - NAG Data Mining Components
man nag_matlab - NAG Toolbox for MATLAB

Sposób użycia NAG Fortan Library

Biblioteka rozprowadzana jest w 4 wersjach: statycznej i współdzielonej oraz korzystającej lub nie z biblioteki Intel Math Kernel Library (mkl).

libnag_mkl.a - wersja statyczna, korzysta z biblioteki mkl
libnag_mkl.so - wersja wspoldzielona, korzysta z biblioteki mkl
libnag.a - wersja statyczna, nie korzysta z biblioteki mkl
libnag.so - wersja współdzielona, nie korzysta z biblioteki mkl

Rekomendowane jest używanie biblioteki wykorzystującej Intel Math Kernel Library (mkl). Przed użyciem biblioteki, należy załadować odpowiednie moduły kompilatora i biblioteki:

 module load Intel/12.1
 module load NAG/Fl

i wywołać kompilator.

W zależności od tego jakiej biblioteki chcemy użyć, wywołanie wygląda następująco:

dla wersji statycznej, korzystającej z biblioteki mkl

 ifort program.f90 -o program $flink_mkl

dla wersji współdzielonej, korzystającej z biblioteki mkl

 ifort program.f90 -o program $flink_mkl_so

dla wersji statycznej, nie korzystającej z biblioteki mkl

 ifort program.f90 -o program $flink

dla wersji współdzielonej, nie korzystającej z biblioteki mkl

 ifort program.f90 -o program $flink_so

Sposób użycia NAG C Library

Biblioteka rozprowadzana jest w 4 wersjach: statycznej i współdzielonej oraz korzystającej lub nie z biblioteki Intel Math Kernel Library (mkl):

libnagc_mkl.a - wersja statyczna, korzysta z biblioteki mkl
libnagc_mkl.so - wersja współdzielona, korzysta z biblioteki mkl
libnagc.a - wersja statyczna, nie korzysta z biblioteki mkl
libnagc.so - wersja współdzielona, nie korzysta z biblioteki mkl

Rekomendowane jest używanie biblioteki wykorzystującej Intel Math Kernel Library (mkl). Przed użyciem biblioteki, należy załadować odpowiednie moduły kompilatora i biblioteki:

 module load Intel/12.1
 module load NAG/Cl

i wywołać kompilator.

W zależności od tego jakiej biblioteki chcemy użyć, wywołanie wygląda następująco:

dla wersji statycznej, korzystającej z biblioteki mkl:

icc program.c -o program $clink_mkl

dla wersji współdzielonej, korzystającej z biblioteki mkl

icc program.c -o program $clink_mkl_so

dla wersji statycznej, nie korzystającej z biblioteki mkl:

icc program.c -o program $clink

dla wersji współdzielonej, nie korzystającej z biblioteki mkl

icc program.c -o program $clink_so

W przypadku używania innego kompilatora, należy załadować tylko jeden moduŁ:

 module load NAG/Cl

i wywołać kompilator. Na przykład dla gcc można wykonać komendę:

 gcc program.c $gcclink_mkl_so

Sposób użycia NAG Parallel Library

Przed kompilacją ładujemy odpowiednie moduły:

 module load  NAG/Pl Intel/12.1

wywołujemy kompilator:

 mpiifort program.f -o program $nagmpilink $flslink $blaslink $syslink

a następnie wykonujemy program pod kontrola MPI:

 mpirun -np 4 program

Sposób użycia NAG Data Mining Components

Przed użyciem biblioteki, należy załadować odpowiedni moduł biblioteki:

 module load NAG/dmc

i wywołać kompilator:

 gcc program.c -o program $dmclink

Sposób użycia NAG Toolbox for MATLAB

Przed użyciem biblioteki, należy załadować odpowiedni moduł:

 module load NAG/matlab

a po wywołaniu programu MATLAB, można wywoływać w nim podprogramy biblioteki NAG.

Lista dostępnych podprogramów znajduje się tutaj: http://www.nag.co.uk/numeric/MB/manual64_23_1/pdf/index.html

Konsultacje

Stefan Świąć, Dział Użytkowników Komputerów Dużej Mocy, email: s.swiac@cyfronet.pl

Lucyna Witkowska, Dział Użytkowników Komputerów Dużej Mocy, email: l.witkowska@cyfronet.pl

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-__TOC__
+{{DISPLAYTITLE:NAG}}
-= Informacje ogólne =
+==Biblioteka NAG Library==
-= Biblioteka NAG SMP Library, Mark 21 =
-Na Baribalu (SGI Altix 3700) zainstalowana została biblioteka NAG SMP Library, Mark 21.
-NAG  Fortran  Library   jest  jedną z  najpopularniejszych  bibliotek podprogramów  fortranowskich.  Pakiety  biblioteki  NAG  obejmują m.in. następujące działy: algebrę, algebrę liniową,  interpolacje i aproksymacje, równania różniczkowe i całkowe, statystykę, programowanie liniowe, funkcje specjalne.
-Biblioteka umieszczona została w katalogu: /opt/NAG/fsl6421dcl
+NAG Library  jest jedną z  najpopularniejszych  bibliotek podprogramów matematycznych.  Pakiety  biblioteki  NAG  obejmują  m.in.  następujące
+działy: algebrę, algebrę liniowa,  interpolacje i  aproksymacje, równania różniczkowe i całkowe, statystykę, programowanie  liniowe,  funkcje
+specjalne, badania operacyjne i sortowanie.
-Przed użyciem procedur z biblioteki należy załadować moduły kompilatora Fortran i biblioteki NAG
+Na  komputerze  mars  zainstalowane  zostało następujące oprogramowanie firmy NAG:
+* biblioteka  NAG Fortran Library  (FLL6I24DCL),  Mark  24.  Biblioteka zawiera  procedury  napisane  w  języku  FORTRAN.
+* biblioteka  NAG Parallel Library (FDL6A03DP), Release 3.  Biblioteka zawiera procedury zrównoleglone napisane  w  języku  FORTRAN.
+* biblioteka NAG C Library (CLL6I23DCL), Mark 23. Biblioteka  zawiera procedury napisane w języku C.
+* NAG Data Mining  Components  (DRL6A0DG),  Release  2.0.
+* NAG Toolbox for MATLAB (MBL6A23DML), Mark 23
-    module load Intel/11.0
+Dodatkowe informacje o każdym z tych produktów i przykłady użycia zawierają notki informacyjne:
+* man nag_fl - biblioteka  NAG Fortran Library
+* man nag_pl -  biblioteka  NAG Parallel Library
+* man nag_cl -  biblioteka NAG C Library
+* man nag_dmc - NAG Data Mining Components
+* man nag_matlab - NAG Toolbox for MATLAB
-    module load NAG/mark21
-Sposób użycia:
-    $fcompile -static prog.f  $flink
+==Sposób użycia NAG Fortan Library==
-lub
+Biblioteka rozprowadzana jest w 4 wersjach: statycznej i współdzielonej oraz korzystającej lub nie z biblioteki Intel Math Kernel Library (mkl).
+* libnag_mkl.a - wersja statyczna, korzysta z biblioteki mkl
+* libnag_mkl.so - wersja wspoldzielona, korzysta z biblioteki mkl
+* libnag.a - wersja statyczna, nie korzysta z biblioteki mkl
+* libnag.so - wersja współdzielona, nie korzysta z biblioteki mkl
-    $fcompile prog.f  $flink
+Rekomendowane  jest  używanie  biblioteki wykorzystującej Intel Math Kernel Library (mkl).
+Przed użyciem biblioteki, należy załadować odpowiednie moduły kompilatora i biblioteki:
-gdzie: prog.f - program użytkownika wywołujący procedurę z biblioteki NAG SMP Library
+  module load Intel/12.1
+  module load NAG/Fl
-Przed wykonaniem programu należy wykonać:
+i wywołać kompilator.
-. dla tcsh
-     setenv OMP_NUM_THREADS nproc
-     ./a.out
-. dla bash
-     export OMP_NUM_THREADS=nproc
-     ./a.out
-gdzie: nproc  - liczba zadanych procesorów
+W  zależności  od  tego  jakiej  biblioteki  chcemy  użyć, wywołanie wygląda następująco:
+* dla wersji statycznej, korzystającej z biblioteki mkl
-== Przykłady ==
+  ifort program.f90 -o program $flink_mkl
-W katalogu /opt/NAG/fsl6421dcl/examples/source zamieszczone są przykłady źródłowe użycia procedur z biblioteki NAG SMP Library. Każdy przykład można uruchomić w swoim własnym katalogu wykonując komendę:
+* dla wersji współdzielonej, korzystającej z biblioteki mkl
-   nagsmp_example name_example nproc
+  ifort program.f90 -o program $flink_mkl_so
-lub
+* dla wersji statycznej, nie korzystającej z biblioteki mkl
-   nagsmp_example_shar name_example nproc
+  ifort program.f90 -o program $flink
-gdzie: name_example - nazwa przykładu (6 pierwszych znaków nazwy pliku źródłowego z katalogu /opt/NAG/fsl6421dcl/examples/source), nproc - liczba żądanych procesorów
+* dla wersji współdzielonej, nie korzystającej z biblioteki mkl
+  ifort program.f90 -o program $flink_so
-Listę plików źródłowych z przykładami można otrzymać komendą:
-   ls /opt/NAG/fsl6421dcl/examples/source
-Uwagi dla użytkownika (NAG SMP Library)
+==Sposób użycia NAG C Library==
-   mozilla /opt/NAG/fsl6421dcl/doc/un.html
-Inne informacje można znaleźć w katalogu /opt/NAG/fsl6421dcl/doc
+Biblioteka rozprowadzana jest w 4 wersjach: statycznej i współdzielonej oraz korzystającej lub nie z biblioteki Intel Math Kernel Library (mkl):
+* libnagc_mkl.a - wersja statyczna, korzysta z biblioteki mkl
+* libnagc_mkl.so - wersja współdzielona, korzysta z biblioteki mkl
+* libnagc.a - wersja statyczna, nie korzysta z biblioteki mkl
+* libnagc.so - wersja współdzielona, nie korzysta z biblioteki mkl
-Dokumentacja on-line:
+Rekomendowane jest używanie biblioteki wykorzystującej Intel Math Kernel Library (mkl).
+Przed użyciem biblioteki, należy załadować odpowiednie moduły kompilatora i biblioteki:
-   mozilla /opt/NAG/nagdoc_mk21/html/mark21.html
+  module load Intel/12.1
+  module load NAG/Cl
+i wywołać kompilator.
+W zależności od tego jakiej biblioteki chcemy użyć, wywołanie wygląda następująco:
+* dla wersji statycznej, korzystającej z biblioteki mkl:
+ icc program.c -o program $clink_mkl
+* dla wersji współdzielonej, korzystającej z biblioteki mkl
+ icc program.c -o program $clink_mkl_so
+* dla wersji statycznej, nie korzystającej z biblioteki mkl:
+ icc program.c -o program $clink
+* dla wersji współdzielonej, nie korzystającej z biblioteki mkl
+ icc program.c -o program $clink_so
+W przypadku używania innego kompilatora, należy załadować tylko jeden moduŁ:
+  module load NAG/Cl
+i  wywołać  kompilator.
+Na  przykład dla gcc można wykonać komendę:
+  gcc program.c $gcclink_mkl_so
+==Sposób użycia NAG Parallel Library==
+Przed kompilacją ładujemy odpowiednie moduły:
+  module load  NAG/Pl Intel/12.1
+wywołujemy kompilator:
+  mpiifort program.f -o program $nagmpilink $flslink $blaslink $syslink
+a następnie wykonujemy program pod kontrola MPI:
+  mpirun -np 4 program
+==Sposób użycia NAG Data Mining Components==
+Przed użyciem biblioteki, należy  załadować odpowiedni moduł biblioteki:
+  module load NAG/dmc
+i wywołać kompilator:
+  gcc program.c -o program $dmclink
+==Sposób użycia NAG Toolbox for MATLAB==
+Przed użyciem biblioteki, należy  załadować odpowiedni moduł:
+  module load NAG/matlab
+a po wywołaniu programu MATLAB, można wywoływać w nim podprogramy biblioteki NAG.
+Lista dostępnych podprogramów znajduje się tutaj:
+http://www.nag.co.uk/numeric/MB/manual64_23_1/pdf/index.html
+==Konsultacje==
+Stefan Świąć, Dział Użytkowników Komputerów Dużej Mocy, email: s.swiac@cyfronet.pl
+Lucyna Witkowska, Dział Użytkowników Komputerów Dużej Mocy, email: l.witkowska@cyfronet.pl