Mars:Fluent

Informacje ogólne

Fluent pozwala na modelowanie wszelkich zjawisk związanych z przepływami (spalanie, turbulencja, przepływy wielofazowe, reakcje chemiczne, przewodzenie ciepła, radiacja itp.). Fluent wchodzi w skład pakietu Ansys Academic Research CFD.

Dostęp do wersji Fluent 14.0 uzyskuje się komendą:

 module load Fluent/14.0

Dostęp do wersji Fluent 14.5 uzyskuje się komendą:

 module load Fluent/14.5

Graficzne środowisko Fluent dostępne jest na węźle mars60. W tym celu należy zalogować się na ten węzeł komendą:

 ssh mars60

i wykonać komendy:

 module load Fluent/14.0
 fluent

lub

 module load Fluent/14.5
 fluent

Środowisko graficzne Workbench otrzymamy wykonując komendę

 runwb2

Uwaga: należy pamiętać o wcześniejszym uruchomieniu serwera X-ów na lokalnym PC). Dłuższe obliczenia należy uruchamiać w trybie batch-owym z węzła dostępowego mars

Przykładowe skrypty

Obliczenia w trybie wątków

#!/bin/bash
#PBS -N fluent_test
#PBS -q long
#PBS -l nodes=1:ppn=6

# ustawienie sciezek do pakietu Fluent
module load Fluent/14.5

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
cpus=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

input=plik_z_danymi_wejsciowymi
output=Standardowe_wyjscie
fluent 2ddp -g -t$cpus <  $input >  $output

Powyższy skrypt uruchomi zadanie na jednym węźle i wykorzysta 6 procesorów do obliczeń. Dane wejściowe należy umieścić w katalogu z którego wstawia się zadanie do kolejki PBS. Wyniki obliczeń pojawią się w tym samym katalogu.

Obliczenia w trybie MPI

Użytkownik musi mieć możliwość łączenia się z innymi węzłami poprzez klucz. Zapewnia to jednorazowe wykonanie następujących komend:

  ssh-keygen -t dsa

(odpowiedziec klawiszem Enter na wszystkie zapytania) a nastepnie

  cd .ssh
  cp id_dsa.pub authorized_keys

oraz

  cp /etc/ssh/ssh_known_hosts known_hosts

Wykonanie tych komend umożliwia komunikację między węzłami poprzez ssh bez konieczności podawania hasła.

#!/bin/bash
#PBS -N fluent_test
#PBS -q long
#PBS -l nodes=4:ppn=2

# ustawienie sciezek do pakietu Fluent
module load Fluent/14.5

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow i wygenerowanie hosts 
cpus=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)
cat $PBS_NODEFILE > hosts

input=plik_z_danymi_wejsciowymi
output=Standardowe_wyjscie
fluent 2ddp -g -t$cpus -ssh -peth -p -cnf=hosts <  $input >  $output

Powyższy skrypt uruchomi zadanie na czterech węzłach i wykorzysta po 2 procesory na każdym węźle do obliczeń. Dane wejściowe należy umieścić w katalogu z którego wstawia się zadanie do kolejki PBS. Wyniki obliczeń pojawią się w tym samym katalogu.