Zeus:CRYSTAL: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
 
(Nie pokazano 9 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 6: Linia 6:
 
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
 
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
  
−
   <code>module add crystal</code>
+
   <code>module add apps/crystal</code>
  
 
Domyślna wersja to '''crystal09'''.
 
Domyślna wersja to '''crystal09'''.
  
−
Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem <tt>crystal</tt>.
+
Program obliczeniowy w wersji sekwencyjnej uruchamiany jest poleceniem uruchamiany jest poleceniem <tt>runcry09</tt>.
  
−
Dodatkowo pakiet [[CRYSTAL]] zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. uruchomienie w trybie pracy równoległej. '''Tryb pracy równoległej jest zalecany i jeżeli nie istnieje taka potrzeba, program nie powinien byc uruchamiany w trybie sekwencyjnym!''' Tryb pracy równoległej <tt>Pcrystal</tt> uruchaminy jest poleceniem <tt>runmpiZeus09</tt>.
+
Dodatkowo pakiet [[CRYSTAL]] zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. uruchomienie w trybie pracy równoległej. '''Tryb pracy równoległej jest zalecany i jeżeli nie istnieje taka potrzeba, program nie powinien byc uruchamiany w trybie sekwencyjnym!''' Tryb pracy równoległej <tt>Pcrystal</tt> uruchaminy jest poleceniem <tt>runmpi09</tt>.
  
 
'''Uwaga:''' Moduły [[CRYSTAL]] nie ustawiają katalogu tymczasowego na system Lustre. Tryb ten był testowany i zdarzały się błędy poprawnym działaniu programu.
 
'''Uwaga:''' Moduły [[CRYSTAL]] nie ustawiają katalogu tymczasowego na system Lustre. Tryb ten był testowany i zdarzały się błędy poprawnym działaniu programu.
Linia 18: Linia 18:
 
= Używanie pakietu =
 
= Używanie pakietu =
  
−
'''Uwaga:''' W związku ze zgłaszanymi problemami w działaniu programu, zostały przeprowadzone testy mające na celu znalezienie rozwiązania tego problemu.
+
''' UWAGA! Wymagane jest użycie opcji 'sl6' dla poprawnego działania programu, np: '''
  
−
Tymczasowym rozwiązaniem jest używanie na maszynach obliczeniowych po jednym rdzeniu, tj. ustalanie w parametrach właściwości węzłów obliczeniowych własności ppn=1, np:
+
  qsub -I -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband
−
  qsub -l nodes=4:ppn=1:sl5:intel:infiniband
 
−
Podczas ładowania modułu program pokazuje ostrzeżenie jeżeli parametr ppn jest różny od 1.
 
  
 
= CRYSTAL09 2.0.1 =
 
= CRYSTAL09 2.0.1 =
 
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>crystal/crystal09</tt>
 
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>crystal/crystal09</tt>
  
−
   <code>module load crystal/crystal09</code>
+
   <code>module load apps/crystal/crystal09</code>
  
 
==== Przykładowy skrypt ====
 
==== Przykładowy skrypt ====
 
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 
===== Oblicznia zrównoleglone =====
  
−
Zadanie [[CRYSTAL]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało po 1 procesorze.
+
Zadanie [[CRYSTAL]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało po 12 procesorów.
  
 
<syntaxhighlight lang="bash">
 
<syntaxhighlight lang="bash">
 
#!/usr/bin/env bash
 
#!/usr/bin/env bash
−
##### Maksymalnie 1 rdzeń na wezle!
+
#####  
−
#PBS -l nodes=4:ppn=1:sl5:intel:infiniband
+
#PBS -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband
−
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
+
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 1GB * 4 wezly * 1 rdzen = 4GB na zadanie!
−
#PBS -l pmem=2gb
+
#PBS -l pmem=1gb
 
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 
#PBS -l walltime=01:00:00
 
#PBS -l walltime=01:00:00
Linia 50: Linia 48:
  
 
# ustawienie srodowiska dla pakietu CRYSTAL w wersji CRYSTAL09 2.0.1
 
# ustawienie srodowiska dla pakietu CRYSTAL w wersji CRYSTAL09 2.0.1
−
module load crystal/crystal09
+
module load apps/crystal/crystal09
  
−
# przejscie do katalogu, zawierajacego testy pakiety crystal
+
# przejscie do katalogu, zawierajacego testy pakietu crystal
−
cd $CRY2K9_TEST
+
mkdir -p $HOME/CRYSTAL_TEST
 +
cp -r $CRY2K9_TEST/* $HOME/CRYSTAL_TEST
 +
cd $HOME/CRYSTAL_TEST
  
 
#uruchomienie programu
 
#uruchomienie programu
−
runmpiZeus09 $PBS_NP test00
+
runmpi09 $PBS_NP test00

Aktualna wersja na dzień 06:32, 23 wrz 2013

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CRYSTAL w wersjach CRYSTAL09 2.0.1.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: 

 module add apps/crystal

Domyślna wersja to crystal09.

Program obliczeniowy w wersji sekwencyjnej uruchamiany jest poleceniem uruchamiany jest poleceniem runcry09.

Dodatkowo pakiet CRYSTAL zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. uruchomienie w trybie pracy równoległej. Tryb pracy równoległej jest zalecany i jeżeli nie istnieje taka potrzeba, program nie powinien byc uruchamiany w trybie sekwencyjnym! Tryb pracy równoległej Pcrystal uruchaminy jest poleceniem runmpi09.

Uwaga: Moduły CRYSTAL nie ustawiają katalogu tymczasowego na system Lustre. Tryb ten był testowany i zdarzały się błędy poprawnym działaniu programu.

Używanie pakietu

UWAGA! Wymagane jest użycie opcji 'sl6' dla poprawnego działania programu, np: 

qsub -I -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband

CRYSTAL09 2.0.1

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł crystal/crystal09 

 module load apps/crystal/crystal09

Przykładowy skrypt

Oblicznia zrównoleglone

Zadanie CRYSTAL będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało po 12 procesorów.

<syntaxhighlight lang="bash">

  1. !/usr/bin/env bash
  2. PBS -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband
          1. ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 1GB * 4 wezly * 1 rdzen = 4GB na zadanie!
  3. PBS -l pmem=1gb
          1. Maksymalny czas obliczen 1 godzina
  4. PBS -l walltime=01:00:00
          1. Nazwa kolejki
  5. PBS -q l_short
          1. Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
  6. PBS -N nazwa_obliczen
          1. Nazwa grantu uzytego do obliczen
  7. PBS -A nazwa_grantu
  1. ustawienie srodowiska dla pakietu CRYSTAL w wersji CRYSTAL09 2.0.1

module load apps/crystal/crystal09

  1. przejscie do katalogu, zawierajacego testy pakietu crystal

mkdir -p $HOME/CRYSTAL_TEST cp -r $CRY2K9_TEST/* $HOME/CRYSTAL_TEST cd $HOME/CRYSTAL_TEST

  1. uruchomienie programu

runmpi09 $PBS_NP test00

Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:CRYSTAL&oldid=1562”