Zeus:CRYSTAL: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 8 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika) | |||
| Linia 6: | Linia 6: | ||
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: | Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: | ||
| − | <code>module add crystal</code> | + | <code>module add apps/crystal</code> |
Domyślna wersja to '''crystal09'''. | Domyślna wersja to '''crystal09'''. | ||
| − | Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem <tt> | + | Program obliczeniowy w wersji sekwencyjnej uruchamiany jest poleceniem uruchamiany jest poleceniem <tt>runcry09</tt>. |
| − | Dodatkowo pakiet [[CRYSTAL]] zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. uruchomienie w trybie pracy równoległej. '''Tryb pracy równoległej jest zalecany i jeżeli nie istnieje taka potrzeba, program nie powinien byc uruchamiany w trybie sekwencyjnym!''' Tryb pracy równoległej <tt>Pcrystal</tt> uruchaminy jest poleceniem <tt> | + | Dodatkowo pakiet [[CRYSTAL]] zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. uruchomienie w trybie pracy równoległej. '''Tryb pracy równoległej jest zalecany i jeżeli nie istnieje taka potrzeba, program nie powinien byc uruchamiany w trybie sekwencyjnym!''' Tryb pracy równoległej <tt>Pcrystal</tt> uruchaminy jest poleceniem <tt>runmpi09</tt>. |
'''Uwaga:''' Moduły [[CRYSTAL]] nie ustawiają katalogu tymczasowego na system Lustre. Tryb ten był testowany i zdarzały się błędy poprawnym działaniu programu. | '''Uwaga:''' Moduły [[CRYSTAL]] nie ustawiają katalogu tymczasowego na system Lustre. Tryb ten był testowany i zdarzały się błędy poprawnym działaniu programu. | ||
| Linia 18: | Linia 18: | ||
= Używanie pakietu = | = Używanie pakietu = | ||
| − | ''' | + | ''' UWAGA! Wymagane jest użycie opcji 'sl6' dla poprawnego działania programu, np: ''' |
| − | + | qsub -I -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband | |
| − | qsub -l nodes=4:ppn= | ||
| − | |||
= CRYSTAL09 2.0.1 = | = CRYSTAL09 2.0.1 = | ||
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>crystal/crystal09</tt> | Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>crystal/crystal09</tt> | ||
| − | <code>module load crystal/crystal09</code> | + | <code>module load apps/crystal/crystal09</code> |
==== Przykładowy skrypt ==== | ==== Przykładowy skrypt ==== | ||
===== Oblicznia zrównoleglone ===== | ===== Oblicznia zrównoleglone ===== | ||
| − | Zadanie [[CRYSTAL]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało po | + | Zadanie [[CRYSTAL]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało po 12 procesorów. |
<syntaxhighlight lang="bash"> | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
#!/usr/bin/env bash | #!/usr/bin/env bash | ||
| − | ##### | + | ##### |
| − | #PBS -l nodes=4:ppn= | + | #PBS -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband |
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 1GB * 4 wezly * 1 rdzen = 4GB na zadanie! | ##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 1GB * 4 wezly * 1 rdzen = 4GB na zadanie! | ||
#PBS -l pmem=1gb | #PBS -l pmem=1gb | ||
| Linia 50: | Linia 48: | ||
# ustawienie srodowiska dla pakietu CRYSTAL w wersji CRYSTAL09 2.0.1 | # ustawienie srodowiska dla pakietu CRYSTAL w wersji CRYSTAL09 2.0.1 | ||
| − | module load crystal/crystal09 | + | module load apps/crystal/crystal09 |
| − | # przejscie do katalogu, zawierajacego testy | + | # przejscie do katalogu, zawierajacego testy pakietu crystal |
| − | cd $ | + | mkdir -p $HOME/CRYSTAL_TEST |
| + | cp -r $CRY2K9_TEST/* $HOME/CRYSTAL_TEST | ||
| + | cd $HOME/CRYSTAL_TEST | ||
#uruchomienie programu | #uruchomienie programu | ||
| − | + | runmpi09 $PBS_NP test00 | |
Aktualna wersja na dzień 06:32, 23 wrz 2013
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CRYSTAL w wersjach CRYSTAL09 2.0.1.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add apps/crystal
Domyślna wersja to crystal09.
Program obliczeniowy w wersji sekwencyjnej uruchamiany jest poleceniem uruchamiany jest poleceniem runcry09.
Dodatkowo pakiet CRYSTAL zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. uruchomienie w trybie pracy równoległej. Tryb pracy równoległej jest zalecany i jeżeli nie istnieje taka potrzeba, program nie powinien byc uruchamiany w trybie sekwencyjnym! Tryb pracy równoległej Pcrystal uruchaminy jest poleceniem runmpi09.
Uwaga: Moduły CRYSTAL nie ustawiają katalogu tymczasowego na system Lustre. Tryb ten był testowany i zdarzały się błędy poprawnym działaniu programu.
Używanie pakietu
UWAGA! Wymagane jest użycie opcji 'sl6' dla poprawnego działania programu, np:
qsub -I -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband
CRYSTAL09 2.0.1
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł crystal/crystal09
module load apps/crystal/crystal09
Przykładowy skrypt
Oblicznia zrównoleglone
Zadanie CRYSTAL będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało po 12 procesorów.
<syntaxhighlight lang="bash">
- !/usr/bin/env bash
- PBS -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband
- ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 1GB * 4 wezly * 1 rdzen = 4GB na zadanie!
- PBS -l pmem=1gb
- Maksymalny czas obliczen 1 godzina
- PBS -l walltime=01:00:00
- Nazwa kolejki
- PBS -q l_short
- Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
- PBS -N nazwa_obliczen
- Nazwa grantu uzytego do obliczen
- PBS -A nazwa_grantu
- ustawienie srodowiska dla pakietu CRYSTAL w wersji CRYSTAL09 2.0.1
module load apps/crystal/crystal09
- przejscie do katalogu, zawierajacego testy pakietu crystal
mkdir -p $HOME/CRYSTAL_TEST cp -r $CRY2K9_TEST/* $HOME/CRYSTAL_TEST cd $HOME/CRYSTAL_TEST
- uruchomienie programu
runmpi09 $PBS_NP test00