Aktualna wersja na dzień 12:29, 21 lut 2018

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Abaqus w wersjiach 6.x, 2016, 2017.

Spis treści

1 Informacje ogólne
2 Wersje Abaqusa
- 2.1 Przykładowe skrypty
  - 2.1.1 Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią
  - 2.1.2 Obliczenia w trybie MPI

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używając katalogu $SCRATCH. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add apps/abaqus

Domyślna wersja to 2017.

Program uruchamiany jest poleceniem abaqus.

Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).

Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.

Wersje Abaqusa

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/abaqus/ver gdzie ver to wersja Abaqusa (10, 11, 12, 13, 14, 2016 lub 2017)

 module add apps/abaqus/ver

Przykładowe skrypty

Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.

#!/bin/bash -l
## Nazwa zlecenia
#SBATCH -J <nazwa_zadania>
## Liczba alokowanych węzłów
#SBATCH -N 1
## Liczba zadań per węzeł (domyślnie jest to liczba alokowanych rdzeni na węźle)
#SBATCH --ntasks-per-node=4
## Ilość pamięci przypadającej na jeden rdzeń obliczeniowy (domyślnie 5GB na rdzeń)
#SBATCH --mem-per-cpu=1GB
## Maksymalny czas trwania zlecenia (format HH:MM:SS)
#SBATCH --time=01:00:00 
## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
#SBATCH -A <grant_id>
## Specyfikacja partycji
#SBATCH -p plgrid-testing
## Plik ze standardowym wyjściem
#SBATCH --output="output.out"
## Plik ze standardowym wyjściem błędów
#SBATCH --error="error.err"
 
## przejscie do katalogu z ktorego wywolany zostal sbatch
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

input=<plik_wejsciowy> 
np=$SLURM_NTASKS
srun /bin/hostname
module load plgrid/apps/abaqus/<ver>
abaqus j=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive interactive

Obliczenia w trybie MPI

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/bash -l
## Nazwa zlecenia
#SBATCH -J <nazwa_zadania>
## Liczba alokowanych węzłów
#SBATCH -N 4
## Liczba zadań per węzeł (domyślnie jest to liczba alokowanych rdzeni na węźle)
#SBATCH --ntasks-per-node=2
## Ilość pamięci przypadającej na jeden rdzeń obliczeniowy (domyślnie 5GB na rdzeń)
#SBATCH --mem-per-cpu=1GB
## Maksymalny czas trwania zlecenia (format HH:MM:SS)
#SBATCH --time=01:00:00 
## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
#SBATCH -A <grant_id>
## Specyfikacja partycji
#SBATCH -p plgrid-testing
## Plik ze standardowym wyjściem
#SBATCH --output="output.out"
## Plik ze standardowym wyjściem błędów
#SBATCH --error="error.err"
 
## przejscie do katalogu z którego wywołany został sbatch
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

input=<plik_wejsciowy> 
np=$SLURM_NTASKS
srun /bin/hostname
module load apps/abaqus/<ver>
abaqus j=$input cpus=$np mp_mode=mpi interactive

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 {{DISPLAYTITLE:Abaqus}}
-Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet Abaqus w wersji 6.10.
+Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet Abaqus w wersjiach 6.x, 2016, 2017.
 = Informacje ogólne =
-Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
+Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Pliki tymczasowe należy tworzyć używając katalogu $SCRATCH. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
    <code>module add apps/abaqus</code>
-Domyślna wersja to '''6.10'''.
+Domyślna wersja to '''2017'''.
 Program uruchamiany jest poleceniem <tt>abaqus</tt>.
@@ Linia 16: / Linia 16: @@
 Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy <tt>abaqus help</tt>.
-=6.10=
+=Wersje Abaqusa=
-Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/abaqus/6.10</tt>
+Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/abaqus/''ver''</tt>  gdzie
+''ver'' to wersja Abaqusa (10, 11, 12, 13, 14, 2016 lub 2017)
-   <code>module add apps/abaqus/6.10</code>
+   <code>module add apps/abaqus/''ver''</code>
-==== Przykładowy skrypt ====
+==== Przykładowe skrypty ====
 ===== Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią =====
@@ Linia 27: / Linia 28: @@
 <syntaxhighlight lang="bash">
-#!/bin/env bash
+#!/bin/bash -l
-##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
+## Nazwa zlecenia
-#PBS -l nodes=1:ppn=4
+#SBATCH -J <nazwa_zadania>
-##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
+## Liczba alokowanych węzłów
-#PBS -l pvmem=1gb
+#SBATCH -N 1
-##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
+## Liczba zadań per węzeł (domyślnie jest to liczba alokowanych rdzeni na węźle)
-#PBS -l walltime=1:00:00
+#SBATCH --ntasks-per-node=4
-##### Nazwa kolejki
+## Ilość pamięci przypadającej na jeden rdzeń obliczeniowy (domyślnie 5GB na rdzeń)
-#PBS -q l_short
+#SBATCH --mem-per-cpu=1GB
-##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
+## Maksymalny czas trwania zlecenia (format HH:MM:SS)
-#PBS -N nazwa_obliczen
+#SBATCH --time=01:00:00
-##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
+## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
-#PBS -A nazwa_grantu
+#SBATCH -A <grant_id>
+## Specyfikacja partycji
+#SBATCH -p plgrid-testing
+## Plik ze standardowym wyjściem
+#SBATCH --output="output.out"
+## Plik ze standardowym wyjściem błędów
+#SBATCH --error="error.err"
+## przejscie do katalogu z ktorego wywolany zostal sbatch
+cd $SLURM_SUBMIT_DIR
-# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
+input=<plik_wejsciowy>
-module add apps/abaqus/6.10
+np=$SLURM_NTASKS
+srun /bin/hostname
-# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
+module load plgrid/apps/abaqus/<ver>
-cd $PBS_O_WORKDIR
+abaqus j=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive interactive
-# zliczenie zadanych procesorow
-np=$PBS_NP
-# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
-echo 'memory = "4 gb"' > abaqus_v6.env
-input=plik_z_danymi_wejsciowymi
-abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive
 </syntaxhighlight>
-===== Oblicznia w trybie MPI =====
+===== Obliczenia w trybie MPI =====
 Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
 <syntaxhighlight lang="bash">
-#!/bin/env bash
+#!/bin/bash -l
-##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
+## Nazwa zlecenia
-#PBS -l nodes=4:ppn=2
+#SBATCH -J <nazwa_zadania>
-##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
+## Liczba alokowanych węzłów
-#PBS -l pvmem=3gb
+#SBATCH -N 4
-##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
+## Liczba zadań per węzeł (domyślnie jest to liczba alokowanych rdzeni na węźle)
-#PBS -l walltime=1:00:00
+#SBATCH --ntasks-per-node=2
-##### Nazwa kolejki
+## Ilość pamięci przypadającej na jeden rdzeń obliczeniowy (domyślnie 5GB na rdzeń)
-#PBS -q l_short
+#SBATCH --mem-per-cpu=1GB
-##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
+## Maksymalny czas trwania zlecenia (format HH:MM:SS)
-#PBS -N nazwa_obliczen
+#SBATCH --time=01:00:00
-##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
+## Nazwa grantu do rozliczenia zużycia zasobów
-#PBS -A nazwa_grantu
+#SBATCH -A <grant_id>
+## Specyfikacja partycji
-# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
+#SBATCH -p plgrid-testing
-module add apps/abaqus/6.10
+## Plik ze standardowym wyjściem
+#SBATCH --output="output.out"
-# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
+## Plik ze standardowym wyjściem błędów
-cd $PBS_O_WORKDIR
+#SBATCH --error="error.err"
-# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
+## przejscie do katalogu z którego wywołany został sbatch
-echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env
+cd $SLURM_SUBMIT_DIR
-echo "mp_mpirun_path = {HP:'/software/local/Abaqus/6.10-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env
-# zliczenie zadanych procesorow
-np=$PBS_NP
-input=plik_z_danymi_wejsciowymi
-abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive
-</syntaxhighlight>
-=6.12=
-Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/abaqus/6.12</tt>
-  <code>module add apps/abaqus/6.12</code>
-==== Przykładowy skrypt ====
-===== Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią =====
-Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.
-<syntaxhighlight lang="bash">
-#!/bin/env bash
-##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
-#PBS -l nodes=1:ppn=4
-##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
-#PBS -l pmem=1gb
-##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
-#PBS -l walltime=1:00:00
-##### Nazwa kolejki
-#PBS -q l_short
-##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
-#PBS -N nazwa_obliczen
-##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
-#PBS -A nazwa_grantu
-# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
-module add apps/abaqus/6.12
-# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
-cd $PBS_O_WORKDIR
-# zliczenie zadanych procesorow
-np=$PBS_NP
-# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
-echo 'memory = "4 gb"' > abaqus_v6.env
-input=plik_z_danymi_wejsciowymi
-abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive
-</syntaxhighlight>
-===== Oblicznia w trybie MPI =====
-Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
-<syntaxhighlight lang="bash">
-#!/bin/env bash
-##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
-#PBS -l nodes=4:ppn=2
-##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
-#PBS -l pmem=3gb
-##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
-#PBS -l walltime=1:00:00
-##### Nazwa kolejki
-#PBS -q l_short
-##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
-#PBS -N nazwa_obliczen
-##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
-#PBS -A nazwa_grantu
-# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
-module add apps/abaqus/6.12
-# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
-cd $PBS_O_WORKDIR
-# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
-echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env
-echo "mp_mpirun_path = {HP:'/software/local/Abaqus/6.10-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env
-# zliczenie zadanych procesorow
-np=$PBS_NP
-input=plik_z_danymi_wejsciowymi
-abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive
+input=<plik_wejsciowy>
+np=$SLURM_NTASKS
+srun /bin/hostname
+module load apps/abaqus/<ver>
+abaqus j=$input cpus=$np mp_mode=mpi interactive
 </syntaxhighlight>

Zeus:Abaqus: Różnice pomiędzy wersjami