Zeus:GAMESS: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
(Utworzył nową stronę „{{DISPLAYTITLE:GAMESS}} Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet GAMESS w wersjach 2010.R1 oraz 2012.R2. = Infor...”)
 
 
(Nie pokazano 5 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
{{DISPLAYTITLE:GAMESS}}
 
{{DISPLAYTITLE:GAMESS}}
−
Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[GAMESS]] w wersjach [[Zeus:GAMESS#2010.R1|2010.R1]] oraz [[Zeus:GAMESS#2012.R2|2012.R2]].
+
Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[GAMESS]] w wersjach [[Zeus:GAMESS#2010.R1|2010.R1]], [[Zeus:GAMESS#2010.R1-GPGPU|2010.R1-GPGPU]], [[Zeus:GAMESS#2011.R1-GPGPU|2011.R1-GPGPU]] oraz [[Zeus:GAMESS#2012.R2|2012.R2]].
 
= Informacje ogólne =
 
= Informacje ogólne =
  
−
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]].
+
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Dla oprogramowania [[GAMESS]] przygotowano moduły <tt>apps/gamess/<nazwa-wersji></tt>, przy czym moduł <tt>apps/gamess</tt> jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
  
−
= Gamess =
+
  <code>module add apps/gamess</code>
−
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>gamess</tt>
 
  
−
  <code>module add gamess</code>
+
Domyślna wersja to '''2012.R2''.
  
−
Program uruchamiamy poleceniem
+
Pliki tymczasowe należy składować na zasobie dyskowym [[Zeus:Lustre|Lustre]].
−
 
  
 +
Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem <tt>rungms</tt>.
  
 +
 +
=2010.R1=
 +
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>apps/gamess/2010.R1</tt>
 +
 +
  <code>module add apps/gamess/2010.R1</code>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 +
Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
 +
module add apps/gamess/2010.R1-ib
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
#uruchomienie programu
 +
rungms  input.in  >& output.log
 +
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $TMPDIR
 +
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
 +
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 +
 +
Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=12
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
 +
module add apps/gamess/2010.R1-ib
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
#uruchomienie programu
 +
rungms  input.in  >& output.log
 +
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCRATCHDIR
 +
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
 +
 +
=2010.R1-GPGPU=
 +
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>gpu/gamess/2010.R1</tt>
 +
 +
  <code>module add gpu/gamess/2010.R1</code>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Obliczenia równoległe =====
 +
 +
Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=8gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q gpgpu
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1-GPGPU
 +
module add gpu/gamess/2010.R1
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
#uruchomienie programu
 +
rungms  input.in  >& output.log
 +
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $TMPDIR
 +
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
 +
 +
=2011.R1-GPGPU=
 +
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>gpu/gamess/2011.R1</tt>
 +
 +
  <code>module add gpu/gamess/2011.R1</code>
  
 
==== Przykładowy skrypt ====
 
==== Przykładowy skrypt ====
−
===== Wersja szeregowa =====
+
===== Obliczenia równoległe =====
 +
 
 +
Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=8gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q gpgpu
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2011.R1-GPGPU
 +
module add gpu/gamess/2011.R1
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
rungms  input.in  >& output.log
 +
 
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $TMPDIR
 +
 
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
=2012.R2=
 +
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>apps/gamess/2012.R2-ib</tt>
 +
 
 +
  <code>module add apps/gamess/2012.R2-ib</code>
 +
 
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 
 +
Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
 +
module add apps/gamess/2012.R2-ib
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
rungms  input.in  >& output.log
 +
 
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $TMPDIR
 +
 
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
 
 +
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 +
 
 +
Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=12
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 
 +
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
 +
module add apps/gamess/2012.R2-ib
 +
 
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
 +
 
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 
 +
#uruchomienie programu
 +
rungms  input.in  >& output.log
  
 +
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
 +
rm -f $SCRATCHDIR
  
−
===== Wersja równoległa =====
+
</syntaxhighlight>

Aktualna wersja na dzień 07:30, 6 mar 2014

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet GAMESS w wersjach 2010.R1, 2010.R1-GPGPU, 2011.R1-GPGPU oraz 2012.R2.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania GAMESS przygotowano moduły apps/gamess/<nazwa-wersji>, przy czym moduł apps/gamess jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: 

 module add apps/gamess

Domyślna wersja to '2012.R2.

Pliki tymczasowe należy składować na zasobie dyskowym Lustre.

Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem rungms.


2010.R1

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess/2010.R1 

 module add apps/gamess/2010.R1

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1-ib

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1-ib

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCRATCHDIR


2010.R1-GPGPU

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gpu/gamess/2010.R1 

 module add gpu/gamess/2010.R1

Przykładowy skrypt

Obliczenia równoległe

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=8gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q gpgpu
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1-GPGPU
module add gpu/gamess/2010.R1

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR


2011.R1-GPGPU

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gpu/gamess/2011.R1 

 module add gpu/gamess/2011.R1

Przykładowy skrypt

Obliczenia równoległe

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=8gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q gpgpu
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2011.R1-GPGPU
module add gpu/gamess/2011.R1

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR


2012.R2

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess/2012.R2-ib 

 module add apps/gamess/2012.R2-ib

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
module add apps/gamess/2012.R2-ib

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
module add apps/gamess/2012.R2-ib

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCRATCHDIR
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:GAMESS&oldid=1681”