Zeus:GAMESS: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
| (Nie pokazano 3 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
{{DISPLAYTITLE:GAMESS}} | {{DISPLAYTITLE:GAMESS}} | ||
| − | Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[GAMESS]] w wersjach [[Zeus:GAMESS#2010.R1|2010.R1]] oraz [[Zeus:GAMESS#2012.R2|2012.R2]]. | + | Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[GAMESS]] w wersjach [[Zeus:GAMESS#2010.R1|2010.R1]], [[Zeus:GAMESS#2010.R1-GPGPU|2010.R1-GPGPU]], [[Zeus:GAMESS#2011.R1-GPGPU|2011.R1-GPGPU]] oraz [[Zeus:GAMESS#2012.R2|2012.R2]]. |
= Informacje ogólne = | = Informacje ogólne = | ||
| Linia 12: | Linia 12: | ||
Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem <tt>rungms</tt>. | Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem <tt>rungms</tt>. | ||
| + | |||
=2010.R1= | =2010.R1= | ||
| Linia 76: | Linia 77: | ||
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen | # Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen | ||
| − | module add scratch | + | module add tools/scratch |
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1 | # ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1 | ||
| Linia 94: | Linia 95: | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
| + | |||
| + | |||
=2010.R1-GPGPU= | =2010.R1-GPGPU= | ||
| − | Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt> | + | Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>gpu/gamess/2010.R1</tt> |
| − | <code>module add | + | <code>module add gpu/gamess/2010.R1</code> |
==== Przykładowy skrypt ==== | ==== Przykładowy skrypt ==== | ||
===== Obliczenia równoległe ===== | ===== Obliczenia równoległe ===== | ||
| − | Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na | + | Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne. |
<syntaxhighlight lang="bash"> | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
| Linia 121: | Linia 124: | ||
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen | # Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen | ||
| − | module add scratch | + | module add tools/scratch |
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1-GPGPU | # ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1-GPGPU | ||
| − | module add | + | module add gpu/gamess/2010.R1 |
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe | # informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe | ||
| Linia 139: | Linia 142: | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
| + | |||
| + | |||
=2011.R1-GPGPU= | =2011.R1-GPGPU= | ||
| − | Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt> | + | Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>gpu/gamess/2011.R1</tt> |
| − | <code>module add | + | <code>module add gpu/gamess/2011.R1</code> |
==== Przykładowy skrypt ==== | ==== Przykładowy skrypt ==== | ||
===== Obliczenia równoległe ===== | ===== Obliczenia równoległe ===== | ||
| − | Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na | + | Zadanie [[GAMESS]] będzie się wykonywać na na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne. |
<syntaxhighlight lang="bash"> | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
| Linia 166: | Linia 171: | ||
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen | # Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen | ||
| − | module add scratch | + | module add tools/scratch |
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2011.R1-GPGPU | # ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2011.R1-GPGPU | ||
| − | module add | + | module add gpu/gamess/2011.R1 |
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe | # informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe | ||
| Linia 184: | Linia 189: | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
| + | |||
| + | |||
=2012.R2= | =2012.R2= | ||
| Linia 248: | Linia 255: | ||
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen | # Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen | ||
| − | module add scratch | + | module add tools/scratch |
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2 | # ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2 | ||
Aktualna wersja na dzień 07:30, 6 mar 2014
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet GAMESS w wersjach 2010.R1, 2010.R1-GPGPU, 2011.R1-GPGPU oraz 2012.R2.
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania GAMESS przygotowano moduły apps/gamess/<nazwa-wersji>, przy czym moduł apps/gamess jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add apps/gamess
Domyślna wersja to '2012.R2.
Pliki tymczasowe należy składować na zasobie dyskowym Lustre.
Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem rungms.
2010.R1
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess/2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1-ib
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR
Oblicznia zrównoleglone
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1-ib
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCRATCHDIR
2010.R1-GPGPU
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gpu/gamess/2010.R1
module add gpu/gamess/2010.R1
Przykładowy skrypt
Obliczenia równoległe
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=8gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q gpgpu
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1-GPGPU
module add gpu/gamess/2010.R1
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR
2011.R1-GPGPU
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gpu/gamess/2011.R1
module add gpu/gamess/2011.R1
Przykładowy skrypt
Obliczenia równoległe
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=8gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q gpgpu
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2011.R1-GPGPU
module add gpu/gamess/2011.R1
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR
2012.R2
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess/2012.R2-ib
module add apps/gamess/2012.R2-ib
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
module add apps/gamess/2012.R2-ib
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR
Oblicznia zrównoleglone
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
module add apps/gamess/2012.R2-ib
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCRATCHDIR