Zeus:TURBOMOLE: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
(dodana wersja 6.6)
 
(Nie pokazano 2 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 1: Linia 1:
 
{{DISPLAYTITLE:TURBOMOLE}}
 
{{DISPLAYTITLE:TURBOMOLE}}
−
Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[TURBOMOLE]] w wersjach [[Zeus:TURBOMOLE#6.3.1|6.3.1]], [[Zeus:TURBOMOLE#6.4|6.4]] oraz [[Zeus:TURBOMOLE#6.5|6.5]].
+
Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[TURBOMOLE]] w wersjach [[Zeus:TURBOMOLE#6.3.1|6.3.1]], [[Zeus:TURBOMOLE#6.4|6.4]], [[Zeus:TURBOMOLE#6.5|6.5]] oraz [[Zeus:TURBOMOLE#6.6|6.6]].
  
 
= Informacje ogólne =
 
= Informacje ogólne =
Linia 10: Linia 10:
 
Domyślna wersja to '''6.5'''.
 
Domyślna wersja to '''6.5'''.
  
−
Pakiet [[TURBOMOLE]] składa się z wielu skryptów obliczeniowych. Najważniejsze z nich to <tt>dscf</tt>, <tt>ridft</tt>, <tt>ricc2</tt>, <tt>grad</tt>, <tt>egrad</tt>, <tt>jobex</tt>, <tt>aoforce</tt>, <tt>aoforce</tt> oraz <tt>NumForce</tt>. Dodatkowo skrypty <tt>define</tt>, <tt>cosmoprep</tt> służą do przygotowania danych do obliczeń.
+
Pakiet [[TURBOMOLE]] składa się z wielu skryptów obliczeniowych. Najważniejsze z nich to <tt>dscf</tt>, <tt>ridft</tt>, <tt>ricc2</tt>, <tt>grad</tt>, <tt>egrad</tt>, <tt>jobex</tt>, <tt>aoforce</tt>, <tt>aoforce</tt> oraz <tt>NumForce</tt>. Dodatkowo skrypty <tt>x2t</tt>, <tt>define</tt>, <tt>cosmoprep</tt> służą do przygotowania danych do obliczeń, a <tt>t2x</tt> oraz <tt>tm2molden</tt> do przygotowania wyników do wizualizacji.
  
 
'''Uwaga:''' Gdy obliczenia w [[TURBOMOLE]] wymagają użycia dużej ilości przestrzeni dyskowej zaleca się by pliki tymczasowe tworzyć używając zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. W przypadku wykorzystywania więcej niż jednego węzła obliczeniowego przechowywanie plików tymczasowych w systemie [[Zeus:Lustre|Lustre]] jest konieczne ponieważ katalog je zawierający musi być dostępny z wszystkich węzłów. 
 
'''Uwaga:''' Gdy obliczenia w [[TURBOMOLE]] wymagają użycia dużej ilości przestrzeni dyskowej zaleca się by pliki tymczasowe tworzyć używając zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. W przypadku wykorzystywania więcej niż jednego węzła obliczeniowego przechowywanie plików tymczasowych w systemie [[Zeus:Lustre|Lustre]] jest konieczne ponieważ katalog je zawierający musi być dostępny z wszystkich węzłów. 
Linia 124: Linia 124:
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
−
===== Oblicznia zrównoleglone na wielu węzłach =====
+
===== Oblicznia równoległe na wielu węzłach =====
  
 
Zadanie [[TURBOMOLE]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 
Zadanie [[TURBOMOLE]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
Linia 344: Linia 344:
  
  
 +
 +
=6.5=
 +
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/turbomole/6.5</tt>
 +
 +
  <code>module add apps/turbomole/6.5</code>
 +
 +
==== Przykładowe skrypty ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 +
Zadanie [[TURBOMOLE]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
 +
module add apps/turbomole/6.5
 +
 +
export TURBOTMPDIR=$TMPDIR
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR
 +
 +
# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe
 +
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
 +
cd $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
# uruchomienie komend TURBOMOLE
 +
 +
dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log
 +
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log
 +
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
 +
 +
# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
 +
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
 +
rm -rf $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
echo "FINISHED AT " `date`
 +
##########################################
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią =====
 +
 +
Zadanie [[TURBOMOLE]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=12
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
 +
module add apps/turbomole/6.5-smp
 +
 +
export TURBOTMPDIR=$TMPDIR
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR
 +
 +
# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe
 +
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
 +
cd $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
# uruchomienie komend TURBOMOLE
 +
 +
dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log
 +
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log
 +
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
 +
 +
# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
 +
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
 +
rm -rf $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
echo "FINISHED AT " `date`
 +
##########################################
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== Oblicznia równoległe na wielu węzłach =====
 +
 +
Zadanie [[TURBOMOLE]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=4:ppn=12
 +
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
 +
#PBS -l pmem=2gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
 +
module add apps/turbomole/6.5
 +
 +
export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR
 +
 +
# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe
 +
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
 +
cd $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
# uruchomienie komend TURBOMOLE
 +
 +
dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log
 +
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log
 +
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
 +
 +
# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
 +
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
 +
rm -rf $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
echo "FINISHED AT " `date`
 +
##########################################
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
=6.6=
 +
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/turbomole/6.6</tt>
 +
 +
  <code>module add apps/turbomole/6.6</code>
 +
 +
==== Przykładowe skrypty ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 +
Zadanie [[TURBOMOLE]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.6
 +
module add apps/turbomole/6.6
 +
 +
export TURBOTMPDIR=$TMPDIR
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR
 +
 +
# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe
 +
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
 +
cd $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
# uruchomienie komend TURBOMOLE
 +
 +
dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log
 +
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log
 +
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
 +
 +
# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
 +
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
 +
rm -rf $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
echo "FINISHED AT " `date`
 +
##########################################
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią =====
 +
 +
Zadanie [[TURBOMOLE]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=12
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
 +
#PBS -l mem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.6
 +
module add apps/turbomole/6.6-smp
 +
 +
export TURBOTMPDIR=$TMPDIR
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR
 +
 +
# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe
 +
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
 +
cd $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
# uruchomienie komend TURBOMOLE
 +
 +
dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log
 +
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log
 +
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
 +
 +
# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
 +
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
 +
rm -rf $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
echo "FINISHED AT " `date`
 +
##########################################
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== Oblicznia równoległe na wielu węzłach =====
 +
 +
Zadanie [[TURBOMOLE]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=4:ppn=12
 +
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
 +
#PBS -l pmem=2gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 +
module add tools/scratch
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.6
 +
module add apps/turbomole/6.6
 +
 +
export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR
 +
 +
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
 +
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR
 +
 +
# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe
 +
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
 +
cd $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
# uruchomienie komend TURBOMOLE
 +
 +
dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log
 +
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log
 +
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
 +
 +
# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
 +
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
 +
rm -rf $TURBOTMPDIR
 +
 +
##########################################
 +
echo "FINISHED AT " `date`
 +
##########################################
 +
</syntaxhighlight>
  
 
=6.5=
 
=6.5=

Aktualna wersja na dzień 14:20, 3 gru 2014

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet TURBOMOLE w wersjach 6.3.1, 6.4, 6.5 oraz 6.6.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania TURBOMOLE przygotowano moduły apps/turbomole/<nazwa-wersji>, przy czym moduł apps/turbomole jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: 

 module add apps/turbomole

Domyślna wersja to 6.5.

Pakiet TURBOMOLE składa się z wielu skryptów obliczeniowych. Najważniejsze z nich to dscf, ridft, ricc2, grad, egrad, jobex, aoforce, aoforce oraz NumForce. Dodatkowo skrypty x2t, define, cosmoprep służą do przygotowania danych do obliczeń, a t2x oraz tm2molden do przygotowania wyników do wizualizacji.

Uwaga: Gdy obliczenia w TURBOMOLE wymagają użycia dużej ilości przestrzeni dyskowej zaleca się by pliki tymczasowe tworzyć używając zasobu dyskowego Lustre. W przypadku wykorzystywania więcej niż jednego węzła obliczeniowego przechowywanie plików tymczasowych w systemie Lustre jest konieczne ponieważ katalog je zawierający musi być dostępny z wszystkich węzłów. 

6.3.1

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/turbomole/6.3.1 

 module add apps/turbomole/6.3.1

Przykładowe skrypty

Obliczenia szeregowe

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.3.1
module add apps/turbomole/6.3.1

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.3.1
module add apps/turbomole/6.3.1-smp

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Oblicznia równoległe na wielu węzłach

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.3.1
module add apps/turbomole/6.3.1

export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################


6.4

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/turbomole/6.4 

 module add apps/turbomole/6.4

Przykładowe skrypty

Obliczenia szeregowe

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.4
module add apps/turbomole/6.4

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.4
module add apps/turbomole/6.4-smp

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Oblicznia równoległe na wielu węzłach

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.4
module add apps/turbomole/6.4

export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################


6.5

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/turbomole/6.5 

 module add apps/turbomole/6.5

Przykładowe skrypty

Obliczenia szeregowe

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5-smp

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Oblicznia równoległe na wielu węzłach

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5

export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################

6.6

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/turbomole/6.6 

 module add apps/turbomole/6.6

Przykładowe skrypty

Obliczenia szeregowe

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.6
module add apps/turbomole/6.6

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.6
module add apps/turbomole/6.6-smp

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Oblicznia równoległe na wielu węzłach

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.6
module add apps/turbomole/6.6

export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################

6.5

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/turbomole/6.5 

 module add apps/turbomole/6.5

Przykładowe skrypty

Obliczenia szeregowe

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5-smp

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Oblicznia równoległe na wielu węzłach

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5

export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:TURBOMOLE&oldid=1744”