Zeus:Gromacs: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
L.kitowski (dyskusja | edycje) (Utworzył nową stronę „{{DISPLAYTITLE:Gromacs}} Wersje oprogramowania zainstalowane na klastrze Zeus. = Informacje ogólne = Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania ...”) |
|||
| (Nie pokazano 1 pośredniej wersji utworzonej przez tego samego użytkownika) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
{{DISPLAYTITLE:Gromacs}} | {{DISPLAYTITLE:Gromacs}} | ||
| − | + | Na klastrze [[Zeus]] zainstalowano pakiet [[Gromacs]] w wersjach [[Zeus:Gromacs#4.0.7-mkl-d|4.0.7-mkl-d]], [[Zeus:Gromacs#4.0.7-mkl-s|4.0.7-mkl-s]], [[Zeus:Gromacs#4.5.3-d|4.5.3-d]] oraz [[Zeus:Gromacs#4.5.3-s|4.5.3-s]]. | |
| + | |||
= Informacje ogólne = | = Informacje ogólne = | ||
| − | Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. | + | Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. Dla oprogramowania [[Gromacs]] przygotowano moduły <tt>gromacs/<nazwa-wersji></tt>, przy czym moduł <tt>gromacs</tt> jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: |
| − | + | <code>module add apps/gromacs</code> | |
| − | |||
| − | + | Domyślna wersja to '''4.5.3-s'''. | |
| − | Program uruchamiamy poleceniem | + | Program uruchamiamy poleceniem. |
| + | |||
| + | '''Uwaga:''' Do przygotowania plików wejściowych do symulacji w programie [[Gromacs]] można użyć [[Podstawy:PBS#Zadanie_interaktywne|zadania interaktywnego]] w kolejce <tt>l_interactive</tt> lub użyć modulu <tt>apps/gromacs/preprocess</tt>. | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
==== Przykładowy skrypt ==== | ==== Przykładowy skrypt ==== | ||
===== Wersja szeregowa ===== | ===== Wersja szeregowa ===== | ||
Aktualna wersja na dzień 13:39, 13 lis 2013
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Gromacs w wersjach 4.0.7-mkl-d, 4.0.7-mkl-s, 4.5.3-d oraz 4.5.3-s.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Dla oprogramowania Gromacs przygotowano moduły gromacs/<nazwa-wersji>, przy czym moduł gromacs jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add apps/gromacs
Domyślna wersja to 4.5.3-s.
Program uruchamiamy poleceniem.
Uwaga: Do przygotowania plików wejściowych do symulacji w programie Gromacs można użyć zadania interaktywnego w kolejce l_interactive lub użyć modulu apps/gromacs/preprocess.