Aktualna wersja na dzień 11:45, 13 sty 2015

Spis treści

1 Informacje ogólne
- 1.1 Przykładowe skrypty
  - 1.1.1 Obliczenia w trybie wątków
  - 1.1.2 Oblicznia w trybie MPI
- 1.2 Dokumentacja online

Informacje ogólne

Dostęp do wszystkich wersji Abaqusa uzyskuje się komendą:

 module load Abaqus

Najnowszą zainstalowaną wersję 6.14-2 wywołuje się poleceniem:

  abaqus ...

Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami:

    Abaqus 6.12-3   - abq6142 ...
    Abaqus 6.12-3   - abq6123 ...
    Abaqus 6.11-2   - abq6112 ...
    Abaqus 6.10EF1  - abq610ef1 ...
    Abaqus 6.10-2   - abq6102 ...
    Abaqus 6.9EF1   - abq69ef1 ....
    Abaqus 6.8-3    - abq683 ...

Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae. Należy je uruchamiać jedynie na węźle obliczeniowym mars60, logując się na niego poleceniem ssh mars60 z węzła dostępowego. (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).

Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.

Przykładowe skrypty

Obliczenia w trybie wątków

#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q long
#PBS -l mem=6gb
#PBS -l nodes=1:ppn=4

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

# ustawianie zadanej pamieci (jesli potrzebne)
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  

input=plik_z_danymi_wejsciowymi

abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.

Oblicznia w trybie MPI

UWAGA: Aby mieć możliwość uruchomienia zadania na wielu węzłach należy jednorazowo wykonać komendy:

  ssh-keygen -t dsa

(odpowiedzieć klawiszem Enter na wszystkie zapytania)

a następnie

  cd .ssh
  cp id_dsa.pub authorized_keys

oraz

  cp /etc/ssh/ssh_known_hosts known_hosts

Wykonanie tych komend umożliwia łączenie się z dowolnym węzłem komendą ssh bez konieczności podawania hasła

Przykładowy skrypt uruchamiający zadanie Abaqusa na 4 węzłach i wykorzysujący łącznie 8 procesorów może wyglądać następująco:

#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q long
#PBS -l mem=6gb
#PBS -l nodes=4:ppn=2

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# ustawianie zadanej pamieci i ewentualnie innych parametrow
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  

# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

input=plik_z_danymi_wejsciowymi 

abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive

Dokumentacja online

   http://mars.cyf-kr.edu.pl:2080/

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 {{DISPLAYTITLE:Abaqus}}
-Na klastrze [[Mars]] zainstalowano pakiet Abaqus w wersji 6.11.
 = Informacje ogólne =
+Dostęp do wszystkich wersji Abaqusa uzyskuje się komendą:
+  module load Abaqus
+Najnowszą zainstalowaną wersję 6.14-2 wywołuje się poleceniem:
+   abaqus ...
+Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami:
+     Abaqus 6.12-3   - abq6142 ...
+     Abaqus 6.12-3   - abq6123 ...
+     Abaqus 6.11-2   - abq6112 ...
+     Abaqus 6.10EF1  - abq610ef1 ...
+     Abaqus 6.10-2   - abq6102 ...
+     Abaqus 6.9EF1   - abq69ef1 ....
+     Abaqus 6.8-3    - abq683 ...
-Program uruchamiany jest poleceniem <tt>abaqus</tt>.
 Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem <tt>abaqus cae</tt>.  Należy je uruchamiać jedynie na węźle obliczeniowym mars60, logując się na niego poleceniem <tt>ssh mars60</tt> z węzła dostępowego. ('''Uwaga:''' należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).
@@ Linia 10: / Linia 22: @@
 Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy <tt>abaqus help</tt>.
-==== Przykładowy skrypt ====
+==== Przykładowe skrypty ====
-===== Wersja szeregowa =====
+===== Obliczenia w trybie wątków =====
 <syntaxhighlight lang="bash">
 #!/bin/sh
 #PBS -N abaqus_test
-#PBS -q l_long
+#PBS -q long
-#PBS -l mem=2gb
+#PBS -l mem=6gb
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
+#PBS -l nodes=1:ppn=4
+# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
+module load Abaqus
 # przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
 cd $PBS_O_WORKDIR
-# ustawianie dostepnej pamieci
+# zliczenie zadanych procesorow
-echo 'memory = "2 gb"' > abaqus_v6.env
+np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)
+# ustawianie zadanej pamieci (jesli potrzebne)
+echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env
 input=plik_z_danymi_wejsciowymi
-abaqus job=$input interactive
+abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive
 </syntaxhighlight>
-===== Wersja równoległa =====
+Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.
+===== Oblicznia w trybie MPI =====
+UWAGA: Aby mieć możliwość uruchomienia zadania na wielu węzłach należy jednorazowo wykonać komendy:
+   ssh-keygen -t dsa
+(odpowiedzieć klawiszem Enter na wszystkie zapytania)
+a następnie
+   cd .ssh
+   cp id_dsa.pub authorized_keys
+oraz
+   cp /etc/ssh/ssh_known_hosts known_hosts
+Wykonanie tych komend umożliwia łączenie się z dowolnym węzłem komendą ssh
+bez konieczności podawania hasła
+Przykładowy skrypt uruchamiający zadanie Abaqusa na 4 węzłach i wykorzysujący łącznie 8 procesorów może wyglądać następująco:
 <syntaxhighlight lang="bash">
 #!/bin/sh
 #PBS -N abaqus_test
-#PBS -q l_long
+#PBS -q long
 #PBS -l mem=6gb
 #PBS -l nodes=4:ppn=2
+# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
+module load Abaqus
 # przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
 cd $PBS_O_WORKDIR
-# ustawianie dostepnej pamieci
+# ustawianie zadanej pamieci i ewentualnie innych parametrow
 echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env
-echo "mp_mpirun_path = {HP:'/opt1/abaqus/6.11-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env
 # zliczenie zadanych procesorow
@@ Linia 53: / Linia 96: @@
 abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive
 </syntaxhighlight>
+==== Dokumentacja online ====
+    http://mars.cyf-kr.edu.pl:2080/

Mars:Abaqus: Różnice pomiędzy wersjami