Mars:Abaqus: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
| (Nie pokazano 7 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika) | |||
| Linia 5: | Linia 5: | ||
module load Abaqus | module load Abaqus | ||
| − | Najnowszą zainstalowaną wersję 6. | + | Najnowszą zainstalowaną wersję 6.14-2 wywołuje się poleceniem: |
abaqus ... | abaqus ... | ||
Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami: | Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami: | ||
| + | Abaqus 6.12-3 - abq6142 ... | ||
| + | Abaqus 6.12-3 - abq6123 ... | ||
| + | Abaqus 6.11-2 - abq6112 ... | ||
Abaqus 6.10EF1 - abq610ef1 ... | Abaqus 6.10EF1 - abq610ef1 ... | ||
Abaqus 6.10-2 - abq6102 ... | Abaqus 6.10-2 - abq6102 ... | ||
| Linia 24: | Linia 27: | ||
#!/bin/sh | #!/bin/sh | ||
#PBS -N abaqus_test | #PBS -N abaqus_test | ||
| − | #PBS -q | + | #PBS -q long |
| − | #PBS -l mem= | + | #PBS -l mem=6gb |
#PBS -l nodes=1:ppn=4 | #PBS -l nodes=1:ppn=4 | ||
| + | |||
| + | # ustawienie sciezek do pakietu Abaqus | ||
| + | module load Abaqus | ||
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS | # przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS | ||
| Linia 34: | Linia 40: | ||
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l) | np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l) | ||
| − | # ustawianie | + | # ustawianie zadanej pamieci (jesli potrzebne) |
| − | echo 'memory = " | + | echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env |
input=plik_z_danymi_wejsciowymi | input=plik_z_danymi_wejsciowymi | ||
| Linia 46: | Linia 52: | ||
===== Oblicznia w trybie MPI ===== | ===== Oblicznia w trybie MPI ===== | ||
| + | |||
| + | UWAGA: Aby mieć możliwość uruchomienia zadania na wielu węzłach należy jednorazowo wykonać komendy: | ||
| + | |||
| + | ssh-keygen -t dsa | ||
| + | |||
| + | (odpowiedzieć klawiszem Enter na wszystkie zapytania) | ||
| + | |||
| + | a następnie | ||
| + | |||
| + | cd .ssh | ||
| + | cp id_dsa.pub authorized_keys | ||
| + | |||
| + | oraz | ||
| + | |||
| + | cp /etc/ssh/ssh_known_hosts known_hosts | ||
| + | |||
| + | Wykonanie tych komend umożliwia łączenie się z dowolnym węzłem komendą ssh | ||
| + | bez konieczności podawania hasła | ||
| + | |||
| + | Przykładowy skrypt uruchamiający zadanie Abaqusa na 4 węzłach i wykorzysujący łącznie 8 procesorów może wyglądać następująco: | ||
<syntaxhighlight lang="bash"> | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
#!/bin/sh | #!/bin/sh | ||
#PBS -N abaqus_test | #PBS -N abaqus_test | ||
| − | #PBS -q | + | #PBS -q long |
#PBS -l mem=6gb | #PBS -l mem=6gb | ||
#PBS -l nodes=4:ppn=2 | #PBS -l nodes=4:ppn=2 | ||
| + | |||
| + | # ustawienie sciezek do pakietu Abaqus | ||
| + | module load Abaqus | ||
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS | # przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS | ||
cd $PBS_O_WORKDIR | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| − | # ustawianie | + | # ustawianie zadanej pamieci i ewentualnie innych parametrow |
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env | echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env | ||
| − | |||
# zliczenie zadanych procesorow | # zliczenie zadanych procesorow | ||
| Linia 70: | Linia 98: | ||
| − | + | ||
| + | ==== Dokumentacja online ==== | ||
| + | |||
| + | http://mars.cyf-kr.edu.pl:2080/ | ||
Aktualna wersja na dzień 11:45, 13 sty 2015
Spis treści
Informacje ogólne
Dostęp do wszystkich wersji Abaqusa uzyskuje się komendą:
module load Abaqus
Najnowszą zainstalowaną wersję 6.14-2 wywołuje się poleceniem:
abaqus ...
Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami:
Abaqus 6.12-3 - abq6142 ...
Abaqus 6.12-3 - abq6123 ...
Abaqus 6.11-2 - abq6112 ...
Abaqus 6.10EF1 - abq610ef1 ...
Abaqus 6.10-2 - abq6102 ...
Abaqus 6.9EF1 - abq69ef1 ....
Abaqus 6.8-3 - abq683 ...
Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae. Należy je uruchamiać jedynie na węźle obliczeniowym mars60, logując się na niego poleceniem ssh mars60 z węzła dostępowego. (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).
Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.
Przykładowe skrypty
Obliczenia w trybie wątków
#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q long
#PBS -l mem=6gb
#PBS -l nodes=1:ppn=4
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR
# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)
# ustawianie zadanej pamieci (jesli potrzebne)
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env
input=plik_z_danymi_wejsciowymi
abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive
Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.
Oblicznia w trybie MPI
UWAGA: Aby mieć możliwość uruchomienia zadania na wielu węzłach należy jednorazowo wykonać komendy:
ssh-keygen -t dsa
(odpowiedzieć klawiszem Enter na wszystkie zapytania)
a następnie
cd .ssh cp id_dsa.pub authorized_keys
oraz
cp /etc/ssh/ssh_known_hosts known_hosts
Wykonanie tych komend umożliwia łączenie się z dowolnym węzłem komendą ssh bez konieczności podawania hasła
Przykładowy skrypt uruchamiający zadanie Abaqusa na 4 węzłach i wykorzysujący łącznie 8 procesorów może wyglądać następująco:
#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q long
#PBS -l mem=6gb
#PBS -l nodes=4:ppn=2
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR
# ustawianie zadanej pamieci i ewentualnie innych parametrow
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env
# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)
input=plik_z_danymi_wejsciowymi
abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive
Dokumentacja online
http://mars.cyf-kr.edu.pl:2080/