Mars:Abaqus

Informacje ogólne

Dostęp do wszystkich wersji Abaqusa uzyskuje się komendą:

 module load Abaqus

Najnowszą zainstalowaną wersję 6.12-3 wywołuje się poleceniem:

  abaqus ...

Pozostałe zainstalowane wersje można wywołać poleceniami:

    Abaqus 6.11-2   - abq6112 ...
    Abaqus 6.10EF1  - abq610ef1 ...
    Abaqus 6.10-2   - abq6102 ...
    Abaqus 6.9EF1   - abq69ef1 ....
    Abaqus 6.8-3    - abq683 ...

Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae. Należy je uruchamiać jedynie na węźle obliczeniowym mars60, logując się na niego poleceniem ssh mars60 z węzła dostępowego. (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).

Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.

Przykładowe skrypty

Obliczenia w trybie wątków

#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q long
#PBS -l mem=2gb
#PBS -l nodes=1:ppn=4

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

# ustawianie zadanej pamieci
echo 'memory = "2 gb"' > abaqus_v6.env  

input=plik_z_danymi_wejsciowymi

abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.

Oblicznia w trybie MPI

UWAGA: Aby mieć możliwość uruchomienia zadania na wielu węzłach należy jednorazowo wykonać komendy:

  ssh-keygen -t dsa

(odpowiedzieć klawiszem Enter na wszystkie zapytania)

a następnie

  cd .ssh
  cp id_dsa.pub authorized_keys

oraz

  cp /etc/ssh/ssh_known_hosts known_hosts

Wykonanie tych komend umożliwia łączenie się z dowolnym węzłem komendą ssh bez konieczności podawania hasła

Przykładowy skrypt uruchamiający zadanie Abaqusa na 4 węzłach i wykorzysujący łącznie 8 procesorów może wyglądać następująco:

#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q long
#PBS -l mem=6gb
#PBS -l nodes=4:ppn=2

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# ustawianie zadanej pamieci i ewentualnie innych parametrow
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  

# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

input=plik_z_danymi_wejsciowymi 

abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive

Dokumentacja online

  http://baribal.cyf-kr.edu.pl:2080/

Dla wersji 6.12-3

  http://mars.cyf-kr.edu.pl:2080/