Zeus:Abaqus: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
| Linia 65: | Linia 65: | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ||
| − | #PBS -l nodes= | + | #PBS -l nodes=2:ppn=12:intel |
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ||
#PBS -l pmem=3gb | #PBS -l pmem=3gb | ||
| Linia 144: | Linia 144: | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ||
| − | #PBS -l nodes= | + | #PBS -l nodes=2:ppn=12:intel |
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ||
#PBS -l pmem=3gb | #PBS -l pmem=3gb | ||
Wersja z 13:01, 11 lis 2015
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Abaqus w wersji 6.10.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add apps/abaqus
Domyślna wersja to 6.12.
Program uruchamiany jest poleceniem abaqus.
Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).
Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.
6.10
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/abaqus/6.10
module add apps/abaqus/6.10
Przykładowy skrypt
Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią
Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=4:intel
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
module add apps/abaqus/6.10
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR
# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP
# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "4 gb"' > abaqus_v6.env
input=plik_z_danymi_wejsciowymi
abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactiveOblicznia w trybie MPI
Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=12:intel
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
module add apps/abaqus/6.10
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR
# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env
echo "mp_mpirun_path = {HP:'/software/local/Abaqus/6.10-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env
# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP
input=plik_z_danymi_wejsciowymi
abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive6.12
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/abaqus/6.12
module add apps/abaqus/6.12
Przykładowy skrypt
Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią
Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=4:intel
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00:intel
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
module add apps/abaqus/6.12
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR
# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP
# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "4 gb"' > abaqus_v6.env
input=plik_z_danymi_wejsciowymi
abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactiveOblicznia w trybie MPI
Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=12:intel
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
module add apps/abaqus/6.12
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR
# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env
# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP
input=plik_z_danymi_wejsciowymi
abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive