Zeus:DFT-D3

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet DFT-D3 w wersji 3.0.2.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add apps/dftd3

Domyślna wersja to 3.0.2.

Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem dftd3.

• Uwaga: Zabrania się uruchamiania procesów obciążających nadmiernie zasoby na maszynie dostępowej. Należy je uruchamiać poprzez system kolejkowy w trybie interaktywnym lub wsadowym.

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie DFT-D3 będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Ilosc wezlow i rdzeni
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu DFT-D3 w wersji 3.0.2
module add apps/dftd3/3.0.2

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
dftd3 coord >& dftd3.log