Mars:Gaussian: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
(Utworzył nową stronę „2.1 Pakiet Gaussian03 D.01 Sposob uzycia pakietu gaussian 03: a. w shellu tcsh nalezy wykonac: setenv g03root /opt1/gaussian source $g03roo...”)
 
Linia 1: Linia 1:
 +
{{DISPLAYTITLE:Gaussian}}
 +
Na klastrze [[Mars]] zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.
 +
 +
= Informacje ogólne =
 +
 +
Środowisko uruchomieniowe oprogramowania na klastrze [[Mars]] ustawia się poprzez wywołanie odpowiednich skryptów powłoki. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego scratch.
 +
 +
'''Uwaga:''' Ponieważ wszyskie wersje pakietu Gaussian używają podobnych zmiennych systemowych zaleca się by ustawiać środowisko uruchomieniowe w skrypcie konkretnego zadania wstawianego do systemu kolejkowego. Dodanie wywołań skryptów ustawiajacych środowisko pakietu Gaussian do plików <tt>.bashrc</tt> lub <tt>.bash_profile</tt> może powodować konflikty.
 +
 +
'''Uwaga:''' Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared=y'' w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę <tt>-l  nodes=1:ppn=y</tt> dla systemu kolejkowego (<tt>y</tt> - liczba rdzeni obliczeniowych).
 +
 +
=G09.A.02=
 +
Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:
 +
* dla powłoki bash
 +
<syntaxhighlight>
 +
g09root=/opt/gaussian09
 +
export g09root
 +
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
* dla powłoki tcsh
 +
<syntaxhighlight>
 +
setenv g09root /opt/gaussian09
 +
source $g09root/g09/bsd/g09.login
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
Program uruchamiamy poleceniem <tt>g09</tt>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Wersja szeregowa dla powłoki bash =====
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
  #!/bin/env bash
 +
  #PBS -l mem=2gb
 +
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
  #PBS -q short
 +
  #PBS -N nazwa_obliczen
 +
 
 +
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
 +
  g09root=/opt/gaussian09
 +
  export g09root
 +
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
 
 +
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 +
 
 +
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 +
 
 +
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 +
  cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
  #uruchomienie zadania
 +
  g09 job.com
 +
 
 +
  #usuniecie plikow tymczasowych
 +
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== Wersja równoległa dla powłoki bash =====
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
  #!/bin/env bash
 +
  #PBS -l mem=2gb
 +
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
 +
  #PBS -q l_short
 +
  #PBS -N nazwa_obliczen
 +
 
 +
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. A.02
 +
  g09root=/opt/gaussian09
 +
  export g09root
 +
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
 
 +
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 +
 
 +
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 +
 
 +
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 +
  cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
  #uruchomienie zadania
 +
  g09 job.com
 +
 
 +
  #usuniecie plikow tymczasowych
 +
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
=G01.D.01=
 +
Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:
 +
* dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)
 +
<syntaxhighlight>
 +
g03root=/opt/gaussian03
 +
export g03root
 +
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
* dla powłoki tcsh
 +
<syntaxhighlight>
 +
setenv g03root /opt/gaussian03
 +
source $g03root/g03/bsd/g03.login
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
Program uruchamiamy poleceniem <tt>g03</tt>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Wersja szeregowa dla powłoki bash =====
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
  #!/bin/env bash
 +
  #PBS -l mem=2gb
 +
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
  #PBS -q short
 +
  #PBS -N nazwa_obliczen
 +
 
 +
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
 +
  g03root=/opt/gaussian03
 +
  export g03root
 +
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
 +
 
 +
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 +
 
 +
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 +
 
 +
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 +
  cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
  #uruchomienie zadania
 +
  g03 job.com
 +
 
 +
  #usuniecie plikow tymczasowych
 +
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== Wersja równoległa dla powłoki bash =====
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
  #!/bin/env bash
 +
  #PBS -l mem=2gb
 +
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
 +
  #PBS -q l_short
 +
  #PBS -N nazwa_obliczen
 +
 
 +
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. A.01
 +
  g03root=/opt/gaussian03
 +
  export g03root
 +
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
 +
 
 +
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 +
 
 +
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 +
 
 +
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 +
  cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
  #uruchomienie zadania
 +
  g03 job.com
 +
 
 +
  #usuniecie plikow tymczasowych
 +
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
2.1 Pakiet Gaussian03 D.01
 
2.1 Pakiet Gaussian03 D.01
 
     Sposob uzycia pakietu gaussian 03:
 
     Sposob uzycia pakietu gaussian 03:

Wersja z 06:45, 13 sty 2012

Na klastrze Mars zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.

Informacje ogólne

Środowisko uruchomieniowe oprogramowania na klastrze Mars ustawia się poprzez wywołanie odpowiednich skryptów powłoki. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego scratch.

Uwaga: Ponieważ wszyskie wersje pakietu Gaussian używają podobnych zmiennych systemowych zaleca się by ustawiać środowisko uruchomieniowe w skrypcie konkretnego zadania wstawianego do systemu kolejkowego. Dodanie wywołań skryptów ustawiajacych środowisko pakietu Gaussian do plików .bashrc lub .bash_profile może powodować konflikty.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared=y w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę -l nodes=1:ppn=y dla systemu kolejkowego (y - liczba rdzeni obliczeniowych).

G09.A.02

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

  • dla powłoki bash
g09root=/opt/gaussian09
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
  • dla powłoki tcsh
setenv g09root /opt/gaussian09
source $g09root/g09/bsd/g09.login

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa dla powłoki bash
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
  g09root=/opt/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa dla powłoki bash
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q l_short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. A.02
  g09root=/opt/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

G01.D.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

  • dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)
g03root=/opt/gaussian03
export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
  • dla powłoki tcsh
setenv g03root /opt/gaussian03
source $g03root/g03/bsd/g03.login

Program uruchamiamy poleceniem g03

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa dla powłoki bash
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
  g03root=/opt/gaussian03
  export g03root
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa dla powłoki bash
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q l_short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. A.01
  g03root=/opt/gaussian03
  export g03root
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

2.1 Pakiet Gaussian03 D.01 

    Sposob uzycia pakietu gaussian 03:
    a. w shellu tcsh nalezy wykonac:
       setenv g03root /opt1/gaussian
       source $g03root/g03/bsd/g03.login
       g03  plik-wejsciowy
    b. w shellu bash  (shell defaultowy)nalezy wykonac:
       g03root=/opt1/gaussian
       export g03root
       . $g03root/g03/bsd/g03.profile
       g03  plik-wejsciowy
 2.2 Pakiet Gaussian09 A.02
    Sposob uzycia pakietu gaussian 09:
    a. w shellu tcsh nalezy wykonac:
       setenv g09root /opt1/gaussian09
       source $g09root/g09/bsd/g09.login
       g09  plik-wejsciowy
    b. w shellu bash  (shell defaultowy)nalezy wykonac:
       g09root=/opt1/gaussian09
       export g09root
       . $g09root/g09/bsd/g09.profile
       g09  plik-wejsciowy
!!! Uwaga!!!
   Jezeli chcemy korzystac z obu wersji gaussiana g03 i g09,
   to nie nalezy umieszczac na stale  w .bashrc lub .bash_profile 
   zadnych ustawien dla nich. 
   Obie wersje definiuja podobne zmienne systemowe, ktore moga razem
   powodowac konflikt.
      Natomiast, w konkretnym zadaniu do kolejki nalezy wpisac ustawienia 
   dla konkretnej wersji gaussiana.
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Mars:Gaussian&oldid=348”