Podstawy:PBS: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 16:08, 29 lut 2012

System kolejkowy jest wygodnym narzędziem uruchamiania zadań na zasobach obliczeniowych. W zależności od potrzeb, może on informować użytkownika o dacie i czasie rozpoczęcia, czy też zakończenia wykonywania danego zadania na wskazany adres e-mail.

Spis treści

1 Uruchamianie zadań
2 Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach
3 Usuwanie zadań
4 Przydatne zmienne systemu kolejkowego

Uruchamianie zadań

Do uruchamiania zadań służy komenda qsub. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków #PBS. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy qsub zawiera poniższa tabela.

Opcja	Parametry	Opis	Uwagi
`-l`		Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. Poszczególne opcje można łączyć w jednej linii. W takim przypadku należy rozdzielić je znakiem dwukropka.
	`nodes=<liczba_węzłów>`	Parametr służy do specyfikacji liczby wezłów
	`ppn=<liczba rdzeni>`	Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle	opcja niedostępna na maszynie Baribal
	`walltime=<czas obliczeń>`	Maksymalny czas obliczeń. Czas należy podawać w formacie DD:GG:MM:SS gdzie DD, GG, MM, SS oznaczają odpowiednio żądaną liczbę dni, godzin, minut i sekund na zadanie.
`-N`	`<nazwa_zadania>`	Nazwa zadania w systemie kolejkowym
`-j`	`oe`	Połączenie standardowego wyjścia ze standardowym wyjściem błędów podczas wykonywania obliczeń
`-m`	`b`, `e` lub `a`	System kolejkowy wyśle e-mail do użytkownika jeśli zadanie rozpocznie się wykonywać `b`, skończy wykonywać `e` lub zostanie przerwane `a`.
`-M`	`<adres@e-mail.użytkownika>`	Adres e-mail użytkownika na który ma zostać wysłana wiadomość o stanie zadania
`-q`	`<nazwa_kolejki>`	Specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie
`-I`		uruchomienie zadania intraktywnego
`-X`		w trybie interaktywnym pozwala na uruchamianie programów okienkowych	opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars

Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach

Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda qstat. Wywołanie komendy bez parametrów spowoduje wyświetlenie informacji o wszystkich zadaniach w kolejkach. Najczęściej używane opcje komendy qstat zebrano w tabeli poniżej.

Opcja	Parametry	Opis
`-q`	`<nazwa_kolejki>`	Bez parametrów wyświetla informacje o dostępnych kolejkach i ich parametrach.
`-u`	`<nazwa_użytkownika>`	Wyświetla informacje o zadaniach danego użytkownika.
`<identyfikator zadania>`		Wyświetla informacje o danym zadaniu.
`-f`		Pełna informacj o wszystkich zadaniach systemu kolejkowego.

Usuwanie zadań

Do usuwania zadań służy komenda qdel. W celu sunięcia zadania z kolejki potrzebny jest również jego identyfikator numeryczny (jobid), który można wyświetlić komendą qstat. Cała sekwencja może wyglądać następująco:

qdel 12345678910

Przydatne zmienne systemu kolejkowego

$PBS_NODEFILE Zmienna wskazuje na plik z nazwami węzłów przydzielonymi dla zadania. Najczęściej wykorzystywany do określania liczby rdzeni przydzielonej zadaniu np.:

export NPROC=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`

$PBS_O_WORKDIR Zmienna wskazuje na katalog, z kkórego uruchomiono obliczenia. Najczęściej wykorzystywana do wskazania plików dla zadania np.:

cd $PBS_O_WORKDIR

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
+System kolejkowy jest wygodnym narzędziem uruchamiania zadań na zasobach obliczeniowych. W zależności od potrzeb, może on informować użytkownika o dacie i czasie rozpoczęcia, czy też zakończenia wykonywania danego zadania na wskazany adres e-mail.
 ===Uruchamianie zadań ===
 Do uruchamiania zadań służy komenda <tt>qsub</tt>. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków <tt>#PBS</tt>. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy <tt>qsub</tt> zawiera poniższa tabela.