Zeus:NWChem: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
m (Upgrade z 5.1.1. do 6.1 - zmiana nwchem_parallel na nwchem i poprawka skryptów przykładowych)
(Dodanie wersji 6.1)
Linia 5: Linia 5:
 
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]].
 
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]].
  
−
= NWChem=
+
= 6.1 =
−
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>nwchem</tt>
+
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł <tt>nwchem</tt> (lub <tt>nwchem/6.1</tt>)
  
 
   <code>module add nwchem</code>
 
   <code>module add nwchem</code>
Linia 28: Linia 28:
 
#PBS -N nazwa_obliczen
 
#PBS -N nazwa_obliczen
  
−
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu <<NAZWA>> i <<WERSJA>> przy uzyciu Modules
+
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem w wersji 6.1 przy uzyciu Modules
 
module add nwchem
 
module add nwchem
  
Linia 77: Linia 77:
 
#PBS -N nazwa_obliczen
 
#PBS -N nazwa_obliczen
  
−
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem przy uzyciu Modules
+
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem w wersji 6.1 przy uzyciu Modules
 
module add nwchem
 
module add nwchem
 +
 +
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 +
module add scratch
 +
 +
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
 +
if [ -d $SCRATCH ]; then
 +
  export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 +
else
 +
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
 +
  exit
 +
fi
 +
 +
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
mkdir -p $JOB_TMPDIR
 +
 +
# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
 +
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR
 +
 +
# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
 +
cd $JOB_TMPDIR
 +
 +
# uruchomienie zadania po Infiniband z wykluczeniem TCP i zapisanie rezultatow do pliku wyniki.out.
 +
# Pliki wejściowe powinny być podawane bez rozszerzenia .nw
 +
 +
mpirun --mca btl ^tcp nwchem  <opcje, pliki> >> wyniki.out
 +
# Zachowanie wynikow dzialania programu
 +
#cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
#usuniecie plikow tymczasowych
 +
rm -rf $JOB_TMPDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
= 5.1.1 =
 +
Zmienne środowiskowe pakietu NWChem w wesji 5.1.1 ustawiamy ładując moduł <tt>nwchem/5.1.1</tt>
 +
 +
  <code>module add nwchem</code>
 +
 +
Program uruchamiamy poleceniem
 +
<tt>nwchem <plik wejsciowy> </tt>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Wersja szeregowa =====
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
 +
#PBS -l vmem=1gb
 +
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
 +
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem w wersji 5.1.1 przy uzyciu Modules
 +
module add nwchem/5.1.1
 +
 +
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 +
module add scratch
 +
 +
# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
 +
if [ -d $SCRATCH ]; then
 +
  export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 +
else
 +
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
 +
  exit
 +
fi
 +
 +
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
mkdir -p $JOB_TMPDIR
 +
 +
# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
 +
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR
 +
 +
# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
 +
cd $JOB_TMPDIR
 +
 +
# uruchomienie zadania
 +
nwchem  <opcje, pliki>
 +
 +
# Zachowanie wynikow dzialania programu
 +
# cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
#usuniecie plikow tymczasowych
 +
rm -rf $JOB_TMPDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
 +
===== Wersja równoległa =====
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*14*4=64GB na zadanie!
 +
#PBS -l pvmem=1gb
 +
##### Maksymalnie 64 rdzenie na 16 wezlach, po 4 rdzenie na kazdym z siecia Infiniband
 +
#PBS -l nodes=16:ppn=4:infiniband
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
 +
# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem w wersji 5.1.1 przy uzyciu Modules
 +
module add nwchem/5.1.1
  
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
 
# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen

Wersja z 13:48, 15 cze 2012

Wersje oprogramowania zainstalowane na klastrze Zeus.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules.

6.1

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł nwchem (lub nwchem/6.1) 

 module add nwchem

Program uruchamiamy poleceniem 

nwchem <plik wejsciowy>

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem w wersji 6.1 przy uzyciu Modules
module add nwchem

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
if [ -d $SCRATCH ]; then
  export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
else
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
  exit
fi

# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $JOB_TMPDIR

# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR

# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
cd $JOB_TMPDIR

# uruchomienie zadania
nwchem  <opcje, pliki> 

# Zachowanie wynikow dzialania programu
# cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $JOB_TMPDIR


Wersja równoległa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*14*4=64GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalnie 64 rdzenie na 16 wezlach, po 4 rdzenie na kazdym z siecia Infiniband
#PBS -l nodes=16:ppn=4:infiniband
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem w wersji 6.1 przy uzyciu Modules
module add nwchem

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
if [ -d $SCRATCH ]; then
  export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
else
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
  exit
fi

# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $JOB_TMPDIR

# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR

# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
cd $JOB_TMPDIR

# uruchomienie zadania po Infiniband z wykluczeniem TCP i zapisanie rezultatow do pliku wyniki.out.
# Pliki wejściowe powinny być podawane bez rozszerzenia .nw

mpirun --mca btl ^tcp nwchem  <opcje, pliki> >> wyniki.out
# Zachowanie wynikow dzialania programu
#cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $JOB_TMPDIR

5.1.1

Zmienne środowiskowe pakietu NWChem w wesji 5.1.1 ustawiamy ładując moduł nwchem/5.1.1 

 module add nwchem

Program uruchamiamy poleceniem 

nwchem <plik wejsciowy>

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona dla zadania
#PBS -l vmem=1gb
##### Maksymalnie 1 rdzen na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem w wersji 5.1.1 przy uzyciu Modules
module add nwchem/5.1.1

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
if [ -d $SCRATCH ]; then
  export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
else
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
  exit
fi

# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $JOB_TMPDIR

# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR

# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
cd $JOB_TMPDIR

# uruchomienie zadania
nwchem  <opcje, pliki> 

# Zachowanie wynikow dzialania programu
# cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $JOB_TMPDIR


Wersja równoległa
#!/bin/env bash
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*14*4=64GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalnie 64 rdzenie na 16 wezlach, po 4 rdzenie na kazdym z siecia Infiniband
#PBS -l nodes=16:ppn=4:infiniband
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen

# Ustawianie zmiennych srodowiskowych dla pakietu NWChem w wersji 5.1.1 przy uzyciu Modules
module add nwchem/5.1.1

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add scratch

# sprawdzenie czy dostepny jest dysk do obliczen
if [ -d $SCRATCH ]; then
  export JOB_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
else
  echo "Obliczenia nie moga byc wykonane z powodu braku dostepu do zasobow dyskowych!"
  exit
fi

# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $JOB_TMPDIR

# Skopiowanie plikow z katalogu, w ktorym uruchamiano zadanie do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $JOB_TMPDIR

# Przejscie do katalogu gdzie beda wykonywane obliczenia
cd $JOB_TMPDIR

# uruchomienie zadania po Infiniband z wykluczeniem TCP i zapisanie rezultatow do pliku wyniki.out.
# Pliki wejściowe powinny być podawane bez rozszerzenia .nw

mpirun --mca btl ^tcp nwchem  <opcje, pliki> >> wyniki.out
# Zachowanie wynikow dzialania programu
#cp wazny_plik* $PBS_O_WORKDIR

#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $JOB_TMPDIR
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:NWChem&oldid=985”