Zeus:ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
Linia 76: Linia 76:
 
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
 
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
 
module add adf/2010.02
 
module add adf/2010.02
 +
 +
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 +
module add scratch
 +
export SCM_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 +
mkdir -p  $SCM_TMPDIR
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# zliczenie wykorzystywanych procesorow
 +
np=$PBS_NP
 +
 +
#uruchomienie programu
 +
adf -n $np < input.in  >& output.log
 +
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
=2012.01=
 +
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>adf/2012.01</tt> lub <tt>adf</tt>
 +
 +
  <code>module add adf/2012.01</code>
 +
lub
 +
  <code>module add adf</code>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
 +
#PBS -l pvmem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01
 +
module add adf/2012.01
 +
 +
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 +
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
#uruchomienie programu
 +
adf < input.in  >& output.log
 +
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
 +
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 +
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=4:ppn=2
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
 +
#PBS -l pvmem=3gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01
 +
module add adf/2012.01
 +
 +
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 +
module add scratch
 +
export SCM_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
 +
mkdir -p  $SCM_TMPDIR
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
# zliczenie wykorzystywanych procesorow
 +
np=$PBS_NP
 +
 +
#uruchomienie programu
 +
adf -n $np < input.in  >& output.log
 +
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
=2012.01c=
 +
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>adf/2012.01c</tt>
 +
 +
  <code>module add adf/2012.01c</code>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Obliczenia szeregowe =====
 +
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
 +
#PBS -l pvmem=1gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01c
 +
module add adf/2012.01c
 +
 +
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 +
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
 +
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR
 +
 +
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
#uruchomienie programu
 +
adf < input.in  >& output.log
 +
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
 +
===== Oblicznia zrównoleglone =====
 +
 +
Zadanie [[ADF]] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
#!/bin/env bash
 +
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
 +
#PBS -l nodes=4:ppn=2
 +
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
 +
#PBS -l pvmem=3gb
 +
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
##### Nazwa kolejki
 +
#PBS -q l_short
 +
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
 +
#PBS -N nazwa_obliczen
 +
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
 +
#PBS -A nazwa_grantu
 +
 +
# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01c
 +
module add adf/2012.01c
  
 
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
 
# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe

Wersja z 14:32, 5 lis 2012

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet ADF w wersjach 2010.02, 2012.01 oraz 2012.01c.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: 

 module add adf

Domyślna wersja to 2012.01.

Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem adf.

Dodatkowo pakiet ADF zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. podgląd obliczeń w trakcie ich trwania, analizę oraz wizualizację wyników. Programy te uruchamiane są poleceniami: adfcrs, adf2aim, adfdos, adfinput, adflevels, adfmovie, adfnbo, adfoutput, adfprep, adfreport, adfspectra, adftail, adfview.

2010.02

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł adf/2010.02 

 module add adf/2010.02

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie ADF będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
module add adf/2010.02

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
adf < input.in  >& output.log


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie ADF będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2010.02
module add adf/2010.02

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
module add scratch
export SCM_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
mkdir -p  $SCM_TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie wykorzystywanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
adf -n $np < input.in  >& output.log

2012.01

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł adf/2012.01 lub adf 

 module add adf/2012.01

lub 

 module add adf

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie ADF będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01
module add adf/2012.01

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
adf < input.in  >& output.log


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie ADF będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01
module add adf/2012.01

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
module add scratch
export SCM_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
mkdir -p  $SCM_TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie wykorzystywanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
adf -n $np < input.in  >& output.log

2012.01c

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł adf/2012.01c 

 module add adf/2012.01c

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie ADF będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01c
module add adf/2012.01c

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
adf < input.in  >& output.log


Oblicznia zrównoleglone

Zadanie ADF będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu ADF w wersji 2012.01c
module add adf/2012.01c

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
module add scratch
export SCM_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
mkdir -p  $SCM_TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $SCM_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie wykorzystywanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
adf -n $np < input.in  >& output.log
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:ADF&oldid=1077”