Mars:Portland

PGI CDK (Portland Group Inc. Cluster Development Kit Software) jest zbiorem kompilatorów i narzędzi, pomagających w budowaniu dużych aplikacji naukowych w klastrach obliczeniowych. PGI CDK dla systemu Linux zawiera wstępnie skonfigurowane wersje MPI do sieci Ethernet i InfiniBand.

W skład PGI CDK wchodzą:

• PGFORTRAN™ – kompilator Fortran 95/03 z natywnym OpenMP i rozszerzeniami CUDA
• PGF77® – kompilator FORTRAN 77 z natywnym OpenMP
• PGHPF® – kompilator HPF
• PGCC® – kompilator C z OpenMP
• PGC++® – kompilator C++ z OpenMP
• PGDBG® – graficzny debugger dla MPI i OpenMP
• PGPROF® – graficzny analizator statystyczny dla jednowątkowych i wielowątkowych aplikacji OpenMP/MPI.

Strona producenta:

http://www.pgroup.com/products/pgicdk.htm

Dokumentacja producenta:

http://www.pgroup.com/resources/docs.htm

Sposób użycia

Wywołanie kompilatorów opisane jest w podręcznikach, wyświetlanych komendami:

 man pgf77 – opis kompilatora Fortran 77
 man pgf90 – opis kompilatora Fortran 90
 man pghpf – opis kompilatora HPF
 man pgcc – opis kompilatora C
 man pgCC – opis kompilatora C++
 man pgdbg – opis wywołania debuggera
 man pgprof – opis użycia analizatora wykonywania aplikacji

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska oprogramowania na klastrze Mars służy narzędzie Modules. Przed użyciem kompilatora powinien być załadowany moduł odpowiedni dla wersji kompilatora.

Kompilatory firmy PGI wywoływane są poleceniami:

• kompilator C

pgcc <opcje>  <pliki>

• kompilator C++

pgCC <opcje>  <pliki>

• kompilator Fortran 77

pgf77 <opcje>  <pliki>

• kompilator Fortran 90

pgf90 <opcje>  <pliki>

• kompilator High Performance Fortran

pghpf <opcje>  <pliki>

11.6

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł:

module load PGI/11.6

11.8

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł:

module load PGI/11.8

oraz jeśli potrzebne są biblioteki MPI:

module load PGI/MPICH

lub

module load PGI/MPICH2

12.10

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł:

module load PGI/12.10

13.3

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł:

module load PGI/13.3

13.5

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł:

module load PGI/13.5

PDK CDK zawiera biblioteki i narzędzia do kompilacji, wykonywania, profilowania i debugowania programów wykorzystujących MPI. Podstawowy moduł ładuje biblioteki MPICH-2.

Skompilowanie programu korzystającego z tych bibliotek wygląda następująco:

pgf77 -o program program.f -Mmpi=mpich2

Aby wykonać program na kilku węzłach wymagane jest dodanie do pliku .bashrc scieżki do katalogu, w którym znajdują sie biblioteki:

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt1/PGI/linux86-64/2013/mpi2/mpich/libso:/opt1/PGI/linux86-64/2013/mpi2/mpich/lib:/opt1/PGI/linux86-64/13.5/libso

wtedy do wykonania 4 wątków na procesorach podanych w pliku hosts służy komenda:

mpirun -np 4 -f hosts program