Zeus:Abaqus: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
Linia 6: Linia 6:
 
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
 
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
  
−
   <code>module add abaqus</code>
+
   <code>module add apps/abaqus</code>
  
 
Domyślna wersja to '''6.10'''.
 
Domyślna wersja to '''6.10'''.
Linia 17: Linia 17:
  
 
=6.10=
 
=6.10=
−
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>abaqus/6.10</tt>
+
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/abaqus/6.10</tt>
  
−
   <code>module add abaqus/6.10</code>
+
   <code>module add apps/abaqus/6.10</code>
  
 
==== Przykładowy skrypt ====
 
==== Przykładowy skrypt ====
Linia 42: Linia 42:
  
 
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
 
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
−
module add abaqus/6.10
+
module add apps/abaqus/6.10
  
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
Linia 78: Linia 78:
  
 
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
 
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
−
module add abaqus/6.10
+
module add apps/abaqus/6.10
  
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
Linia 96: Linia 96:
  
 
=6.12=
 
=6.12=
−
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>abaqus/6.12</tt>
+
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł <tt>apps/abaqus/6.12</tt>
  
−
   <code>module add abaqus/6.12</code>
+
   <code>module add apps/abaqus/6.12</code>
  
 
==== Przykładowy skrypt ====
 
==== Przykładowy skrypt ====
Linia 121: Linia 121:
  
 
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
 
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
−
module add abaqus/6.12
+
module add apps/abaqus/6.12
  
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
Linia 157: Linia 157:
  
 
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
 
# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
−
module add abaqus/6.12
+
module add apps/abaqus/6.12
  
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
 
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS

Wersja z 06:06, 31 sie 2013

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Abaqus w wersji 6.10.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: 

 module add apps/abaqus

Domyślna wersja to 6.10.

Program uruchamiany jest poleceniem abaqus.

Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).

Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.

6.10

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/abaqus/6.10 

 module add apps/abaqus/6.10

Przykładowy skrypt

Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=4
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
module add apps/abaqus/6.10

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "4 gb"' > abaqus_v6.env  

input=plik_z_danymi_wejsciowymi

abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive
Oblicznia w trybie MPI

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
module add apps/abaqus/6.10

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  
echo "mp_mpirun_path = {HP:'/software/local/Abaqus/6.10-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

input=plik_z_danymi_wejsciowymi 

abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive

6.12

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/abaqus/6.12 

 module add apps/abaqus/6.12

Przykładowy skrypt

Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=4
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
module add apps/abaqus/6.12

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "4 gb"' > abaqus_v6.env  

input=plik_z_danymi_wejsciowymi

abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive
Oblicznia w trybie MPI

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
module add apps/abaqus/6.12

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  
echo "mp_mpirun_path = {HP:'/software/local/Abaqus/6.10-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

input=plik_z_danymi_wejsciowymi 

abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:Abaqus&oldid=1542”