Zeus:DFT-D3: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
| Linia 4: | Linia 4: | ||
= Informacje ogólne = | = Informacje ogólne = | ||
| − | Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. | + | Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Dla oprogramowania [[DFT-D3]] przygotowano moduły <tt>apps/dftd3/<nazwa-wersji></tt>, przy czym moduł <tt>apps/dftd3</tt> jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: |
<code>module add apps/dftd3</code> | <code>module add apps/dftd3</code> | ||
| Linia 35: | Linia 35: | ||
#PBS -A nazwa_grantu | #PBS -A nazwa_grantu | ||
| − | # ustawienie srodowiska dla pakietu DFT-D3 w wersji | + | # ustawienie srodowiska dla pakietu DFT-D3 w wersji domyslnej |
| − | module add apps/dftd3 | + | module add apps/dftd3 |
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe) | # przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe) | ||
Aktualna wersja na dzień 14:43, 14 paź 2013
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet DFT-D3 w wersji 3.0.2.
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania DFT-D3 przygotowano moduły apps/dftd3/<nazwa-wersji>, przy czym moduł apps/dftd3 jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add apps/dftd3
Domyślna wersja to 3.0.2.
Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem dftd3.
- Uwaga: Zabrania się uruchamiania procesów obciążających nadmiernie zasoby na maszynie dostępowej. Należy je uruchamiać poprzez system kolejkowy w trybie interaktywnym lub wsadowym.
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie DFT-D3 będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Ilosc wezlow i rdzeni
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie srodowiska dla pakietu DFT-D3 w wersji domyslnej
module add apps/dftd3
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
dftd3 coord >& dftd3.log