Zeus:GAMESS

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet GAMESS w wersjach 2010.R1 oraz 2012.R2.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania GAMESS przygotowano moduły apps/gamess/<nazwa-wersji>, przy czym moduł apps/gamess jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add apps/gamess

Domyślna wersja to '2012.R2.

Pliki tymczasowe należy składować na zasobie dyskowym Lustre.

Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem rungms.

2010.R1

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess/2010.R1

 module add apps/gamess/2010.R1

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1-ib

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR

Oblicznia zrównoleglone

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1-ib

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCRATCHDIR

2010.R1-GPGPU

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess-gpu/2010.R1

 module add apps/gamess-gpu/2010.R1

Przykładowy skrypt

Obliczenia równoległe

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=8gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q gpgpu
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1-GPGPU
module add apps/gamess-gpu/2010.R1

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR

2011.R1-GPGPU

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess-gpu/2011.R1

 module add apps/gamess-gpu/2011.R1

Przykładowy skrypt

Obliczenia równoległe

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=8gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q gpgpu
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2011.R1-GPGPU
module add apps/gamess-gpu/2011.R1

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR

2012.R2

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess/2012.R2-ib

 module add apps/gamess/2012.R2-ib

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
module add apps/gamess/2012.R2-ib

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR

Oblicznia zrównoleglone

Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
module add apps/gamess/2012.R2-ib

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
rungms  input.in  >& output.log 

#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCRATCHDIR