Zeus:Gromacs: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
| Linia 6: | Linia 6: | ||
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. Dla oprogramowania [[Gromacs]] przygotowano moduły <tt>gromacs/<nazwa-wersji></tt>, przy czym moduł <tt>gromacs</tt> jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: | Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze [[Zeus]] służy narzędzie [[Modules]]. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego [[Zeus:Lustre|Lustre]]. Dla oprogramowania [[Gromacs]] przygotowano moduły <tt>gromacs/<nazwa-wersji></tt>, przy czym moduł <tt>gromacs</tt> jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: | ||
| − | <code>module add gromacs</code> | + | <code>module add apps/gromacs</code> |
Domyślna wersja to '''4.5.3-s'''. | Domyślna wersja to '''4.5.3-s'''. | ||
Program uruchamiamy poleceniem. | Program uruchamiamy poleceniem. | ||
| + | |||
| + | '''Uwaga:''' Do przygotowania plików wejściowych do symulacji w programie [[Gromacs]] można użyć [[Podstawy:PBS#Zadanie_interaktywne|zadania interaktywnego]] w kolejce <tt>l_interactive</tt> lub użyć modulu <tt>apps/gromacs/preprocess</tt>. | ||
==== Przykładowy skrypt ==== | ==== Przykładowy skrypt ==== | ||
Aktualna wersja na dzień 13:39, 13 lis 2013
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Gromacs w wersjach 4.0.7-mkl-d, 4.0.7-mkl-s, 4.5.3-d oraz 4.5.3-s.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Dla oprogramowania Gromacs przygotowano moduły gromacs/<nazwa-wersji>, przy czym moduł gromacs jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add apps/gromacs
Domyślna wersja to 4.5.3-s.
Program uruchamiamy poleceniem.
Uwaga: Do przygotowania plików wejściowych do symulacji w programie Gromacs można użyć zadania interaktywnego w kolejce l_interactive lub użyć modulu apps/gromacs/preprocess.