Zeus:Abaqus

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Abaqus w wersji 6.10.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add abaqus

Domyślna wersja to 6.10.

Program uruchamiany jest poleceniem abaqus.

Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).

Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.

6.10

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł abaqus/6.10

 module add abaqus/6.10

Przykładowy skrypt

Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.

#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q l_long
#PBS -l mem=2gb
#PBS -l nodes=1:ppn=4

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load abaqus

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

# ustawianie dostepnej pamieci
echo 'memory = "2 gb"' > abaqus_v6.env  

input=plik_z_danymi_wejsciowymi

abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory

#!/bin/sh
#PBS -N abaqus_test
#PBS -q l_long
#PBS -l mem=6gb
#PBS -l nodes=4:ppn=2

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus
module load Abaqus

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# ustawianie dostepnej pamieci
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  
echo "mp_mpirun_path = {HP:'/opt1/abaqus/6.11-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env

# zliczenie zadanych procesorow
np=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

input=plik_z_danymi_wejsciowymi 

abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive