Gaussian

Na klastrze Mars zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.

Informacje ogólne

Środowisko uruchomieniowe oprogramowania na klastrze Mars ustawia się poprzez wywołanie odpowiednich skryptów powłoki. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego scratch.

Uwaga: Ponieważ wszyskie wersje pakietu Gaussian używają podobnych zmiennych systemowych zaleca się by ustawiać środowisko uruchomieniowe w skrypcie konkretnego zadania wstawianego do systemu kolejkowego. Dodanie wywołań skryptów ustawiajacych środowisko pakietu Gaussian do plików .bashrc lub .bash_profile może powodować konflikty.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared=y w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę -l nodes=1:ppn=y dla systemu kolejkowego (y - liczba rdzeni obliczeniowych).

G09.A.02

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

• dla powłoki bash

g09root=/opt/gaussian09
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

• dla powłoki tcsh

setenv g09root /opt/gaussian09
source $g09root/g09/bsd/g09.login

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa dla powłoki bash

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
  g09root=/opt/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Wersja równoległa dla powłoki bash

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q l_short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. A.02
  g09root=/opt/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

G01.D.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

• dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)

g03root=/opt/gaussian03
export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile

• dla powłoki tcsh

setenv g03root /opt/gaussian03
source $g03root/g03/bsd/g03.login

Program uruchamiamy poleceniem g03

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa dla powłoki bash

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
  g03root=/opt/gaussian03
  export g03root
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Wersja równoległa dla powłoki bash

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q l_short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. A.01
  g03root=/opt/gaussian03
  export g03root
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

2.1 Pakiet Gaussian03 D.01

    Sposob uzycia pakietu gaussian 03:
    a. w shellu tcsh nalezy wykonac:
       setenv g03root /opt1/gaussian
       source $g03root/g03/bsd/g03.login
       g03  plik-wejsciowy
    b. w shellu bash  (shell defaultowy)nalezy wykonac:
       g03root=/opt1/gaussian
       export g03root
       . $g03root/g03/bsd/g03.profile
       g03  plik-wejsciowy
 2.2 Pakiet Gaussian09 A.02
    Sposob uzycia pakietu gaussian 09:
    a. w shellu tcsh nalezy wykonac:
       setenv g09root /opt1/gaussian09
       source $g09root/g09/bsd/g09.login
       g09  plik-wejsciowy
    b. w shellu bash  (shell defaultowy)nalezy wykonac:
       g09root=/opt1/gaussian09
       export g09root
       . $g09root/g09/bsd/g09.profile
       g09  plik-wejsciowy
!!! Uwaga!!!
   Jezeli chcemy korzystac z obu wersji gaussiana g03 i g09,
   to nie nalezy umieszczac na stale  w .bashrc lub .bash_profile 
   zadnych ustawien dla nich. 
   Obie wersje definiuja podobne zmienne systemowe, ktore moga razem
   powodowac konflikt.
      Natomiast, w konkretnym zadaniu do kolejki nalezy wpisac ustawienia 
   dla konkretnej wersji gaussiana.