TURBOMOLE

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet TURBOMOLE w wersjach 6.3.1, 6.4 oraz 6.5.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania TURBOMOLE przygotowano moduły apps/turbomole/<nazwa-wersji>, przy czym moduł apps/turbomole jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda: 

 module add apps/turbomole

Domyślna wersja to 6.5.

Pakiet TURBOMOLE składa się z wielu skryptów obliczeniowych. Najważniejsze z nich to dscf, ridft, ricc2, grad, egrad, jobex, aoforce, aoforce oraz NumForce. Dodatkowo skrypty x2t, define, cosmoprep służą do przygotowania danych do obliczeń, a t2x oraz tm2molden do przygotowania wyników do wizualizacji.

Uwaga: Gdy obliczenia w TURBOMOLE wymagają użycia dużej ilości przestrzeni dyskowej zaleca się by pliki tymczasowe tworzyć używając zasobu dyskowego Lustre. W przypadku wykorzystywania więcej niż jednego węzła obliczeniowego przechowywanie plików tymczasowych w systemie Lustre jest konieczne ponieważ katalog je zawierający musi być dostępny z wszystkich węzłów. 

6.3.1

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/turbomole/6.3.1 

 module add apps/turbomole/6.3.1

Przykładowe skrypty

Obliczenia szeregowe

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.3.1
module add apps/turbomole/6.3.1

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.3.1
module add apps/turbomole/6.3.1-smp

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Oblicznia równoległe na wielu węzłach

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.3.1
module add apps/turbomole/6.3.1

export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################


6.4

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/turbomole/6.4 

 module add apps/turbomole/6.4

Przykładowe skrypty

Obliczenia szeregowe

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.4
module add apps/turbomole/6.4

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.4
module add apps/turbomole/6.4-smp

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Oblicznia równoległe na wielu węzłach

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.4
module add apps/turbomole/6.4

export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################


6.5

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł apps/turbomole/6.5 

 module add apps/turbomole/6.5

Przykładowe skrypty

Obliczenia szeregowe

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 rdzeń. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Obliczenia równoległe z współdzieloną pamięcią

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5-smp

export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#aoforce > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Oblicznia równoległe na wielu węzłach

Zadanie TURBOMOLE będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 12 rdzeni. 

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=12
##### ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
#PBS -l pmem=2gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# Ustawienie szybkiego dysku do obliczen
module add tools/scratch

# ustawienie srodowiska dla pakietu TURBOMOLE w wersji 6.5
module add apps/turbomole/6.5

export TURBOTMPDIR=$SCRATCHDIR

# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TURBOTMPDIR

# skopiowanie plikow wejsciowych do katalogu na pliki tymczasowe 
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $TURBOTMPDIR

# przejscie do katalogu, w ktorym beda prowadzone obliczenia
cd $TURBOTMPDIR

##########################################
# uruchomienie komend TURBOMOLE

dscf > $PBS_O_WORKDIR/dscf.log 
jobex -c 500 -gcart 4 -grad -keep &> jobex.log 
#NumForce -central > $PBS_O_WORKDIR/vibs.log

# skopiowanie plikow wynikowych z powrotem do katalogu startowego
cp -r  --update $TURBOTMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# wyczyszczenie katalogu tymczasowego
rm -rf $TURBOTMPDIR

##########################################
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Zeus:TURBOMOLE&oldid=1653”