ABINIT

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet ABINIT w wersjach 6.6.1 oraz 6.12.2.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add abinit

Domyślna wersja to 6.12.2.

Program uruchamiany jest poleceniem abinit.

6.6.1

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł abinit/6.6.1

 module add abinit/6.6.1

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie Abinit będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.6.1
module load abinit/6.6.1

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie Abinit będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.6.1
module load abinit/6.6.1

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
mpiexec -np $np abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log

6.12.2

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł abinit lub abinit/6.12.2

 module add abinit/6.12.2

Uwaga: Program Abinit w wersji 6.12.2 został skompilowany na procesory umożliwiające wykonywanie instrukcji SSE4.2. Dlatego należy go uruchamiać jedynie na nowszych węzłach klastra zawierających procesory 12-rdzeniowe. W tym celu należy wyspecyfikować dodatkowo core12 jako parametr węzła (np. -l nodes=2:ppn=3:core12).

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie Abinit będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1:core12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.12.2
module load abinit/6.12.2

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe
cd $PBS_O_WORKDIR

#uruchomienie programu
abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie Abinit będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2:core12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abinit w wersji 6.12.2
module load abinit/6.12.2

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

#uruchomienie programu
mpiexec -np $np abinit < plik_konfiguracyjny_zdania >& zadnie.log