Abaqus

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Abaqus w wersji 6.10.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add abaqus

Domyślna wersja to 6.10.

Program uruchamiany jest poleceniem abaqus.

Graficzne środowisko użytkownika uruchamiane jest poleceniem abaqus cae (Uwaga: należy pamiętać o przekierowaniu wyświetlania XWidnows).

Przegląd funkcji i poleceń dostępny zostanie wyświetlony po wykonaniu komendy abaqus help.

6.10

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł abaqus/6.10

 module add abaqus/6.10

Przykładowy skrypt

Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=4
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
module load abaqus/6.10

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "4 gb"' > abaqus_v6.env  

input=plik_z_danymi_wejsciowymi

abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.10
module load abaqus/6.10

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  
echo "mp_mpirun_path = {HP:'/software/local/Abaqus/6.10-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

input=plik_z_danymi_wejsciowymi 

abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive

6.12

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł abaqus/6.12

 module add abaqus/6.12

Przykładowy skrypt

Obliczenia w trybie wątków ze współdzieloną pamięcią

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 4 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=4
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
module load abaqus/6.12

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "4 gb"' > abaqus_v6.env  

input=plik_z_danymi_wejsciowymi

abaqus job=$input cpus=$np mp_mode=threads interactive

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie Abaqusa będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie sciezek do pakietu Abaqus ver 6.12
module load abaqus/6.12

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS
cd $PBS_O_WORKDIR

# ustawianie dostepnej pamieci na wezle obliczeniowym
echo 'memory = "6 gb"' > abaqus_v6.env  
echo "mp_mpirun_path = {HP:'/software/local/Abaqus/6.10-2/External/mpi/hpmpi-2.3/bin/mpirun'}" >> abaqus_v6.env

# zliczenie zadanych procesorow
np=$PBS_NP

input=plik_z_danymi_wejsciowymi 

abaqus job=$input cpus=$np standard_parallel=all mp_mode=mpi interactive