CRYSTAL

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CRYSTAL w wersjach CRYSTAL09 2.0.1.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add crystal

Domyślna wersja to crystal09.

Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem crystal.

Dodatkowo pakiet CRYSTAL zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. uruchomienie w trybie pracy równoległej. Tryb pracy równoległej jest zalecany i jeżeli nie istnieje taka potrzeba, program nie powinien byc uruchamiany w trybie sekwencyjnym! Tryb pracy równoległej Pcrystal uruchaminy jest poleceniem runmpiZeus09.

Uwaga: Moduły CRYSTAL nie ustawiają katalogu tymczasowego na system Lustre. Tryb ten był testowany i zdarzały się błędy poprawnym działaniu programu.

Używanie pakietu

Uwaga: W związku ze zgłaszanymi problemami w działaniu programu, zostały przeprowadzone testy mające na celu znalezienie rozwiązania tego problemu.

Tymczasowym rozwiązaniem jest używanie na maszynach obliczeniowych po jednym rdzeniu, tj. ustalanie w parametrach właściwości węzłów obliczeniowych własności ppn=1, np:

qsub -l nodes=4:ppn=1:sl5:intel:infiniband

Podczas ładowania modułu program pokazuje ostrzeżenie jeżeli parametr ppn jest różny od 1.

CRYSTAL09 2.0.1

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł crystal/crystal09

 module load crystal/crystal09

Przykładowy skrypt

Oblicznia zrównoleglone

Zadanie CRYSTAL będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało po 1 procesorze.

<syntaxhighlight lang="bash">

1. !/usr/bin/env bash
   1. 1. 1. 1. Maksymalnie 1 rdzeń na wezle!
2. PBS -l nodes=4:ppn=1:sl5:intel:infiniband
   1. 1. 1. 1. ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 2GB*4*2=16GB na zadanie!
3. PBS -l pmem=2gb
   1. 1. 1. 1. Maksymalny czas obliczen 1 godzina
4. PBS -l walltime=01:00:00
   1. 1. 1. 1. Nazwa kolejki
5. PBS -q l_short
   1. 1. 1. 1. Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
6. PBS -N nazwa_obliczen
   1. 1. 1. 1. Nazwa grantu uzytego do obliczen
7. PBS -A nazwa_grantu

1. ustawienie srodowiska dla pakietu CRYSTAL w wersji CRYSTAL09 2.0.1

module load crystal/crystal09

1. przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)

cd $PBS_O_WORKDIR

1. uruchomienie programu

runmpiZeus09 $PBS_NP nazwa_pliku_wejsciowego_bez_rozszerzenia