CRYSTAL

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CRYSTAL w wersjach CRYSTAL09 2.0.1.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add apps/crystal

Domyślna wersja to crystal09.

Program obliczeniowy w wersji sekwencyjnej uruchamiany jest poleceniem uruchamiany jest poleceniem runcry09.

Dodatkowo pakiet CRYSTAL zawiera wiele programów pomocniczych umożliwiających m.in. uruchomienie w trybie pracy równoległej. Tryb pracy równoległej jest zalecany i jeżeli nie istnieje taka potrzeba, program nie powinien byc uruchamiany w trybie sekwencyjnym! Tryb pracy równoległej Pcrystal uruchaminy jest poleceniem runmpi09.

Uwaga: Moduły CRYSTAL nie ustawiają katalogu tymczasowego na system Lustre. Tryb ten był testowany i zdarzały się błędy poprawnym działaniu programu.

Używanie pakietu

UWAGA! Wymagane jest użycie opcji 'sl6' dla poprawnego działania programu, np:

qsub -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband

CRYSTAL09 2.0.1

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł crystal/crystal09

 module load apps/crystal/crystal09

Przykładowy skrypt

Oblicznia zrównoleglone

Zadanie CRYSTAL będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało po 12 procesorów.

<syntaxhighlight lang="bash">

1. !/usr/bin/env bash
   1. 1. 1. 1. Maksymalnie 1 rdzen na wezle!
2. PBS -l nodes=4:ppn=12:sl6:infiniband
   1. 1. 1. 1. ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden proces! Czyli sumarycznie 1GB * 4 wezly * 1 rdzen = 4GB na zadanie!
3. PBS -l pmem=1gb
   1. 1. 1. 1. Maksymalny czas obliczen 1 godzina
4. PBS -l walltime=01:00:00
   1. 1. 1. 1. Nazwa kolejki
5. PBS -q l_short
   1. 1. 1. 1. Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
6. PBS -N nazwa_obliczen
   1. 1. 1. 1. Nazwa grantu uzytego do obliczen
7. PBS -A nazwa_grantu

1. ustawienie srodowiska dla pakietu CRYSTAL w wersji CRYSTAL09 2.0.1

module load crystal/crystal09

1. przejscie do katalogu, zawierajacego testy pakiety crystal

mkdir -p $HOME/CRYSTAL_TEST cp -r $CRY2K9_TEST $HOME/CRYSTAL_TEST cd $HOME/CRYSTAL_TEST

1. uruchomienie programu

runmpi09 $PBS_NP test00