GAMESS
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet GAMESS w wersjach 2010.R1, 2010.R1-GPGPU, 2011.R1-GPGPU oraz 2012.R2.
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Dla oprogramowania GAMESS przygotowano moduły apps/gamess/<nazwa-wersji>, przy czym moduł apps/gamess jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add apps/gamess
Domyślna wersja to '2012.R2.
Pliki tymczasowe należy składować na zasobie dyskowym Lustre.
Program obliczeniowy uruchamiany jest poleceniem rungms.
2010.R1
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess/2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1-ib
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR
Oblicznia zrównoleglone
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1
module add apps/gamess/2010.R1-ib
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCRATCHDIR
2010.R1-GPGPU
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gpu/gamess/2010.R1
module add gpu/gamess/2010.R1
Przykładowy skrypt
Obliczenia równoległe
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=8gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q gpgpu
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2010.R1-GPGPU
module add gpu/gamess/2010.R1
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR
2011.R1-GPGPU
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gpu/gamess/2011.R1
module add gpu/gamess/2011.R1
Przykładowy skrypt
Obliczenia równoległe
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na na dwóch węzłach i będzie wykorzystywało 4 rdzenie o 4 karty graficzne.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=2:ppn=2:gpus=2:exclusive_process
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=8gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q gpgpu
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2011.R1-GPGPU
module add gpu/gamess/2011.R1
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR
2012.R2
Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł apps/gamess/2012.R2-ib
module add apps/gamess/2012.R2-ib
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
module add apps/gamess/2012.R2-ib
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $TMPDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $TMPDIR
Oblicznia zrównoleglone
Zadanie GAMESS będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 12 rdzeni.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Maksymalna pamiec przydzielona na zadanie
#PBS -l mem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# Ustawienie szybkiego rozproszonego dysku do obliczen
module add tools/scratch
# ustawienie srodowiska dla pakietu GAMESS w wersji 2012.R2
module add apps/gamess/2012.R2-ib
# informacja gdzie beda przechowywane pliki tymczasowe
echo "Temporary files stored in" $SCRATCHDIR
# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie programu
rungms input.in >& output.log
#usuwanie katalogu z plikami tymczasowymi
rm -f $SCRATCHDIR