Porównanie SLURM i PBS

Strona zawiera krótkie podsumowanie różnić w specyfikowaniu zasobów dla zadań w systemach SLURM i PBS. Strona może być pomocna dla osób przenoszących swoje skrypty pomiędzy tymi dwoma systemami kolejkowymi, ale nie jest wyczerpującym źródłem wiedzy. W przypadku wątpliwości prosimy o kontakt lub przestudiowanie dokumentacji do danego systemu kolejkowego.

Dyrektywa systemu kolejkowego dla plików batchowych

SLURM	PBS
#SBATCH	#PBS

Najważniejsze opcje oraz parametry

Opcja SLURM	Opcja PBS
-N (--nodes=)	-l nodes=
--ntasks-per-node=	-l ppn=
--cpus-per-task=	-l ppn=
--mem-per-cpu=	-l pmem=
--mem=	-l mem=
-t (--time=)	-l walltime=
-p (--partition=)	-q
-o filename -e filename	-j oe
--mail-type=	-m
--mail=	-M

Typowe konfiguracje zadań

SLURM w odróżnieniu od PBS pozwala na bardziej granularne wyspecyfikowanie zasobów. Dzięki temu, że system kolejkowy dysponuje taką informacją możliwe jest zautomatyzowanie i optymalizacja procesu uruchamiania aplikacji.

Zadanie jednordzeniowe

PBS:

qsub -q plgrid -A nazwa_grantu -l nodes=1 -l walltime=12:00:00 job.sh

SLURM:

sbatch -q plgrid -A nazwa_grantu -N 1 --time=12:00:00 job.sh

Zadanie wielowątkowe (OpenMP)

PBS:

qsub -q plgrid -A nazwa_grantu -l nodes=1:ppn=12 -l walltime=12:00:00 job.sh

SLURM:

sbatch -q plgrid -A nazwa_grantu --time=12:00:00 -N 1 -n 1 --cpus-per-task=12 job.sh

Zadanie wieloprocesowe/rozproszone (MPI)

PBS:

qsub -q plgrid -A nazwa_grantu -l nodes=2:ppn=12 -l walltime=12:00:00 job.sh

SLURM:

sbatch -q plgrid -A nazwa_grantu --time=12:00:00 -N 2 -n 24 --ntasks-per-node=24 job.sh

Zadanie hybrydowe (MPI + OpenMP)

PBS:

qsub -q plgrid -A nazwa_grantu -l nodes=2:ppn=12 -l walltime=12:00:00 job.sh

SLURM:

sbatch -q plgrid -A nazwa_grantu --time=12:00:00 -N 2 -n 2 --ntasks-per-node=1 --cpus-per-task=12 job.sh

Najważniejsze zmienne systemowe

Zmienna SLURM	Zmienna PBS
SLURM_SUBMIT_DIR	PBS_O_WORKDIR
SLURM_NTASKS	brak odpowiednika
brak odpowiednika	PBS_NP
SLURM_JOB_ID	PBS_JOBID
SLURM_ARRAY_TASK_ID	PBS_ARRAYID

Wartość PBS_NP możemy wyliczyć za pomocą SLURM_NTASKS * SLURM_CPUS_PER_TASK przy założeniu, że zadanie posiada więcej niż 1 rdzeń per proces. W innym przypadku PBS_NP jest równe SLURM_NTASKS.

Najważniejsze komendy

Komenda SLURM	Komenda PBS
sbatch	qsub
squeue	qstat
scancel	qdel