ATLAS

Opis biblioteki

ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software) to zoptymalizowane biblioteki numeryczne umożliwiające efektywne obliczenia algebry liniowej. Biblioteka ATLAS może w pełni zastąpić procedury i funkcje biblioteki BLAS i częściowo LAPACK. Dla niektórych operacji, np. mnożenia macierzy, zastosowanie biblioteki ATLAS może wielokrotnie przyspieszyć obliczenia.

Strona producenta: http://gaussian.com/
Dokumentacja producenta: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
Inna dokumentacja:

Wersje na maszynach Cyfronetu

Baribal	Panda	Mars	Zeus	Zeus GPGPU	Zeus vSMP
			G03(E.01), G09(A.02)

Ograniczenia licencyjne

Wersja	Ilość licencji	Typ licencji
-	bez ograniczeń	-

Zalecenia ogólne

Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.

Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm.

Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe SCF=Direct w pliku wejściowym definującym obliczenia.

Zmienna $GAUSS_SCRDIR ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared w wejściowym pliku definującym obliczenia.

Sposób uruchamiania

Zeus Mars