Gaussian

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji A.02 oraz Gaussian03 w wersji E.01.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared=y w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę -l nodes=1:ppn=y dla systemu kolejkowego (y - liczba rdzeni obliczeniowych).

G09.A.02

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gaussian/g09.A.02

 module add gaussian/g09.A.02

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q l_short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02 przy uzyciu Modules
  module add gaussian/g09.A.02
  
  # sprawdzenie czy dostepny jest rozproszony zasob dyskowy Lustre
  if [ -d /mnt/lustre/scratch/people/$USER/ ]; then
    export TMPDIR=/mnt/lustre/scratch/people/$USER/${PBS_JOBID%%.*}
  fi
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Wersja równoległa

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=12
  #PBS -q l_short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. A.02 przy uzyciu Modules
  module add gaussian/g09.A.02
  
  # sprawdzenie czy dostepny jest rozproszony zasob dyskowy Lustre
  if [ -d /mnt/lustre/scratch/people/$USER/ ]; then
    export TMPDIR=/mnt/lustre/scratch/people/$USER/${PBS_JOBID%%.*}
  fi
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

G03.E.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł gaussian/g03.E.01

 module add gaussian/g03.E.01

Program uruchamiamy poleceniem g03

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q l_short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. E.01 przy uzyciu Modules
  module add gaussian/g03.E.01
  
  # sprawdzenie czy dostepny jest rozproszony zasob dyskowy Lustre
  if [ -d /mnt/lustre/scratch/people/$USER/ ]; then
    export TMPDIR=/mnt/lustre/scratch/people/$USER/${PBS_JOBID%%.*}
  fi
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Wersja równoległa

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=12
  #PBS -q l_short
  #PBS -N nazwa_obliczen
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. E.01 przy uzyciu Modules
  module add gaussian/g03.E.01
  
  # sprawdzenie czy dostepny jest rozproszony zasob dyskowy Lustre
  if [ -d /mnt/lustre/scratch/people/$USER/ ]; then
    export TMPDIR=/mnt/lustre/scratch/people/$USER/${PBS_JOBID%%.*}
  fi
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR