Podstawy:PBS
Spis treści
Uruchamianie zadań
Do uruchamiania zadań służy komenda qsub. Zadania można uruchamiać w dwóch trybach: interaktywnym, gdzie do dyspozycji użytkownika jest konsola terminala lub wsadowym. W tym drugim przypadku wszystkie komendy umieszcza się w pliku. W takim pliku linijki zawierające Instrukcje sterujące dla systemu kolejkowego muszą zaczynać się ciągiem znaków #PBS. Umieszcza się je w początkowej części pliku. Dzięki temu system kolejkowy jest w stanie odczytać opcje jemu właściwe właśnie z tych linijek i uruchomić pozostałe instrukcje, dotyczące już samego zadania obliczeniowego, z dalszej części pliku. Najważniejsze opcje i parametry komendy qsub zawiera poniższa tabela.
| Opcja | Parametry | Opis | Uwagi |
|---|---|---|---|
| -l | Opcja służy do specyfikacji zasobów (rdzeni, węzłów pamięci) dla zadania. Poszczególne opcje można łączyć w jednej linii. W takim przypadku należy rozdzielić je znakiem dwukropka. | ||
| nodes=<liczba_węzłów> | Parametr służy do specyfikacji liczby wezłów | ||
| ppn=<liczba rdzeni> | Liczba żądanych rdzeni na każdym węźle | opcja niedostępna na maszynie Baribal | |
| walltime=<czas obliczeń> | Maksymalny czas obliczeń. Czas należy podawać w formacie DD:GG:MM:SS gdzie DD, GG, MM, SS oznaczają odpowiednio żądaną liczbę dni, godzin, minut i sekund na zadanie. | ||
| -N | <nazwa_zadania> | Nazwa zadania w systemie kolejkowym | |
| -j | oe | Połączenie standardowego wyjścia ze standardowym wyjściem błędów podczas wykonywania obliczeń | |
| -m | b, e lub a | System kolejkowy wyśle e-mail do użytkownika jeśli zadanie rozpocznie się wykonywać b, skończy wykonywać e lub zostanie przerwane a. | |
| -M | <adres@e-mail.użytkownika> | Adres e-mail użytkownika na który ma zostać wysłana wiadomość o stanie zadania | |
| -q | <nazwa_kolejki> | Specyfikuje nazwę kolejki do której ma trafić zadanie | |
| -I | uruchomienie zadania intraktywnego | ||
| -X | w trybie interaktywnym pozwala na uruchamianie programów okienkowych | opcja niedostępna na maszynie Baribal i Mars |
Wyświetlanie informacji o stanie zadań w kolejkach
Do wyświetlania informacji o zadaniach oraz kolejkach służy komenda qstat. Wywołanie komendy bez parametrów spowoduje wyświetlenie informacji o wszystkich zadaniach w kolejkach. Najczęściej używane opcje komendy qstat zebrano w tabeli poniżej.
| Opcja | Parametry | Opis | Uwagi |
|---|---|---|---|
| -q | <nazwa_kolejki> | Bez parametrów wyświetla informacje o dostępnych kolejkach i ich parametrach. | |
| -u | <nazwa_użytkownika> | Wyświetla informacje o zadaniach danego użytkownika. | |
| <identyfikator zadania> | Wyświetla informacje o danym zadaniu. | ||
| -f | Pełna informacj o wszystkich zadaniach systemu kolejkowego. |
Usuwanie zadań
Do usuwania zadań służy komenda qdel. W celu sunięcia zadania z kolejki potrzebny jest również jego identyfikator numeryczny (jobid), który można wyświetlić komendą qstat. Cała sekwencja może wyglądać następująco:
qdel 12345678910
Przydatne zmienne systemu kolejkowego
- $PBS_NODEFILE Zmienna wskazuje na plik z nazwami węzłów przydzielonymi dla zadania. Najczęściej wykorzystywany do określania liczby rdzeni przydzielonej zadaniu np.:
export NPROC=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
- $PBS_O_WORKDIR Zmienna wskazuje na katalog, z kkórego uruchomiono obliczenia. Najczęściej wykorzystywana do wskazania plików dla zadania np.:
cd $PBS_O_WORKDIR