Allinea

Opis biblioteki

Allinea to oprogramowanie umożliwiające debugowanie oraz profiling programów równoległych. Licencja dostępna na komputerze Zeus umożliwia profilowanie i debugowanie programów równoległych uruchomionych maksymalnie na 16 procesach i 4 akceleratorach sprzętowych. Liczbą wątków nie jest istotna i nie stanowi ograniczenia. Obecna licencja umożliwia debugowanie i profilowanie programów napisanych w OpenMP i MPI.

Strona producenta: http://www.allinea.com
Dokumentacja producenta na komputerze Zeus: /software/local/allinea/DDT/4.0-30663.el5/doc/userguide.pdf

Praca w środowisku Allinea

Aby zacząć pracę w środowisku Allinea najpierw należy dodać odpowiedni moduł aby ustawić odpowiednie parametry pracy:

$module load allinea/ddt/4.0-30663.el5

Każdy program musi być skompilowany z opcją -g, aby móc dalej być przetwarzanym przez środowisko Allinea (instrukcje programu muszą mieć dołączone informacje o miejscu w programie oraz zmiennych i ich wartościach w nich zawartych).

$mpicc -g cstartmpi.c -o cstartmpi.exe

Otwarcie interfejsu graficznego Allinea DDT możliwe jest po zalogowaniu na komputer Zeus z opcją -X lub -Y (-Y bardziej wskazany w przypadku MacOS):

$ssh -X <username>@cyfronet.pl

następnie należy uruchomić tryb interaktywny i wyszczególnić rezerwowane zasoby:

$qsub -IX -l nodes=1:ppn=12

Po wykonaniu wszystkich podanych wyżej czynności w ustalonej kolejności można uruchomić środowisko Allinea DDT:

$ddt -n 12 ./cstartmpi.exe

Innym sposobem alokacji zasobów i wstawienia zadania do kolejki jest uruchomienie następującego skryptu (np. your_script.sub):

!/bin/sh

PBS -l walltime=01:00:00

PBS -l nodes=1:ppn=12

PBS -o output.log

PBS -e error.log

module load openmpi

module load allinea/ddt/4.0-30663.el5

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -n 12 ./cstartmpi.exe

ddt -noqueue -offline report.html -n 12 ./cstartmpi.exe

i uruchomienie go następującym poleceniem: $qsub ./your_script.sub