ATLAS

Informacje ogólne

Kompilację programów należy wykonywać jedynie w trybie interaktywnym (konsola) lub wsadowym (plik) systemu kolejkowego. Niedopuszczalne jest kompilowanie programów na maszynie dostępowej. Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules.

Wersja 3.8.4

Dostępna wersja skompilowana jest jedynie z kompilatorem GNU. Zmienne środowiskowe ustawiamy ładując moduł atlas/3.8.4-gnu:

module add atlas/3.8.4-gnu

Ogólny sposób linkowania:

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa

  #!/bin/env bash
  # memory requested
  #PBS -l mem=2gb
  # no of cpus requested (ppn = procesors/cores per node)
  #PBS -l nodes=1:ppn=12
  #name of queue      
  #PBS -q l_infinite
  # name of job in PBS
  #PBS -N computation_mame
  
  # prepare enviroment for the Gaussian ver. 03 rev. E.01 using Modules package
  module add gaussian/g03.E.01
  
  # check whether distributted lustre scratch space is available for temporary files
  if [ -d /mnt/lustre/scratch/people/$USER/ ]; then
    export TMPDIR=/mnt/lustre/scratch/people/$USER/${PBS_JOBID%%.*}
  fi
  
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR   # def. scratch dir
  
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR    # create scratch dir if necessary
  
  cd $PBS_O_WORKDIR # switch to dir from with pbs job was submitted 
  g03 job.g03.com #run the Gaussian Job
  
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR    #cleaning scratch dir

 tutaj skrypt

Wersja równoległa

 #!/bin/env bash
 # memory requested
 #PBS -l mem=2gb
 # no of cpus requested (ppn = procesors/cores per node)
 #PBS -l nodes=1:ppn=12
 #name of queue      
 #PBS -q l_infinite
 # name of job in PBS
 #PBS -N computation_mame
 
 # prepare enviroment for the Gaussian ver. 03 rev. E.01 using Modules package
 module add gaussian/g03.E.01
 
 # check whether distributted lustre scratch space is available for temporary files
 if [ -d /mnt/lustre/scratch/people/$USER/ ]; then
   export TMPDIR=/mnt/lustre/scratch/people/$USER/${PBS_JOBID%%.*}
 fi
 
 export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR   # def. scratch dir
 
 mkdir -p $GAUSS_SCRDIR    # create scratch dir if necessary
 
 cd $PBS_O_WORKDIR # switch to dir from with pbs job was submitted 
 g03 job.g03.com #run the Gaussian Job
 
 rm -rf $GAUSS_SCRDIR    #cleaning scratch dir