Gromacs

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Wersja z dnia 13:39, 13 lis 2013 autorstwa Noga (dyskusja | edycje)
(różn.) ← poprzednia wersja | przejdź do aktualnej wersji (różn.) | następna wersja → (różn.)
Skocz do:nawigacja, szukaj

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Gromacs w wersjach 4.0.7-mkl-d, 4.0.7-mkl-s, 4.5.3-d oraz 4.5.3-s.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Dla oprogramowania Gromacs przygotowano moduły gromacs/<nazwa-wersji>, przy czym moduł gromacs jest odnośnikiem dla wersji domyślnej. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add apps/gromacs

Domyślna wersja to 4.5.3-s.

Program uruchamiamy poleceniem.

Uwaga: Do przygotowania plików wejściowych do symulacji w programie Gromacs można użyć zadania interaktywnego w kolejce l_interactive lub użyć modulu apps/gromacs/preprocess.

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa
Wersja równoległa