Zeus:CFOUR: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
(Utworzył nową stronę „{{DISPLAYTITLE:CFOUR}} Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CFOUR w wersji 1.0. = Informacje ogólne = Do ustawiania środowiska urucho...”) |
|||
| (Nie pokazano 5 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika) | |||
| Linia 20: | Linia 20: | ||
===== Obliczenia szeregowe ===== | ===== Obliczenia szeregowe ===== | ||
| − | Zadanie | + | Zadanie CFOUR będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor. |
<syntaxhighlight lang="bash"> | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ||
| − | #PBS -l nodes=1:ppn=1 | + | #PBS -l nodes=1:ppn=1 |
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie! | ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie! | ||
| − | #PBS -l | + | #PBS -l pmem=1gb |
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina | ##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina | ||
#PBS -l walltime=1:00:00 | #PBS -l walltime=1:00:00 | ||
| Linia 34: | Linia 34: | ||
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ||
#PBS -N nazwa_obliczen | #PBS -N nazwa_obliczen | ||
| + | ##### Nazwa grantu uzytego do obliczen | ||
| + | #PBS -A nazwa_grantu | ||
| + | |||
| + | # ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0 | ||
| + | module add cfour/1.0 | ||
| + | |||
| + | # sprawdzenie czy istnieje dostep do rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe | ||
| + | if [ -d $SCRATCHDIR ]; then | ||
| + | export TMPDIR=$SCRATCHDIR | ||
| + | fi | ||
| + | |||
| + | # wyswietlenie informacji o lokalizacji katalogu na pliki tymczasowe | ||
| + | echo "Temporary directory: " $TMPDIR | ||
| − | # | + | # przejscie do katalogu na pliki tymczasowe |
| − | + | cd $TMPDIR | |
| − | # | + | # uruchomienie programu |
| − | + | xcfour >& $PBS_O_WORKDIR/output.log | |
| − | # | + | # przekopiowanie plikow po zakonczeniu zadania do katalogu, z ktorego skrypt zostal wyslany do systemu kolejkowego |
| − | + | cp -r --update $TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR | |
| + | # usuniecie danych z katalogu na pliki tymczasowe | ||
| + | rm -rf $TMPDIR | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
| Linia 49: | Linia 64: | ||
===== Oblicznia w trybie MPI ===== | ===== Oblicznia w trybie MPI ===== | ||
| − | Zadanie | + | Zadanie CFOUR będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory. |
<syntaxhighlight lang="bash"> | <syntaxhighlight lang="bash"> | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle | ||
| − | #PBS -l nodes=4:ppn=2 | + | #PBS -l nodes=4:ppn=2 |
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie! | ||
| − | #PBS -l | + | #PBS -l pmem=3gb |
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina | ##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina | ||
#PBS -l walltime=1:00:00 | #PBS -l walltime=1:00:00 | ||
| Linia 62: | Linia 77: | ||
#PBS -q l_short | #PBS -q l_short | ||
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym | ||
| + | #PBS -N nazwa_obliczen | ||
| + | ##### Nazwa grantu uzytego do obliczen | ||
| + | #PBS -A nazwa_grantu | ||
| + | |||
| + | # ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0 | ||
| + | module add cfour/1.0 | ||
| − | # | + | # ustawianie wspolnego, rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe |
| − | + | module add scratch | |
| + | |||
| + | # sprawdzenie czy istnieje dostep do rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe | ||
| + | if [ -d $SCRATCHDIR ]; then | ||
| + | export TMPDIR=$SCRATCHDIR | ||
| + | fi | ||
| + | |||
| + | # wyswietlenie informacji o lokalizacji katalogu na pliki tymczasowe | ||
| + | echo "Temporary directory: " $TMPDIR | ||
| + | |||
| + | # Skopiowanie startowych plikow CFOUR do katalogu na pliki tymczasowe | ||
| + | cp $PBS_O_WORKDIR/* $TMPDIR | ||
| + | |||
| + | # przejscie do katalogu na pliki tymczasowe | ||
| + | cd $TMPDIR | ||
| − | # | + | # uruchomienie programu |
| − | + | xcfour >& $PBS_O_WORKDIR/output.log | |
| − | # | + | # przekopiowanie plikow po zakonczeniu zadania do katalogu, z ktorego skrypt zostal wyslany do systemu kolejkowego |
| − | + | cp -r --update $TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR | |
| + | # usuniecie danych z katalogu na pliki tymczasowe | ||
| + | rm -rf $TMPDIR | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
Aktualna wersja na dzień 13:33, 23 maj 2013
Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CFOUR w wersji 1.0.
Spis treści
Informacje ogólne
Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:
module add cfour
Domyślna wersja to 1.0.
Program uruchamiany jest poleceniem xcfour.
1.0
Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł cfour lub cfour/1.0
module add cfour/1.0
Przykładowy skrypt
Obliczenia szeregowe
Zadanie CFOUR będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0
module add cfour/1.0
# sprawdzenie czy istnieje dostep do rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe
if [ -d $SCRATCHDIR ]; then
export TMPDIR=$SCRATCHDIR
fi
# wyswietlenie informacji o lokalizacji katalogu na pliki tymczasowe
echo "Temporary directory: " $TMPDIR
# przejscie do katalogu na pliki tymczasowe
cd $TMPDIR
# uruchomienie programu
xcfour >& $PBS_O_WORKDIR/output.log
# przekopiowanie plikow po zakonczeniu zadania do katalogu, z ktorego skrypt zostal wyslany do systemu kolejkowego
cp -r --update $TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
# usuniecie danych z katalogu na pliki tymczasowe
rm -rf $TMPDIR
Oblicznia w trybie MPI
Zadanie CFOUR będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.
#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
# ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0
module add cfour/1.0
# ustawianie wspolnego, rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe
module add scratch
# sprawdzenie czy istnieje dostep do rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe
if [ -d $SCRATCHDIR ]; then
export TMPDIR=$SCRATCHDIR
fi
# wyswietlenie informacji o lokalizacji katalogu na pliki tymczasowe
echo "Temporary directory: " $TMPDIR
# Skopiowanie startowych plikow CFOUR do katalogu na pliki tymczasowe
cp $PBS_O_WORKDIR/* $TMPDIR
# przejscie do katalogu na pliki tymczasowe
cd $TMPDIR
# uruchomienie programu
xcfour >& $PBS_O_WORKDIR/output.log
# przekopiowanie plikow po zakonczeniu zadania do katalogu, z ktorego skrypt zostal wyslany do systemu kolejkowego
cp -r --update $TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR
# usuniecie danych z katalogu na pliki tymczasowe
rm -rf $TMPDIR