CFOUR

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet CFOUR w wersji 1.0.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add cfour

Domyślna wersja to 1.0.

Program uruchamiany jest poleceniem xcfour.

1.0

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł cfour lub cfour/1.0

 module add cfour/1.0

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie CFOUR będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
 
# ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0
module add cfour/1.0

# sprawdzenie czy istnieje dostep do rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe
if [ -d $SCRATCHDIR ]; then
    export TMPDIR=$SCRATCHDIR
fi

# wyswietlenie informacji o lokalizacji katalogu na pliki tymczasowe
echo "Temporary directory: " $TMPDIR

# przejscie do katalogu na pliki tymczasowe
cd $TMPDIR

# uruchomienie programu
xcfour  >& $PBS_O_WORKDIR/output.log

# przekopiowanie plikow po zakonczeniu zadania do katalogu, z ktorego skrypt zostal wyslany do systemu kolejkowego 
cp -r  --update $TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# usuniecie danych z katalogu na pliki tymczasowe
rm -rf $TMPDIR

Oblicznia w trybie MPI

Zadanie CFOUR będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu
 
# ustawienie srodowiska dla pakietu CFOUR w wersji 1.0
module add cfour/1.0

# ustawianie wspolnego, rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe
module add scratch

# sprawdzenie czy istnieje dostep do rozproszeonego zasobu na pliki tymczasowe
if [ -d $SCRATCHDIR ]; then
    export TMPDIR=$SCRATCHDIR
fi

# wyswietlenie informacji o lokalizacji katalogu na pliki tymczasowe
echo "Temporary directory: " $TMPDIR

# Skopiowanie startowych plikow CFOUR do katalogu na pliki tymczasowe
cp $PBS_O_WORKDIR/* $TMPDIR

# przejscie do katalogu na pliki tymczasowe
cd $TMPDIR

# uruchomienie programu
xcfour  >& $PBS_O_WORKDIR/output.log

# przekopiowanie plikow po zakonczeniu zadania do katalogu, z ktorego skrypt zostal wyslany do systemu kolejkowego 
cp -r  --update $TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR

# usuniecie danych z katalogu na pliki tymczasowe
rm -rf $TMPDIR