Amber: Różnice pomiędzy wersjami
Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
(Utworzył nową stronę „==Opis aplikacji== Amber ('''A'''ssisted '''M'''odel '''B'''uilding with '''E'''nergy '''R'''efinement) jest zbiorem programów umożliwiających przeprowadzanie sy...”) |
|||
| (Nie pokazano 2 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
==Opis aplikacji== | ==Opis aplikacji== | ||
| − | Amber ('''A'''ssisted '''M'''odel '''B'''uilding with '''E'''nergy '''R'''efinement) jest zbiorem programów umożliwiających przeprowadzanie symulacji układów molekularnych. W skład pakietu wchodzi pole siłowe Amber stosowane w symulacjach biomolekuł i programy symulacyjne oraz narzędziowe pogrupowane w dwie paczki: Amber oraz AmberTools12. | + | '''Amber''' ('''A'''ssisted '''M'''odel '''B'''uilding with '''E'''nergy '''R'''efinement) jest zbiorem programów umożliwiających przeprowadzanie symulacji układów molekularnych. W skład pakietu wchodzi pole siłowe Amber stosowane w symulacjach biomolekuł i programy symulacyjne oraz narzędziowe pogrupowane w dwie paczki: Amber oraz AmberTools12. |
Strona producenta: http://ambermd.org/<br> | Strona producenta: http://ambermd.org/<br> | ||
Dokumentacja producenta: http://ambermd.org/doc12/<br> | Dokumentacja producenta: http://ambermd.org/doc12/<br> | ||
| + | |||
| + | W skład pakietu '''Amber''' wchodzi około 50 programów, sposród których podstawowe to: | ||
| + | |||
| + | * <tt>sander</tt> (Simulated annealing with NMR-derived energy restraints) - jest to podstawowy program do przeprowadzania symulacji. | ||
| + | * <tt>pmemd</tt> - zmodyfikowana wersja programu sander zoptymalizowana m.in. do obliczeń układów periodycznych. Jest szybszy od programu <tt>sander</tt> oraz efektywniej się zrównolegla. Dostępna jest również wersja umożliwiająca obliczenia na GPGPU (dostępna na [[Zeus GPGPU:Amber|Zeus GPGPU]]) | ||
| + | * <tt>NAB</tt> - program umożliwiający symulacje mechaniki molekularnej lub modelowania opartego na odległościach i geometriach składników. Może służyć do badania oddziaływań białko-lingand. | ||
| + | * <tt>LEaP</tt> - intefejs graficzny służący do przygotowania plików początkowych symulacji | ||
| + | * <tt>antechamber</tt> - program ułatwiający przez automatyzacje przygotowanie pól siłowych dla większości cząsteczek organicznych. | ||
| + | * <tt>ptraj</tt> oraz <tt>cpptraj</tt> - narzędzia do analizy trajektorii symulacji MD | ||
| + | * <tt>mm_pbsa</tt> oraz <tt>mmpbsa.py</tt> - skrypty automatycznie przetwarzające trajektorie MD wykorzystywane do analizy energetyki. | ||
| + | |||
| + | W skład '''AmberTools12''' wchodzą | ||
| + | |||
| + | * <tt>NAB</tt> - program służący do budowania cząsteczek oraz przeprowadzania symulacji przy wykorzystaniu różnych modeli rozpuszczalnika | ||
| + | * <tt>antechamber</tt> oraz <tt>MCPB</tt> - narzędzie tworzące pola siłowe dla cząsteczek organicznych oraz centrów metalicznych | ||
| + | * <tt>tleap</tt> - narzędzie do przygotowywania symulacji przy użyciu pakietu Amber | ||
| + | * <tt>sqm</tt> - program używający metod półempirycznych chemii kwantowej oraz DFTB | ||
| + | * <tt>pbsa</tt> - narzędzie obliczające numeryczne rozwiązania dla modeli Poissona-Boltzmanna | ||
| + | * <tt>3D-RISM</tt> - program stosujący różnorakie metody do opisu rozpuszczalników | ||
| + | * <tt>mdgx</tt> - narzędzie do symulacji dynamiki molekularnej z jawnym zastosowaniem cząsteczek rozpuszczalnika | ||
| + | * <tt>ptraj</tt> oraz <tt>cpptraj</tt> - narzędzia do analizy trajektorii symulacji MD | ||
| + | * <tt>MMPBSA.py</tt> oraz <tt>amberlite</tt>- skrypty automatycznie przetwarzające trajektorie MD wykorzystywane do analizy energetyki. | ||
==Wersje na maszynach Cyfronetu== | ==Wersje na maszynach Cyfronetu== | ||
| Linia 13: | Linia 35: | ||
!Mars | !Mars | ||
!Zeus | !Zeus | ||
| + | !Zeus vSMP | ||
!Zeus GPGPU | !Zeus GPGPU | ||
| − | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
| | | | ||
| | | | ||
| − | |align="center"| [[Zeus:Amber#11|11]]<br/>[[Zeus:Amber#11-ib|11-ib]]<br/>[[Zeus:Amber#11-abertools12|11-abertools12]] | + | |colspan="2" align="center"| [[Zeus:Amber#11|11]]<br/>[[Zeus:Amber#11-ib|11-ib]]<br/>[[Zeus:Amber#11-abertools12|11-abertools12]] |
|align="center"| [[Zeus GPGPU:Amber#11|11]] | |align="center"| [[Zeus GPGPU:Amber#11|11]] | ||
| − | |||
|} | |} | ||
| Linia 30: | Linia 51: | ||
| align="center"| wszystkie || - || akademicka | | align="center"| wszystkie || - || akademicka | ||
|} | |} | ||
| + | ==== Szczegóły ==== | ||
| + | * Pola siłowe Amber umieszczono w domenie publicznej, | ||
| + | * Pakiet AmberTools udostępniany jest w postaci kodu źródłowego. Większość programów i kodów udostępniana jest na wolnej licencji [http://www.gnu.org/licenses/gpl.html GNU GPL v.3]. Wyjątkami są wyjątkiem programy i biblioteki: lapak i blas (domena publiczna), netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), arpack (BSD), ucpp (BSD-style). | ||
| + | * Pakiet Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", której wersje akademicką posiada ACK Cyfronet AGH. Dostępna w nim biblioteka "rmsd" jest udostępniana na licencji [http://www.gnu.org/licenses/gpl.html GNU GPL]. | ||
==Zalecenia ogólne== | ==Zalecenia ogólne== | ||
Aktualna wersja na dzień 15:11, 6 lis 2012
Spis treści
Opis aplikacji
Amber (Assisted Model Building with Energy Refinement) jest zbiorem programów umożliwiających przeprowadzanie symulacji układów molekularnych. W skład pakietu wchodzi pole siłowe Amber stosowane w symulacjach biomolekuł i programy symulacyjne oraz narzędziowe pogrupowane w dwie paczki: Amber oraz AmberTools12.
Strona producenta: http://ambermd.org/
Dokumentacja producenta: http://ambermd.org/doc12/
W skład pakietu Amber wchodzi około 50 programów, sposród których podstawowe to:
- sander (Simulated annealing with NMR-derived energy restraints) - jest to podstawowy program do przeprowadzania symulacji.
- pmemd - zmodyfikowana wersja programu sander zoptymalizowana m.in. do obliczeń układów periodycznych. Jest szybszy od programu sander oraz efektywniej się zrównolegla. Dostępna jest również wersja umożliwiająca obliczenia na GPGPU (dostępna na Zeus GPGPU)
- NAB - program umożliwiający symulacje mechaniki molekularnej lub modelowania opartego na odległościach i geometriach składników. Może służyć do badania oddziaływań białko-lingand.
- LEaP - intefejs graficzny służący do przygotowania plików początkowych symulacji
- antechamber - program ułatwiający przez automatyzacje przygotowanie pól siłowych dla większości cząsteczek organicznych.
- ptraj oraz cpptraj - narzędzia do analizy trajektorii symulacji MD
- mm_pbsa oraz mmpbsa.py - skrypty automatycznie przetwarzające trajektorie MD wykorzystywane do analizy energetyki.
W skład AmberTools12 wchodzą
- NAB - program służący do budowania cząsteczek oraz przeprowadzania symulacji przy wykorzystaniu różnych modeli rozpuszczalnika
- antechamber oraz MCPB - narzędzie tworzące pola siłowe dla cząsteczek organicznych oraz centrów metalicznych
- tleap - narzędzie do przygotowywania symulacji przy użyciu pakietu Amber
- sqm - program używający metod półempirycznych chemii kwantowej oraz DFTB
- pbsa - narzędzie obliczające numeryczne rozwiązania dla modeli Poissona-Boltzmanna
- 3D-RISM - program stosujący różnorakie metody do opisu rozpuszczalników
- mdgx - narzędzie do symulacji dynamiki molekularnej z jawnym zastosowaniem cząsteczek rozpuszczalnika
- ptraj oraz cpptraj - narzędzia do analizy trajektorii symulacji MD
- MMPBSA.py oraz amberlite- skrypty automatycznie przetwarzające trajektorie MD wykorzystywane do analizy energetyki.
Wersje na maszynach Cyfronetu
| Baribal | Panda | Mars | Zeus | Zeus vSMP | Zeus GPGPU |
|---|---|---|---|---|---|
| 11 11-ib 11-abertools12 |
11 | ||||
Ograniczenia licencyjne
| Wersja | Ilość licencji | Typ licencji |
|---|---|---|
| wszystkie | - | akademicka |
Szczegóły
- Pola siłowe Amber umieszczono w domenie publicznej,
- Pakiet AmberTools udostępniany jest w postaci kodu źródłowego. Większość programów i kodów udostępniana jest na wolnej licencji GNU GPL v.3. Wyjątkami są wyjątkiem programy i biblioteki: lapak i blas (domena publiczna), netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
- Pakiet Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", której wersje akademicką posiada ACK Cyfronet AGH. Dostępna w nim biblioteka "rmsd" jest udostępniana na licencji GNU GPL.