Amber

Na klastrze Zeus zainstalowano pakiet Amber w wersjach 11, 11-ib lub 11-abertools12.

Informacje ogólne

Do ustawiania środowiska uruchomieniowego oprogramowania na klastrze Zeus służy narzędzie Modules. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego Lustre. Do załadowania domyślnej wersji pakietu służy komenda:

 module add amber

Domyślna wersja to 11-ib.

Pakiet Amber składa się z wielu programów, z kótrych naważniejsze to sander oraz pmemd.

11

Zmienne środowiskowe ustawia się ładując moduł amber/11

 module add amber/11

Przykładowy skrypt

Obliczenia szeregowe

Zadanie Amber będzie się wykonywać na jednym węźle i będzie wykorzystywało 1 procesor.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=1:ppn=1
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 1GB*1*4=4GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=1gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu Amber w wersji 11
module add amber/11

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
module add scratch
export AMBER_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
mkdir -p  $AMBER_TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $AMBER_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS 
# (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#przekopiowanie plikow wejsciowych do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $AMBER_TMPDIR

# przejscie do katalogu tymczasowego
cd $AMBER_TMPDIR

# uruchomienie programu
$SANDER_RUN -O -i mdin -o mdout

# skopiowanie plikow wynikowych do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS 
cp -r $AMBER_TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR 

# usuniecie katalogu i plikow tymczasowych
rm -rf  $AMBER_TMPDIR

Oblicznia zrównoleglone

Zadanie [[Amber] będzie się wykonywać na 4 węzłach i na każdym węźle będzie wykorzystywało 2 procesory.

#!/bin/env bash
##### Maksymalnie 12 rdzeni na wezle
#PBS -l nodes=4:ppn=2
##### Maksymalna pamiec przydzielona na jeden rdzen! Czyli sumarycznie 3GB*4*2=24GB na zadanie!
#PBS -l pvmem=3gb
##### Maksymalny czas obliczen 1 godzina
#PBS -l walltime=1:00:00
##### Nazwa kolejki
#PBS -q l_short
##### Nazwa zadania widoczna w systemie kolejkowym
#PBS -N nazwa_obliczen
##### Nazwa grantu uzytego do obliczen
#PBS -A nazwa_grantu

# ustawienie srodowiska dla pakietu Amber w wersji 11
module add amber/11

# ustawienie katalogu na pliki tymczasowe
module add scratch
export AMBER_TMPDIR=$SCRATCH/${PBS_JOBID%%.*}
mkdir -p  $AMBER_TMPDIR
echo "Temporary files stored in" $AMBER_TMPDIR

# przejscie do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS 
# (w ktorym znajduja sie pliki wejsciowe)
cd $PBS_O_WORKDIR

#przekopiowanie plikow wejsciowych do katalogu tymczasowego
cp $PBS_O_WORKDIR/* $AMBER_TMPDIR

# przejscie do katalogu tymczasowego
cd $AMBER_TMPDIR

# uruchomienie programu
$SANDER_RUN -O -i mdin -o mdout

# skopiowanie plikow wynikowych do katalogu, z ktorego wywolano skrypt PBS 
cp -r $AMBER_TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR 

# usuniecie katalogu i plikow tymczasowych
rm -rf  $AMBER_TMPDIR