Mars:Gaussian: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
 
(Nie pokazano 7 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
{{DISPLAYTITLE:Gaussian}}
 
{{DISPLAYTITLE:Gaussian}}
−
Na klastrze [[Mars]] zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.
+
Na klastrze [[Mars]] zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji D.01, C.01, A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.
  
 
= Informacje ogólne =
 
= Informacje ogólne =
Linia 9: Linia 9:
  
 
'''Uwaga:''' Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared=y'' w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę <tt>-l  nodes=1:ppn=y</tt> dla systemu kolejkowego (<tt>y</tt> - liczba rdzeni obliczeniowych).
 
'''Uwaga:''' Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared=y'' w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę <tt>-l  nodes=1:ppn=y</tt> dla systemu kolejkowego (<tt>y</tt> - liczba rdzeni obliczeniowych).
 +
 +
 +
=G09.D.01=
 +
Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:
 +
* dla powłoki bash
 +
<syntaxhighlight>
 +
g09root=/opt1/gaussian09-D.01
 +
export g09root
 +
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
* dla powłoki tcsh
 +
<syntaxhighlight>
 +
setenv g09root /opt1/gaussian09-D.01
 +
source $g09root/g09/bsd/g09.login
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
Program uruchamiamy poleceniem <tt>g09</tt>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Wersja szeregowa (dla powłoki bash) =====
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
  #!/bin/env bash
 +
  #PBS -l mem=2gb
 +
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
  #PBS -q short
 +
  #PBS -N nazwa_zadania
 +
 
 +
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. D.01
 +
  g09root=/opt1/gaussian09-D.01
 +
  export g09root
 +
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
 
 +
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 +
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 +
 
 +
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 +
 
 +
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 +
  cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
  #uruchomienie zadania
 +
  g09 job.com
 +
 
 +
  #usuniecie plikow tymczasowych
 +
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== Wersja równoległa (dla powłoki bash) =====
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
  #!/bin/env bash
 +
  #PBS -l mem=2gb
 +
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
 +
  #PBS -q short
 +
  #PBS -N nazwa_zadania
 +
 
 +
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. D.01
 +
  g09root=/opt1/gaussian09-D.01
 +
  export g09root
 +
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
 
 +
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 +
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 +
 
 +
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 +
 
 +
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 +
  cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
  #uruchomienie zadania
 +
  g09 job.com
 +
 
 +
  #usuniecie plikow tymczasowych
 +
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
 +
=G09.C.01=
 +
Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:
 +
* dla powłoki bash
 +
<syntaxhighlight>
 +
g09root=/opt1/gaussian09-C.01
 +
export g09root
 +
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
* dla powłoki tcsh
 +
<syntaxhighlight>
 +
setenv g09root /opt1/gaussian09-C.01
 +
source $g09root/g09/bsd/g09.login
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
Program uruchamiamy poleceniem <tt>g09</tt>
 +
 +
==== Przykładowy skrypt ====
 +
===== Wersja szeregowa (dla powłoki bash) =====
 +
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
  #!/bin/env bash
 +
  #PBS -l mem=2gb
 +
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
 +
  #PBS -q short
 +
  #PBS -N nazwa_zadania
 +
 
 +
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. C.01
 +
  g09root=/opt1/gaussian09-C.01
 +
  export g09root
 +
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
 
 +
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 +
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 +
 
 +
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 +
 
 +
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 +
  cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
  #uruchomienie zadania
 +
  g09 job.com
 +
 
 +
  #usuniecie plikow tymczasowych
 +
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
===== Wersja równoległa (dla powłoki bash) =====
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
  #!/bin/env bash
 +
  #PBS -l mem=2gb
 +
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
 +
  #PBS -q short
 +
  #PBS -N nazwa_zadania
 +
 
 +
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. C.01
 +
  g09root=/opt1/gaussian09-C.01
 +
  export g09root
 +
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 +
 
 +
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 +
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 +
 
 +
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 +
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 +
 
 +
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 +
  cd $PBS_O_WORKDIR
 +
 +
  #uruchomienie zadania
 +
  g09 job.com
 +
 
 +
  #usuniecie plikow tymczasowych
 +
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 +
</syntaxhighlight>
  
 
=G09.A.02=
 
=G09.A.02=
Linia 35: Linia 195:
 
   #PBS -l nodes=1:ppn=1
 
   #PBS -l nodes=1:ppn=1
 
   #PBS -q short
 
   #PBS -q short
−
   #PBS -N nazwa_obliczen
+
   #PBS -N nazwa_zadania
 
    
 
    
 
   # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
 
   # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
−
   g09root=/opt/gaussian09
+
   g09root=/opt1/gaussian09
 
   export g09root
 
   export g09root
 
   . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 
   . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 
    
 
    
 
   # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 
   # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 
   export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
   export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
    
 
    
Linia 63: Linia 224:
 
   #PBS -l mem=2gb
 
   #PBS -l mem=2gb
 
   #PBS -l nodes=1:ppn=4
 
   #PBS -l nodes=1:ppn=4
−
   #PBS -q l_short
+
   #PBS -q short
−
   #PBS -N nazwa_obliczen
+
   #PBS -N nazwa_zadania
 
    
 
    
 
   # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. A.02
 
   # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. A.02
−
   g09root=/opt/gaussian09
+
   g09root=/opt1/gaussian09
 
   export g09root
 
   export g09root
 
   . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 
   . $g09root/g09/bsd/g09.profile
 
    
 
    
 
   # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 
   # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 
   export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
   export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
    
 
    
Linia 87: Linia 249:
 
</syntaxhighlight>
 
</syntaxhighlight>
  
−
=G01.D.01=
+
 
 +
=G03.D.01=
 
Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:
 
Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:
 
* dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)
 
* dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)
Linia 112: Linia 275:
 
   #PBS -l nodes=1:ppn=1
 
   #PBS -l nodes=1:ppn=1
 
   #PBS -q short
 
   #PBS -q short
−
   #PBS -N nazwa_obliczen
+
   #PBS -N nazwa_zadania
 
    
 
    
 
   # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
 
   # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
−
   g03root=/opt/gaussian03
+
   g03root=/opt1/gaussian03
 
   export g03root
 
   export g03root
 
   . $g03root/g03/bsd/g03.profile
 
   . $g03root/g03/bsd/g03.profile
 
    
 
    
 
   # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 
   # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 
   export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
   export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
    
 
    
Linia 140: Linia 304:
 
   #PBS -l mem=2gb
 
   #PBS -l mem=2gb
 
   #PBS -l nodes=1:ppn=4
 
   #PBS -l nodes=1:ppn=4
−
   #PBS -q l_short
+
   #PBS -q short
−
   #PBS -N nazwa_obliczen
+
   #PBS -N nazwa_zadania
 
    
 
    
 
   # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. A.01
 
   # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. A.01
−
   g03root=/opt/gaussian03
+
   g03root=/opt1/gaussian03
 
   export g03root
 
   export g03root
 
   . $g03root/g03/bsd/g03.profile
 
   . $g03root/g03/bsd/g03.profile
 
    
 
    
 
   # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 
   # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 +
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 
   export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
   export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
    
 
    
Linia 162: Linia 327:
 
   #usuniecie plikow tymczasowych
 
   #usuniecie plikow tymczasowych
 
   rm -rf $GAUSS_SCRDIR
 
   rm -rf $GAUSS_SCRDIR
−
</syntaxhighlight>
 

Aktualna wersja na dzień 10:22, 18 cze 2013

Na klastrze Mars zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji D.01, C.01, A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.

Informacje ogólne

Środowisko uruchomieniowe oprogramowania na klastrze Mars ustawia się poprzez wywołanie odpowiednich skryptów powłoki. Pliki tymczasowe należy tworzyć używająć zasobu dyskowego scratch.

Uwaga: Ponieważ wszyskie wersje pakietu Gaussian używają podobnych zmiennych systemowych zaleca się by ustawiać środowisko uruchomieniowe w skrypcie konkretnego zadania wstawianego do systemu kolejkowego. Dodanie wywołań skryptów ustawiajacych środowisko pakietu Gaussian do plików .bashrc lub .bash_profile może powodować konflikty.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared=y w wejściowym pliku definującym obliczenia oraz podając flagę -l nodes=1:ppn=y dla systemu kolejkowego (y - liczba rdzeni obliczeniowych).


G09.D.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

  • dla powłoki bash
g09root=/opt1/gaussian09-D.01
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
  • dla powłoki tcsh
setenv g09root /opt1/gaussian09-D.01
source $g09root/g09/bsd/g09.login

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa (dla powłoki bash)
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. D.01
  g09root=/opt1/gaussian09-D.01
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa (dla powłoki bash)
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. D.01
  g09root=/opt1/gaussian09-D.01
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR


G09.C.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

  • dla powłoki bash
g09root=/opt1/gaussian09-C.01
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
  • dla powłoki tcsh
setenv g09root /opt1/gaussian09-C.01
source $g09root/g09/bsd/g09.login

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa (dla powłoki bash)
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. C.01
  g09root=/opt1/gaussian09-C.01
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa (dla powłoki bash)
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. C.01
  g09root=/opt1/gaussian09-C.01
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

G09.A.02

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

  • dla powłoki bash
g09root=/opt1/gaussian09
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
  • dla powłoki tcsh
setenv g09root /opt1/gaussian09
source $g09root/g09/bsd/g09.login

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa (dla powłoki bash)
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
  g09root=/opt1/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa (dla powłoki bash)
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=4
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 09 rev. A.02
  g09root=/opt1/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR


G03.D.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

  • dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)
g03root=/opt1/gaussian03
export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
  • dla powłoki tcsh
setenv g03root /opt1/gaussian03
source $g03root/g03/bsd/g03.login

Program uruchamiamy poleceniem g03

Przykładowy skrypt

Wersja szeregowa (dla powłoki bash)
  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l nodes=1:ppn=1
  #PBS -q short
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
  g03root=/opt1/gaussian03
  export g03root
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
  export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 job.com
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Wersja równoległa (dla powłoki bash)

<syntaxhighlight lang="bash"> 

 #!/bin/env bash
 #PBS -l mem=2gb
 #PBS -l nodes=1:ppn=4
 #PBS -q short
 #PBS -N nazwa_zadania
 
 # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji 03 rev. A.01
 g03root=/opt1/gaussian03
 export g03root
 . $g03root/g03/bsd/g03.profile
 
 # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
 TMPDIR=/scratch-lustre/mars/tmp/pbs.$PBS_JOBID
 export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
 
 # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
 mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
 
 # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
 cd $PBS_O_WORKDIR

 #uruchomienie zadania
 g03 job.com
 
 #usuniecie plikow tymczasowych
 rm -rf $GAUSS_SCRDIR
Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Mars:Gaussian&oldid=1481”