Baribal:Gaussian: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 1 wersji utworzonej przez jednego użytkownika) | |||
| Linia 32: | Linia 32: | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#PBS -l mem=2gb | #PBS -l mem=2gb | ||
| − | #PBS -l ncpus= | + | #PBS -l ncpus=n |
| − | #PBS -q | + | #PBS -q nazwa_kolejki |
| − | #PBS -N | + | #PBS -N nazwa_zadania |
# ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02 | # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02 | ||
| Linia 42: | Linia 42: | ||
# ustawienie sciezki na pliki tymczasowe | # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe | ||
| − | export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR | + | export GAUSS_SCRDIR=/scratch$TMPDIR |
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe | # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe | ||
| Linia 51: | Linia 51: | ||
#uruchomienie zadania | #uruchomienie zadania | ||
| − | g09 | + | g09 plik_wejsciowy |
#usuniecie plikow tymczasowych | #usuniecie plikow tymczasowych | ||
| Linia 82: | Linia 82: | ||
#!/bin/env bash | #!/bin/env bash | ||
#PBS -l mem=2gb | #PBS -l mem=2gb | ||
| − | #PBS -l ncpus= | + | #PBS -l ncpus=n |
| − | #PBS -q | + | #PBS -q nazwa_kolejki |
| − | #PBS -N | + | #PBS -N nazwa_zadania |
# ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01 | # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01 | ||
| Linia 92: | Linia 92: | ||
# ustawienie sciezki na pliki tymczasowe | # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe | ||
| − | export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR | + | export GAUSS_SCRDIR=/scratch$TMPDIR |
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe | # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe | ||
| Linia 101: | Linia 101: | ||
#uruchomienie zadania | #uruchomienie zadania | ||
| − | g03 | + | g03 plik_wejsciowy |
#usuniecie plikow tymczasowych | #usuniecie plikow tymczasowych | ||
rm -rf $GAUSS_SCRDIR | rm -rf $GAUSS_SCRDIR | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
Aktualna wersja na dzień 07:27, 14 lis 2012
Na serwerze Baribal zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.
Spis treści
Informacje ogólne
Środowisko uruchomieniowe oprogramowania na serwerze Baribal ustawia się poprzez wywołanie odpowiednich skryptów powłoki. Pliki tymczasowe należy tworzyć używając zasobu dyskowego scratch.
Uwaga: Ponieważ wszystkie wersje pakietu Gaussian używają podobnych zmiennych systemowych zaleca się by ustawiać środowisko uruchomieniowe w skrypcie konkretnego zadania wstawianego do systemu kolejkowego. Dodanie wywołań skryptów ustawiających środowisko pakietu Gaussian do plików .bashrc lub .bash_profile może powodować konflikty.
Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared=y w wejściowym pliku definiującym obliczenia oraz podając flagę -l ncpus=y dla systemu kolejkowego (y - liczba procesorów obliczeniowych).
G09.A.02
Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:
- dla powłoki bash
g09root=/opt/gaussian09
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile- dla powłoki tcsh
setenv g09root /opt/gaussian09
source $g09root/g09/bsd/g09.loginProgram uruchamiamy poleceniem g09
Przykładowy skrypt (dla powłoki bash)
#!/bin/bash
#PBS -l mem=2gb
#PBS -l ncpus=n
#PBS -q nazwa_kolejki
#PBS -N nazwa_zadania
# ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
g09root=/opt/gaussian09
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
# ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
export GAUSS_SCRDIR=/scratch$TMPDIR
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie zadania
g09 plik_wejsciowy
#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
G01.D.01
Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:
- dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)
g03root=/opt/gaussian03
export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile- dla powłoki tcsh
setenv g03root /opt/gaussian03
source $g03root/g03/bsd/g03.loginProgram uruchamiamy poleceniem g03
Przykładowy skrypt (dla powłoki bash)
#!/bin/env bash
#PBS -l mem=2gb
#PBS -l ncpus=n
#PBS -q nazwa_kolejki
#PBS -N nazwa_zadania
# ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
g03root=/opt1/gaussian03
export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
# ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
export GAUSS_SCRDIR=/scratch$TMPDIR
# utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
# przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
cd $PBS_O_WORKDIR
#uruchomienie zadania
g03 plik_wejsciowy
#usuniecie plikow tymczasowych
rm -rf $GAUSS_SCRDIR