Baribal:Gaussian

Na serwerze Baribal zainstalowano pakiet Gaussian09 w wersji A.02 oraz Gaussian03 w wersji D.01.

Informacje ogólne

Środowisko uruchomieniowe oprogramowania na serwerze Baribal ustawia się poprzez wywołanie odpowiednich skryptów powłoki. Pliki tymczasowe należy tworzyć używając zasobu dyskowego scratch.

Uwaga: Ponieważ wszystkie wersje pakietu Gaussian używają podobnych zmiennych systemowych zaleca się by ustawiać środowisko uruchomieniowe w skrypcie konkretnego zadania wstawianego do systemu kolejkowego. Dodanie wywołań skryptów ustawiających środowisko pakietu Gaussian do plików .bashrc lub .bash_profile może powodować konflikty.

Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared=y w wejściowym pliku definiującym obliczenia oraz podając flagę -l ncpus=y dla systemu kolejkowego (y - liczba procesorów obliczeniowych).

G09.A.02

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

• dla powłoki bash

g09root=/opt/gaussian09
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

• dla powłoki tcsh

setenv g09root /opt/gaussian09
source $g09root/g09/bsd/g09.login

Program uruchamiamy poleceniem g09

Przykładowy skrypt (dla powłoki bash)

  #!/bin/bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l ncpus=n
  #PBS -q nazwa_kolejki
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 09 rev. A.02
  g09root=/opt/gaussian09
  export g09root
  . $g09root/g09/bsd/g09.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=/scratch$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g09 plik_wejsciowy
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR

G01.D.01

Zmienne środowiskowe ustawiamy wywołując po polecenia:

• dla powłoki bash (jest to powłoka domyślna)

g03root=/opt/gaussian03
export g03root
. $g03root/g03/bsd/g03.profile

• dla powłoki tcsh

setenv g03root /opt/gaussian03
source $g03root/g03/bsd/g03.login

Program uruchamiamy poleceniem g03

Przykładowy skrypt (dla powłoki bash)

  #!/bin/env bash
  #PBS -l mem=2gb
  #PBS -l ncpus=n
  #PBS -q nazwa_kolejki
  #PBS -N nazwa_zadania
  
  # ustawianie zmiennych srodowiskowych dla Gaussiana wersji. 03 rev. D.01
  g03root=/opt1/gaussian03
  export g03root
  . $g03root/g03/bsd/g03.profile
  
  # ustawienie sciezki na pliki tymczasowe
  export GAUSS_SCRDIR=/scratch$TMPDIR
  
  # utworzenie katalogu na pliku tymczasowe
  mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
  
  # przejscie do sciezki, z ktorej wyslano zadanie do systemu kolejkowego
  cd $PBS_O_WORKDIR

  #uruchomienie zadania
  g03 plik_wejsciowy
  
  #usuniecie plikow tymczasowych
  rm -rf $GAUSS_SCRDIR