Gaussian: Różnice pomiędzy wersjami

Z Komputery Dużej Mocy w ACK CYFRONET AGH
Skocz do:nawigacja, szukaj
m
 
(Nie pokazano 5 wersji utworzonych przez 3 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 +
==Ograniczenia==
 +
 +
Dostęp do programu jest przydzielany dla wszystkich osób gridowych automatycznie (konta plg*) oraz dla osób lokalnych po uprzednim skontaktowaniu się z administratorami na adres:
 +
 +
*dla klastra Zeus: mailto:software@zeus.cyfronet.pl
 +
*dla klastra Mars: mailto:s.swiac@cyfronet.pl i/lub mailto:p.wyrostek@cyfronet.pl
 +
 +
 
==Opis aplikacji==
 
==Opis aplikacji==
  
Linia 19: Linia 27:
 
|[[Baribal:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]<br>[[Baribal:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]
 
|[[Baribal:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]<br>[[Baribal:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]
 
|[[Panda:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]
 
|[[Panda:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]
−
|[[Mars:Gaussian#G03.D.01|G03(D.01)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.C.01|G09(C.01)]]
+
|[[Mars:Gaussian#G03.D.01|G03(D.01)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.C.01|G09(C.01)]]<br>[[Mars:Gaussian#G09.D.01|G09(D.01)]]
−
|colspan="3" align="center"|[[Zeus:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.C.01|G09(C.01)]]
+
|[[Zeus:Gaussian#G03.E.01|G03(E.01)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.A.02|G09(A.02)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.C.01|G09(C.01)]]<br>[[Zeus:Gaussian#G09.D.01|G09(D.01)]]
 +
|
 +
|
 
|}
 
|}
  
Linia 34: Linia 44:
 
==Zalecenia ogólne==
 
==Zalecenia ogólne==
  
−
Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.
+
*Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.
  
−
Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm.
+
*Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm.
  
−
Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe ''SCF=Direct'' w pliku wejściowym definującym obliczenia.
+
*Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe ''SCF=Direct'' w pliku wejściowym definującym obliczenia.
  
−
Zmienna środowiskowa '''$GAUSS_SCRDIR''' ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.
+
*Zmienna środowiskowa '''$GAUSS_SCRDIR''' ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.
  
−
Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared'' w wejściowym pliku definującym obliczenia.
+
*Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając ''%NProcShared'' w wejściowym pliku definującym obliczenia.
  
 
==Sposób uruchamiania==
 
==Sposób uruchamiania==

Aktualna wersja na dzień 21:52, 11 paź 2013

Ograniczenia

Dostęp do programu jest przydzielany dla wszystkich osób gridowych automatycznie (konta plg*) oraz dla osób lokalnych po uprzednim skontaktowaniu się z administratorami na adres:


Opis aplikacji

Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów umożliwiających obliczenia parametrów układów molekularnych przy użyciu metod chemii kwantowej oraz mechaniki i dynamiki molekularnej. Gaussian umożliwia przeprowadzanie obliczeń tak przy użyciu przy użyciu metod ab initio jak i półempirycznych. Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym.

Strona producenta: http://gaussian.com/
Dokumentacja producenta: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
Inna dokumentacja:

Wersje na maszynach Cyfronetu

Baribal Panda Mars Zeus Zeus vSMP Zeus GPGPU
G03(E.01)
G09(A.02) 		G03(E.01) G03(D.01)
G09(A.02)
G09(C.01)
G09(D.01) 		G03(E.01)
G09(A.02)
G09(C.01)
G09(D.01)

Ograniczenia licencyjne

Wersja Ilość licencji Typ licencji
G03 bez ograniczeń akademicka
G09 bez ograniczeń akademicka

Zalecenia ogólne

  • Gaussian zainstalowany w ACK Cyfronet działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.
  • Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe SCF=Direct w pliku wejściowym definującym obliczenia.
  • Zmienna środowiskowa $GAUSS_SCRDIR ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.
  • Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared w wejściowym pliku definującym obliczenia.

Sposób uruchamiania

Baribal

Mars

Panda

Zeus

Źródło: „https://kdm.cyfronet.pl/mediawiki/index.php?title=Gaussian&oldid=1577”